Minor cleanups in ismember (#1989)

* better types in ismember; tempaltes

* split ismember -> ismember_rows

include/igl/copyleft/cgal/convex_hull.cpp

@@ -6,7 +6,7 @@
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "convex_hull.h"
-#include "../../ismember.h"
+#include "../../ismember_rows.h"
 #include "polyhedron_to_mesh.h"
 #include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
 #include <CGAL/Polyhedron_3.h>

include/igl/edges_to_path.cpp

@@ -2,7 +2,7 @@
 #include "dfs.h"
 #include "sort.h"
 #include "slice.h"
-#include "ismember.h"
+#include "ismember_rows.h"
 #include "unique.h"
 #include "adjacency_list.h"
 

include/igl/ismember.cpp

@@ -93,93 +93,7 @@ IGL_INLINE void igl::ismember(
   }
 }
 
-template <
-  typename DerivedA,
-  typename DerivedB,
-  typename DerivedIA,
-  typename DerivedLOCB>
-IGL_INLINE void igl::ismember_rows(
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedLOCB> & LOCB)
-{
-  using namespace Eigen;
-  using namespace std;
-  assert(A.cols() == B.cols() && "number of columns must match");
-  IA.resize(A.rows(),1);
-  IA.setConstant(false);
-  LOCB.resize(A.rows(),1);
-  LOCB.setConstant(-1);
-  // boring base cases
-  if(A.size() == 0)
-  {
-    return;
-  }
-  if(B.size() == 0)
-  {
-    return;
-  }
-
-  // Get rid of any duplicates
-  DerivedA uA;
-  DerivedB uB;
-  Eigen::Matrix<typename DerivedA::Index,Dynamic,1> uIA,uIuA,uIB,uIuB;
-  unique_rows(A,uA,uIA,uIuA);
-  unique_rows(B,uB,uIB,uIuB);
-  // Sort both
-  DerivedA sA;
-  DerivedB sB;
-  Eigen::Matrix<typename DerivedA::Index,Dynamic,1> sIA,sIB;
-  sortrows(uA,true,sA,sIA);
-  sortrows(uB,true,sB,sIB);
-
-  Eigen::Matrix<bool,Eigen::Dynamic,1> uF = 
-    Eigen::Matrix<bool,Eigen::Dynamic,1>::Zero(sA.size(),1);
-  Eigen::Matrix<typename DerivedLOCB::Scalar, Eigen::Dynamic,1> uLOCB =
-    Eigen::Matrix<typename DerivedLOCB::Scalar,Eigen::Dynamic,1>::
-    Constant(sA.size(),1,-1);
-  const auto & row_greater_than = [&sA,&sB](const int a, const int b)
-  {
-    for(int c = 0;c<sA.cols();c++)
-    {
-      if(sA(a,c) > sB(b,c)) return true;
-      if(sA(a,c) < sB(b,c)) return false;
-    }
-    return false;
-  };
-  {
-    int bi = 0;
-    // loop over sA
-    bool past = false;
-    for(int a = 0;a<sA.rows();a++)
-    {
-      assert(bi < sB.rows());
-      while(!past && row_greater_than(a,bi))
-      {
-        bi++;
-        past = bi>=sB.rows();
-      }
-      if(!past && (sA.row(a).array()==sB.row(bi).array()).all() )
-      {
-        uF(sIA(a)) = true;
-        uLOCB(sIA(a)) = uIB(sIB(bi));
-      }
-    }
-  }
-
-  for(int a = 0;a<A.rows();a++)
-  {
-    IA(a) = uF(uIuA(a));
-    LOCB(a) = uLOCB(uIuA(a));
-  }
-}
-
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 template void igl::ismember<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<bool, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/ismember.h

@@ -32,17 +32,6 @@ namespace igl
     const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedLOCB> & LOCB);
-  template <
-    typename DerivedA,
-    typename DerivedB,
-    typename DerivedIA,
-    typename DerivedLOCB>
-  IGL_INLINE void ismember_rows(
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
-    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
-    Eigen::PlainObjectBase<DerivedLOCB> & LOCB);
-
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/ismember_rows.cpp

@@ -0,0 +1,105 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2016 Alec Jacobson <[email protected]>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "ismember_rows.h"
+#include "sortrows.h"
+#include "unique.h"
+#include "unique_rows.h"
+#include <iostream>
+
+template <
+  typename DerivedA,
+  typename DerivedB,
+  typename DerivedIA,
+  typename DerivedLOCB>
+IGL_INLINE void igl::ismember_rows(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedLOCB> & LOCB)
+{
+  using namespace Eigen;
+  using namespace std;
+  assert(A.cols() == B.cols() && "number of columns must match");
+  IA.resize(A.rows(),1);
+  IA.setConstant(false);
+  LOCB.resize(A.rows(),1);
+  LOCB.setConstant(-1);
+  // boring base cases
+  if(A.size() == 0)
+  {
+    return;
+  }
+  if(B.size() == 0)
+  {
+    return;
+  }
+
+  // Get rid of any duplicates
+  typedef Eigen::Matrix<typename DerivedA::Scalar,DerivedA::RowsAtCompileTime,DerivedA::RowsAtCompileTime> MatrixA;
+  typedef Eigen::Matrix<typename DerivedB::Scalar,DerivedB::RowsAtCompileTime,DerivedB::RowsAtCompileTime> MatrixB;
+  MatrixA uA;
+  MatrixB uB;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedA::Index,Dynamic,1> uIA,uIuA,uIB,uIuB;
+  unique_rows(A,uA,uIA,uIuA);
+  unique_rows(B,uB,uIB,uIuB);
+  // Sort both
+  MatrixA sA;
+  MatrixB sB;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedA::Index,Dynamic,1> sIA,sIB;
+  sortrows(uA,true,sA,sIA);
+  sortrows(uB,true,sB,sIB);
+
+  Eigen::Matrix<bool,Eigen::Dynamic,1> uF = 
+    Eigen::Matrix<bool,Eigen::Dynamic,1>::Zero(sA.size(),1);
+  Eigen::Matrix<typename DerivedLOCB::Scalar, Eigen::Dynamic,1> uLOCB =
+    Eigen::Matrix<typename DerivedLOCB::Scalar,Eigen::Dynamic,1>::
+    Constant(sA.size(),1,-1);
+  const auto & row_greater_than = [&sA,&sB](const int a, const int b)
+  {
+    for(int c = 0;c<sA.cols();c++)
+    {
+      if(sA(a,c) > sB(b,c)) return true;
+      if(sA(a,c) < sB(b,c)) return false;
+    }
+    return false;
+  };
+  {
+    int bi = 0;
+    // loop over sA
+    bool past = false;
+    for(int a = 0;a<sA.rows();a++)
+    {
+      assert(bi < sB.rows());
+      while(!past && row_greater_than(a,bi))
+      {
+        bi++;
+        past = bi>=sB.rows();
+      }
+      if(!past && (sA.row(a).array()==sB.row(bi).array()).all() )
+      {
+        uF(sIA(a)) = true;
+        uLOCB(sIA(a)) = uIB(sIB(bi));
+      }
+    }
+  }
+
+  for(int a = 0;a<A.rows();a++)
+  {
+    IA(a) = uF(uIuA(a));
+    LOCB(a) = uLOCB(uIuA(a));
+  }
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::ismember_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#endif
+

include/igl/ismember_rows.h

@@ -0,0 +1,43 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+// 
+// Copyright (C) 2016 Alec Jacobson <[email protected]>
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#ifndef IGL_ISMEMBER_H
+#define IGL_ISMEMBER_H
+#include "igl_inline.h"
+#include <Eigen/Core>
+namespace igl
+{
+  // Determine if elements of A exist in elements of B
+  //
+  // Inputs:
+  //   A  ma by na matrix
+  //   B  mb by nb matrix
+  // Outputs:
+  //   IA  ma by 1 lest of flags whether corresponding element of A exists in
+  //     B
+  //   LOCB  ma by 1 list matrix of indices in B locating matching element (-1
+  //   if not found), indices assume column major ordering
+  //
+  template <
+    typename DerivedA,
+    typename DerivedB,
+    typename DerivedIA,
+    typename DerivedLOCB>
+  IGL_INLINE void ismember_rows(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedLOCB> & LOCB);
+
+}
+
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "ismember_rows.cpp"
+#endif
+#endif
+
+

include/igl/sortrows.cpp

@@ -118,6 +118,10 @@ IGL_INLINE void igl::sortrows(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<int, 12, 12, 0, 12, 12>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 12, 0, 12, 12> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 12, 0, 12, 12> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<unsigned int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::sortrows<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/unique_rows.cpp

@@ -68,13 +68,21 @@ IGL_INLINE void igl::unique_rows(
   for(int i = 0;i<unique_rows;i++)
   {
     IA(i,0) = IM(vIA[i],0);
-    C.row(i) = A.row(IA(i,0));
+    C.row(i) << A.row(IA(i,0));
   }
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4>, Eigen::Matrix<int, 12, 12, 0, 12, 12>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 12, 4, 0, 12, 4> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, 12, 12, 0, 12, 12> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);