Merge branch 'master' of https://github.com/libigl/libigl into bezier

.github/ISSUE_TEMPLATE/bug_report.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+name: Bug report
+about: Create a report to help us improve
+title: ''
+labels: 'pending verification'
+assignees: ''
+
+---
+
+#### Describe the bug
+
+A clear and concise description of what the bug is.
+
+#### Check all that apply (change to `[x]`)
+- [ ] Windows
+- [ ] macOS
+- [ ] Linux

.github/ISSUE_TEMPLATE/config.yml

@@ -0,0 +1 @@
+blank_issues_enabled: false

.github/ISSUE_TEMPLATE/feature_request.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+name: Feature request
+about: Suggest an idea for this project
+title: ''
+labels: 'enhancement'
+assignees: ''
+
+---
+
+#### Describe your feature request
+
+...
+
+#### Check all that apply (change to `[x]`)
+- [ ] Windows
+- [ ] macOS
+- [ ] Linux

.github/ISSUE_TEMPLATE/question.md

@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+name: Question
+about: Ask question about the tutorial or documentation
+title: ''
+labels: 'question'
+assignees: ''
+
+---
+
+#### Describe your question
+
+...
+
+#### Check all that apply (change to `[x]`)
+- [ ] Windows
+- [ ] macOS
+- [ ] Linux

.github/issue_template.md

@@ -1,11 +0,0 @@
-#### Describe your issue
-
-...
-
-#### Check all that apply (change to `[x]`)
-- [ ] Windows
-- [ ] Mac OS X
-- [ ] Linux
-- [ ] I have tried the `dev` branch and the problem persists
-
-See https://libigl.github.io/CONTRIBUTING/#bugreport for more tips.

.github/pull_request_template.md

@@ -1,3 +1,5 @@
+Fixes # .
+
 [Describe your changes and what you've already done to test it.]
 
 

include/igl/SortableRow.h

@@ -1,5 +1,5 @@
 // This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
-// 
+//
 // Copyright (C) 2013 Alec Jacobson <[email protected]>
 // 
 // This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
@@ -26,34 +26,30 @@ namespace igl
       SortableRow(const T & data):data(data){};
       bool operator<(const SortableRow & that) const
       {
-        // Get reference so that I can use parenthesis
-        const SortableRow<T> & THIS = *this;
         // Lexicographical
-        int minc = (THIS.data.size() < that.data.size()? 
-            THIS.data.size() : that.data.size());
+        int minc = (this->data.size() < that.data.size()?
+            this->data.size() : that.data.size());
         // loop over columns
         for(int i = 0;i<minc;i++)
         {
-          if(THIS.data(i) == that.data(i))
+          if(this->data(i) == that.data(i))
           {
             continue;
           }
-          return THIS.data(i) < that.data(i);
+          return this->data(i) < that.data(i);
         }
         // All characters the same, comes done to length
-        return THIS.data.size()<that.data.size();
+        return this->data.size()<that.data.size();
       };
       bool operator==(const SortableRow & that) const
       {
-        // Get reference so that I can use parenthesis
-        const SortableRow<T> & THIS = *this;
-        if(THIS.data.size() != that.data.size())
+        if(this->data.size() != that.data.size())
         {
           return false;
         }
-        for(int i = 0;i<THIS.data.size();i++)
+        for(int i = 0;i<this->data.size();i++)
         {
-          if(THIS.data(i) != that.data(i))
+          if(this->data(i) != that.data(i))
           {
             return false;
           }

include/igl/histc.cpp

@@ -99,15 +99,14 @@ IGL_INLINE void igl::histc(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::histc<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #if EIGEN_VERSION_AT_LEAST(3,3,0)
 #else
 template void igl::histc<Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::linspaced_op<int, true>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::linspaced_op<int, true>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/opengl/MeshGL.cpp

@@ -220,6 +220,7 @@ R"(#version 150
   uniform float specular_exponent;
   uniform float lighting_factor;
   uniform float texture_factor;
+  uniform float double_sided;
   out vec4 outColor;
   void main()
   {
@@ -228,13 +229,13 @@ R"(#version 150
     vec3 vector_to_light_eye = light_position_eye - position_eye;
     vec3 direction_to_light_eye = normalize (vector_to_light_eye);
     float dot_prod = dot (direction_to_light_eye, normalize(normal_eye));
-    float clamped_dot_prod = max (dot_prod, 0.0);
+    float clamped_dot_prod = abs(max (dot_prod, -double_sided));
     vec3 Id = Ld * vec3(Kdi) * clamped_dot_prod;    // Diffuse intensity
 
     vec3 reflection_eye = reflect (-direction_to_light_eye, normalize(normal_eye));
     vec3 surface_to_viewer_eye = normalize (-position_eye);
     float dot_prod_specular = dot (reflection_eye, surface_to_viewer_eye);
-    dot_prod_specular = float(abs(dot_prod)==dot_prod) * max (dot_prod_specular, 0.0);
+    dot_prod_specular = float(abs(dot_prod)==dot_prod) * abs(max (dot_prod_specular, -double_sided));
     float specular_factor = pow (dot_prod_specular, specular_exponent);
     vec3 Is = Ls * vec3(Ksi) * specular_factor;    // specular intensity
     vec4 color = vec4(lighting_factor * (Is + Id) + Ia + (1.0-lighting_factor) * vec3(Kdi),(Kai.a+Ksi.a+Kdi.a)/3);

include/igl/opengl/ViewerCore.cpp

@@ -172,6 +172,7 @@ IGL_INLINE void igl::opengl::ViewerCore::draw(
   GLint lighting_factori      = glGetUniformLocation(data.meshgl.shader_mesh,"lighting_factor");
   GLint fixed_colori          = glGetUniformLocation(data.meshgl.shader_mesh,"fixed_color");
   GLint texture_factori       = glGetUniformLocation(data.meshgl.shader_mesh,"texture_factor");
+  GLint double_sidedi         = glGetUniformLocation(data.meshgl.shader_mesh,"double_sided");
 
   glUniform1f(specular_exponenti, data.shininess);
   glUniform3fv(light_position_eyei, 1, light_position.data());
@@ -185,6 +186,7 @@ IGL_INLINE void igl::opengl::ViewerCore::draw(
     {
       // Texture
       glUniform1f(texture_factori, is_set(data.show_texture) ? 1.0f : 0.0f);
+      glUniform1f(double_sidedi, data.double_sided ? 1.0f : 0.0f);
       data.meshgl.draw_mesh(true);
       glUniform1f(texture_factori, 0.0f);
     }

include/igl/opengl/ViewerData.cpp

@@ -23,6 +23,8 @@ IGL_INLINE igl::opengl::ViewerData::ViewerData()
 : dirty(MeshGL::DIRTY_ALL),
   show_faces        (~unsigned(0)),
   show_lines        (~unsigned(0)),
+  face_based        (false),
+  double_sided      (false),
   invert_normals    (false),
   show_overlay      (~unsigned(0)),
   show_overlay_depth(~unsigned(0)),
@@ -297,7 +299,7 @@ IGL_INLINE void igl::opengl::ViewerData::set_colormap(const Eigen::MatrixXd & CM
     (CM.col(2)*255.0).cast<unsigned char>();
   set_colors(Eigen::RowVector3d(1,1,1));
   set_texture(R,G,B);
-  show_texture = true;
+  show_texture = ~unsigned(0);
   meshgl.tex_filter = GL_NEAREST;
   meshgl.tex_wrap = GL_CLAMP_TO_EDGE;
 }
@@ -449,6 +451,8 @@ IGL_INLINE void igl::opengl::ViewerData::clear()
   labels_strings.clear();
 
   face_based = false;
+  double_sided = false;
+  invert_normals = false;
   show_texture = false;
 }
 

include/igl/opengl/ViewerData.h

@@ -240,6 +240,9 @@ public:
   // Enable per-face or per-vertex properties
   bool face_based;
 
+  // Enable double-sided lighting on faces
+  bool double_sided;
+
   // Invert mesh normals
   bool invert_normals;
 
@@ -321,6 +324,7 @@ namespace igl
       SERIALIZE_MEMBER(show_faceid);
       SERIALIZE_MEMBER(show_labels);
       SERIALIZE_MEMBER(show_texture);
+      SERIALIZE_MEMBER(double_sided);
       SERIALIZE_MEMBER(point_size);
       SERIALIZE_MEMBER(line_width);
       SERIALIZE_MEMBER(line_color);

include/igl/opengl/glfw/Viewer.cpp

@@ -1,4 +1,4 @@
-// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library. 
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
 //
 // Copyright (C) 2014 Daniele Panozzo <[email protected]>
 //
@@ -354,6 +354,7 @@ namespace glfw
     const std::string usage(R"(igl::opengl::glfw::Viewer usage:
   [drag]  Rotate scene
   A,a     Toggle animation (tight draw loop)
+  D,d     Toggle double sided lighting
   F,f     Toggle face based
   I,i     Toggle invert normals
   L,l     Toggle wireframe
@@ -527,6 +528,12 @@ namespace glfw
         core().is_animating = !core().is_animating;
         return true;
       }
+      case 'D':
+      case 'd':
+      {
+        data().double_sided = !data().double_sided;
+        return true;
+      }
       case 'F':
       case 'f':
       {

include/igl/random_points_on_mesh.cpp

@@ -106,9 +106,8 @@ IGL_INLINE void igl::random_points_on_mesh(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, float, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<float, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

include/igl/readMESH.cpp

@@ -488,14 +488,14 @@ IGL_INLINE bool igl::readMESH(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
-template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
-template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::readMESH<double, int>(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
-template bool igl::readMESH<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 #endif

include/igl/readPLY.cpp

@@ -670,6 +670,7 @@ IGL_INLINE bool readPLY(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+template bool igl::readPLY<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::readPLY<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template bool igl::readPLY<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template bool igl::readPLY<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(FILE*, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/read_triangle_mesh.cpp

@@ -174,18 +174,16 @@ IGL_INLINE bool igl::read_triangle_mesh(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template bool igl::read_triangle_mesh<double, int>(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::string, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&);
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> >(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+template bool igl::read_triangle_mesh<double, int>(std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
 #endif

include/igl/slim.cpp

@@ -30,6 +30,7 @@
 #include <map>
 #include <set>
 #include <vector>
+#include <cassert>
 
 #include <Eigen/IterativeLinearSolvers>
 #include <Eigen/SparseCholesky>
@@ -465,6 +466,7 @@ IGL_INLINE void igl::slim_update_weights_and_closest_rotations_with_jacobians(co
           m_sing_new << sqrt(s1_g / (2 * (s1 - 1))), sqrt(s2_g / (2 * (s2 - 1)));
           break;
         }
+        default: assert(false);
       }
 
       if (std::abs(s1 - 1) < eps) m_sing_new(0) = 1;
@@ -592,6 +594,7 @@ IGL_INLINE void igl::slim_update_weights_and_closest_rotations_with_jacobians(co
           closest_sing_vec << s1_min, s2_min, s3_min;
           ri = ui * closest_sing_vec.asDiagonal() * vi.transpose();
         }
+        default: assert(false);
       }
       if (std::abs(s1 - 1) < eps) m_sing_new(0) = 1;
       if (std::abs(s2 - 1) < eps) m_sing_new(1) = 1;

include/igl/triangle_triangle_adjacency.h

@@ -25,7 +25,18 @@ namespace igl
   //        triangle TT(i,j) that is adjacent with triangle i
   //
   // NOTE: the first edge of a triangle is [0,1] the second [1,2] and the third
-  //       [2,3].  this convention is DIFFERENT from cotmatrix_entries.h
+  //       [2,3].  this convention is DIFFERENT from
+  //       cotmatrix_entries.h/edge_lengths.h/etc. To fix this you could use:
+  //           // Fix mis-match convention
+  //           {
+  //             Eigen::PermutationMatrix<3,3> perm(3);
+  //             perm.indices() = Eigen::Vector3i(1,2,0);
+  //             TT = (TT*perm).eval();
+  //             TTi = (TTi*perm).eval();
+  //             for(int i=0;i<TTi.rows();i++)
+  //               for(int j=0;j<TTi.cols();j++)
+  //                 TTi(i,j)=TTi(i,j)==-1?-1:(TTi(i,j)+3-1)%3;
+  //           }
   template <typename DerivedF, typename DerivedTT, typename DerivedTTi>
   IGL_INLINE void triangle_triangle_adjacency(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,

tests/main.cpp

@@ -4,19 +4,21 @@
 
 #define CATCH_CONFIG_MAIN
 #include <catch2/catch.hpp>
- 
-#ifndef NDEBUG
-#ifdef __linux__
-#include <fenv.h>
-#endif
-#endif
 
-#ifndef NDEBUG
-#ifdef __linux__
-void beforeMain (void) __attribute__((constructor));
-void beforeMain (void)
-{
-    feenableexcept(FE_DIVBYZERO | FE_INVALID | FE_OVERFLOW);
-}
-#endif
-#endif
+
+// TODO: Fix floating point exceptions raised in debug mode before re-enabling this.
+// #ifndef NDEBUG
+// #ifdef __linux__
+// #include <fenv.h>
+// #endif
+// #endif
+
+// #ifndef NDEBUG
+// #ifdef __linux__
+// void beforeMain (void) __attribute__((constructor));
+// void beforeMain (void)
+// {
+//     feenableexcept(FE_DIVBYZERO | FE_INVALID | FE_OVERFLOW);
+// }
+// #endif
+// #endif