Jelajahi Sumber

Merge branch 'dev' into python

teseoch 6 tahun lalu
induk
melakukan
3c5698acfa

+ 10 - 0
CMakeLists.txt

@@ -1,4 +1,14 @@
 cmake_minimum_required(VERSION 3.1)
+
+# Toggles the use of the hunter package manager
+option(HUNTER_ENABLED "Enable Hunter package manager support" OFF)
+
+include("cmake/HunterGate.cmake")
+HunterGate(
+    URL "https://github.com/ruslo/hunter/archive/v0.23.171.tar.gz"
+    SHA1 "5d68bcca78eee347239ca5f4d34f4b6c12683154"
+)
+
 project(libigl)
 
 # Detects whether this is a top-level project

+ 540 - 0
cmake/HunterGate.cmake

@@ -0,0 +1,540 @@
+# Copyright (c) 2013-2018, Ruslan Baratov
+# All rights reserved.
+#
+# Redistribution and use in source and binary forms, with or without
+# modification, are permitted provided that the following conditions are met:
+#
+# * Redistributions of source code must retain the above copyright notice, this
+#   list of conditions and the following disclaimer.
+#
+# * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright notice,
+#   this list of conditions and the following disclaimer in the documentation
+#   and/or other materials provided with the distribution.
+#
+# THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS "AS IS"
+# AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
+# IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE
+# DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE COPYRIGHT HOLDER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE
+# FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
+# DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
+# SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
+# CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY,
+# OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE
+# OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
+
+# This is a gate file to Hunter package manager.
+# Include this file using `include` command and add package you need, example:
+#
+#     cmake_minimum_required(VERSION 3.2)
+#
+#     include("cmake/HunterGate.cmake")
+#     HunterGate(
+#         URL "https://github.com/path/to/hunter/archive.tar.gz"
+#         SHA1 "798501e983f14b28b10cda16afa4de69eee1da1d"
+#     )
+#
+#     project(MyProject)
+#
+#     hunter_add_package(Foo)
+#     hunter_add_package(Boo COMPONENTS Bar Baz)
+#
+# Projects:
+#     * https://github.com/hunter-packages/gate/
+#     * https://github.com/ruslo/hunter
+
+option(HUNTER_ENABLED "Enable Hunter package manager support" ON)
+
+if(HUNTER_ENABLED)
+  if(CMAKE_VERSION VERSION_LESS "3.2")
+    message(
+        FATAL_ERROR
+        "At least CMake version 3.2 required for Hunter dependency management."
+        " Update CMake or set HUNTER_ENABLED to OFF."
+    )
+  endif()
+endif()
+
+include(CMakeParseArguments) # cmake_parse_arguments
+
+option(HUNTER_STATUS_PRINT "Print working status" ON)
+option(HUNTER_STATUS_DEBUG "Print a lot info" OFF)
+option(HUNTER_TLS_VERIFY "Enable/disable TLS certificate checking on downloads" ON)
+
+set(HUNTER_WIKI "https://github.com/ruslo/hunter/wiki")
+
+function(hunter_gate_status_print)
+  if(HUNTER_STATUS_PRINT OR HUNTER_STATUS_DEBUG)
+    foreach(print_message ${ARGV})
+      message(STATUS "[hunter] ${print_message}")
+    endforeach()
+  endif()
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_status_debug)
+  if(HUNTER_STATUS_DEBUG)
+    foreach(print_message ${ARGV})
+      string(TIMESTAMP timestamp)
+      message(STATUS "[hunter *** DEBUG *** ${timestamp}] ${print_message}")
+    endforeach()
+  endif()
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_wiki wiki_page)
+  message("------------------------------ WIKI -------------------------------")
+  message("    ${HUNTER_WIKI}/${wiki_page}")
+  message("-------------------------------------------------------------------")
+  message("")
+  message(FATAL_ERROR "")
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_internal_error)
+  message("")
+  foreach(print_message ${ARGV})
+    message("[hunter ** INTERNAL **] ${print_message}")
+  endforeach()
+  message("[hunter ** INTERNAL **] [Directory:${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}]")
+  message("")
+  hunter_gate_wiki("error.internal")
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_fatal_error)
+  cmake_parse_arguments(hunter "" "WIKI" "" "${ARGV}")
+  string(COMPARE EQUAL "${hunter_WIKI}" "" have_no_wiki)
+  if(have_no_wiki)
+    hunter_gate_internal_error("Expected wiki")
+  endif()
+  message("")
+  foreach(x ${hunter_UNPARSED_ARGUMENTS})
+    message("[hunter ** FATAL ERROR **] ${x}")
+  endforeach()
+  message("[hunter ** FATAL ERROR **] [Directory:${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}]")
+  message("")
+  hunter_gate_wiki("${hunter_WIKI}")
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_user_error)
+  hunter_gate_fatal_error(${ARGV} WIKI "error.incorrect.input.data")
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_self root version sha1 result)
+  string(COMPARE EQUAL "${root}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("root is empty")
+  endif()
+
+  string(COMPARE EQUAL "${version}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("version is empty")
+  endif()
+
+  string(COMPARE EQUAL "${sha1}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("sha1 is empty")
+  endif()
+
+  string(SUBSTRING "${sha1}" 0 7 archive_id)
+
+  if(EXISTS "${root}/cmake/Hunter")
+    set(hunter_self "${root}")
+  else()
+    set(
+        hunter_self
+        "${root}/_Base/Download/Hunter/${version}/${archive_id}/Unpacked"
+    )
+  endif()
+
+  set("${result}" "${hunter_self}" PARENT_SCOPE)
+endfunction()
+
+# Set HUNTER_GATE_ROOT cmake variable to suitable value.
+function(hunter_gate_detect_root)
+  # Check CMake variable
+  string(COMPARE NOTEQUAL "${HUNTER_ROOT}" "" not_empty)
+  if(not_empty)
+    set(HUNTER_GATE_ROOT "${HUNTER_ROOT}" PARENT_SCOPE)
+    hunter_gate_status_debug("HUNTER_ROOT detected by cmake variable")
+    return()
+  endif()
+
+  # Check environment variable
+  string(COMPARE NOTEQUAL "$ENV{HUNTER_ROOT}" "" not_empty)
+  if(not_empty)
+    set(HUNTER_GATE_ROOT "$ENV{HUNTER_ROOT}" PARENT_SCOPE)
+    hunter_gate_status_debug("HUNTER_ROOT detected by environment variable")
+    return()
+  endif()
+
+  # Check HOME environment variable
+  string(COMPARE NOTEQUAL "$ENV{HOME}" "" result)
+  if(result)
+    set(HUNTER_GATE_ROOT "$ENV{HOME}/.hunter" PARENT_SCOPE)
+    hunter_gate_status_debug("HUNTER_ROOT set using HOME environment variable")
+    return()
+  endif()
+
+  # Check SYSTEMDRIVE and USERPROFILE environment variable (windows only)
+  if(WIN32)
+    string(COMPARE NOTEQUAL "$ENV{SYSTEMDRIVE}" "" result)
+    if(result)
+      set(HUNTER_GATE_ROOT "$ENV{SYSTEMDRIVE}/.hunter" PARENT_SCOPE)
+      hunter_gate_status_debug(
+          "HUNTER_ROOT set using SYSTEMDRIVE environment variable"
+      )
+      return()
+    endif()
+
+    string(COMPARE NOTEQUAL "$ENV{USERPROFILE}" "" result)
+    if(result)
+      set(HUNTER_GATE_ROOT "$ENV{USERPROFILE}/.hunter" PARENT_SCOPE)
+      hunter_gate_status_debug(
+          "HUNTER_ROOT set using USERPROFILE environment variable"
+      )
+      return()
+    endif()
+  endif()
+
+  hunter_gate_fatal_error(
+      "Can't detect HUNTER_ROOT"
+      WIKI "error.detect.hunter.root"
+  )
+endfunction()
+
+function(hunter_gate_download dir)
+  string(
+      COMPARE
+      NOTEQUAL
+      "$ENV{HUNTER_DISABLE_AUTOINSTALL}"
+      ""
+      disable_autoinstall
+  )
+  if(disable_autoinstall AND NOT HUNTER_RUN_INSTALL)
+    hunter_gate_fatal_error(
+        "Hunter not found in '${dir}'"
+        "Set HUNTER_RUN_INSTALL=ON to auto-install it from '${HUNTER_GATE_URL}'"
+        "Settings:"
+        "  HUNTER_ROOT: ${HUNTER_GATE_ROOT}"
+        "  HUNTER_SHA1: ${HUNTER_GATE_SHA1}"
+        WIKI "error.run.install"
+    )
+  endif()
+  string(COMPARE EQUAL "${dir}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("Empty 'dir' argument")
+  endif()
+
+  string(COMPARE EQUAL "${HUNTER_GATE_SHA1}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("HUNTER_GATE_SHA1 empty")
+  endif()
+
+  string(COMPARE EQUAL "${HUNTER_GATE_URL}" "" is_bad)
+  if(is_bad)
+    hunter_gate_internal_error("HUNTER_GATE_URL empty")
+  endif()
+
+  set(done_location "${dir}/DONE")
+  set(sha1_location "${dir}/SHA1")
+
+  set(build_dir "${dir}/Build")
+  set(cmakelists "${dir}/CMakeLists.txt")
+
+  hunter_gate_status_debug("Locking directory: ${dir}")
+  file(LOCK "${dir}" DIRECTORY GUARD FUNCTION)
+  hunter_gate_status_debug("Lock done")
+
+  if(EXISTS "${done_location}")
+    # while waiting for lock other instance can do all the job
+    hunter_gate_status_debug("File '${done_location}' found, skip install")
+    return()
+  endif()
+
+  file(REMOVE_RECURSE "${build_dir}")
+  file(REMOVE_RECURSE "${cmakelists}")
+
+  file(MAKE_DIRECTORY "${build_dir}") # check directory permissions
+
+  # Disabling languages speeds up a little bit, reduces noise in the output
+  # and avoids path too long windows error
+  file(
+      WRITE
+      "${cmakelists}"
+      "cmake_minimum_required(VERSION 3.2)\n"
+      "project(HunterDownload LANGUAGES NONE)\n"
+      "include(ExternalProject)\n"
+      "ExternalProject_Add(\n"
+      "    Hunter\n"
+      "    URL\n"
+      "    \"${HUNTER_GATE_URL}\"\n"
+      "    URL_HASH\n"
+      "    SHA1=${HUNTER_GATE_SHA1}\n"
+      "    DOWNLOAD_DIR\n"
+      "    \"${dir}\"\n"
+      "    TLS_VERIFY\n"
+      "    ${HUNTER_TLS_VERIFY}\n"
+      "    SOURCE_DIR\n"
+      "    \"${dir}/Unpacked\"\n"
+      "    CONFIGURE_COMMAND\n"
+      "    \"\"\n"
+      "    BUILD_COMMAND\n"
+      "    \"\"\n"
+      "    INSTALL_COMMAND\n"
+      "    \"\"\n"
+      ")\n"
+  )
+
+  if(HUNTER_STATUS_DEBUG)
+    set(logging_params "")
+  else()
+    set(logging_params OUTPUT_QUIET)
+  endif()
+
+  hunter_gate_status_debug("Run generate")
+
+  # Need to add toolchain file too.
+  # Otherwise on Visual Studio + MDD this will fail with error:
+  # "Could not find an appropriate version of the Windows 10 SDK installed on this machine"
+  if(EXISTS "${CMAKE_TOOLCHAIN_FILE}")
+    get_filename_component(absolute_CMAKE_TOOLCHAIN_FILE "${CMAKE_TOOLCHAIN_FILE}" ABSOLUTE)
+    set(toolchain_arg "-DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=${absolute_CMAKE_TOOLCHAIN_FILE}")
+  else()
+    # 'toolchain_arg' can't be empty
+    set(toolchain_arg "-DCMAKE_TOOLCHAIN_FILE=")
+  endif()
+
+  string(COMPARE EQUAL "${CMAKE_MAKE_PROGRAM}" "" no_make)
+  if(no_make)
+    set(make_arg "")
+  else()
+    # Test case: remove Ninja from PATH but set it via CMAKE_MAKE_PROGRAM
+    set(make_arg "-DCMAKE_MAKE_PROGRAM=${CMAKE_MAKE_PROGRAM}")
+  endif()
+
+  execute_process(
+      COMMAND
+      "${CMAKE_COMMAND}"
+      "-H${dir}"
+      "-B${build_dir}"
+      "-G${CMAKE_GENERATOR}"
+      "${toolchain_arg}"
+      ${make_arg}
+      WORKING_DIRECTORY "${dir}"
+      RESULT_VARIABLE download_result
+      ${logging_params}
+  )
+
+  if(NOT download_result EQUAL 0)
+    hunter_gate_internal_error(
+        "Configure project failed."
+        "To reproduce the error run: ${CMAKE_COMMAND} -H${dir} -B${build_dir} -G${CMAKE_GENERATOR} ${toolchain_arg} ${make_arg}"
+        "In directory ${dir}"
+    )
+  endif()
+
+  hunter_gate_status_print(
+      "Initializing Hunter workspace (${HUNTER_GATE_SHA1})"
+      "  ${HUNTER_GATE_URL}"
+      "  -> ${dir}"
+  )
+  execute_process(
+      COMMAND "${CMAKE_COMMAND}" --build "${build_dir}"
+      WORKING_DIRECTORY "${dir}"
+      RESULT_VARIABLE download_result
+      ${logging_params}
+  )
+
+  if(NOT download_result EQUAL 0)
+    hunter_gate_internal_error("Build project failed")
+  endif()
+
+  file(REMOVE_RECURSE "${build_dir}")
+  file(REMOVE_RECURSE "${cmakelists}")
+
+  file(WRITE "${sha1_location}" "${HUNTER_GATE_SHA1}")
+  file(WRITE "${done_location}" "DONE")
+
+  hunter_gate_status_debug("Finished")
+endfunction()
+
+# Must be a macro so master file 'cmake/Hunter' can
+# apply all variables easily just by 'include' command
+# (otherwise PARENT_SCOPE magic needed)
+macro(HunterGate)
+  if(HUNTER_GATE_DONE)
+    # variable HUNTER_GATE_DONE set explicitly for external project
+    # (see `hunter_download`)
+    set_property(GLOBAL PROPERTY HUNTER_GATE_DONE YES)
+  endif()
+
+  # First HunterGate command will init Hunter, others will be ignored
+  get_property(_hunter_gate_done GLOBAL PROPERTY HUNTER_GATE_DONE SET)
+
+  if(NOT HUNTER_ENABLED)
+    # Empty function to avoid error "unknown function"
+    function(hunter_add_package)
+    endfunction()
+
+    set(
+        _hunter_gate_disabled_mode_dir
+        "${CMAKE_CURRENT_LIST_DIR}/cmake/Hunter/disabled-mode"
+    )
+    if(EXISTS "${_hunter_gate_disabled_mode_dir}")
+      hunter_gate_status_debug(
+          "Adding \"disabled-mode\" modules: ${_hunter_gate_disabled_mode_dir}"
+      )
+      list(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${_hunter_gate_disabled_mode_dir}")
+    endif()
+  elseif(_hunter_gate_done)
+    hunter_gate_status_debug("Secondary HunterGate (use old settings)")
+    hunter_gate_self(
+        "${HUNTER_CACHED_ROOT}"
+        "${HUNTER_VERSION}"
+        "${HUNTER_SHA1}"
+        _hunter_self
+    )
+    include("${_hunter_self}/cmake/Hunter")
+  else()
+    set(HUNTER_GATE_LOCATION "${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}")
+
+    string(COMPARE NOTEQUAL "${PROJECT_NAME}" "" _have_project_name)
+    if(_have_project_name)
+      hunter_gate_fatal_error(
+          "Please set HunterGate *before* 'project' command. "
+          "Detected project: ${PROJECT_NAME}"
+          WIKI "error.huntergate.before.project"
+      )
+    endif()
+
+    cmake_parse_arguments(
+        HUNTER_GATE "LOCAL" "URL;SHA1;GLOBAL;FILEPATH" "" ${ARGV}
+    )
+
+    string(COMPARE EQUAL "${HUNTER_GATE_SHA1}" "" _empty_sha1)
+    string(COMPARE EQUAL "${HUNTER_GATE_URL}" "" _empty_url)
+    string(
+        COMPARE
+        NOTEQUAL
+        "${HUNTER_GATE_UNPARSED_ARGUMENTS}"
+        ""
+        _have_unparsed
+    )
+    string(COMPARE NOTEQUAL "${HUNTER_GATE_GLOBAL}" "" _have_global)
+    string(COMPARE NOTEQUAL "${HUNTER_GATE_FILEPATH}" "" _have_filepath)
+
+    if(_have_unparsed)
+      hunter_gate_user_error(
+          "HunterGate unparsed arguments: ${HUNTER_GATE_UNPARSED_ARGUMENTS}"
+      )
+    endif()
+    if(_empty_sha1)
+      hunter_gate_user_error("SHA1 suboption of HunterGate is mandatory")
+    endif()
+    if(_empty_url)
+      hunter_gate_user_error("URL suboption of HunterGate is mandatory")
+    endif()
+    if(_have_global)
+      if(HUNTER_GATE_LOCAL)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected LOCAL (already has GLOBAL)")
+      endif()
+      if(_have_filepath)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected FILEPATH (already has GLOBAL)")
+      endif()
+    endif()
+    if(HUNTER_GATE_LOCAL)
+      if(_have_global)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected GLOBAL (already has LOCAL)")
+      endif()
+      if(_have_filepath)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected FILEPATH (already has LOCAL)")
+      endif()
+    endif()
+    if(_have_filepath)
+      if(_have_global)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected GLOBAL (already has FILEPATH)")
+      endif()
+      if(HUNTER_GATE_LOCAL)
+        hunter_gate_user_error("Unexpected LOCAL (already has FILEPATH)")
+      endif()
+    endif()
+
+    hunter_gate_detect_root() # set HUNTER_GATE_ROOT
+
+    # Beautify path, fix probable problems with windows path slashes
+    get_filename_component(
+        HUNTER_GATE_ROOT "${HUNTER_GATE_ROOT}" ABSOLUTE
+    )
+    hunter_gate_status_debug("HUNTER_ROOT: ${HUNTER_GATE_ROOT}")
+    if(NOT HUNTER_ALLOW_SPACES_IN_PATH)
+      string(FIND "${HUNTER_GATE_ROOT}" " " _contain_spaces)
+      if(NOT _contain_spaces EQUAL -1)
+        hunter_gate_fatal_error(
+            "HUNTER_ROOT (${HUNTER_GATE_ROOT}) contains spaces."
+            "Set HUNTER_ALLOW_SPACES_IN_PATH=ON to skip this error"
+            "(Use at your own risk!)"
+            WIKI "error.spaces.in.hunter.root"
+        )
+      endif()
+    endif()
+
+    string(
+        REGEX
+        MATCH
+        "[0-9]+\\.[0-9]+\\.[0-9]+[-_a-z0-9]*"
+        HUNTER_GATE_VERSION
+        "${HUNTER_GATE_URL}"
+    )
+    string(COMPARE EQUAL "${HUNTER_GATE_VERSION}" "" _is_empty)
+    if(_is_empty)
+      set(HUNTER_GATE_VERSION "unknown")
+    endif()
+
+    hunter_gate_self(
+        "${HUNTER_GATE_ROOT}"
+        "${HUNTER_GATE_VERSION}"
+        "${HUNTER_GATE_SHA1}"
+        _hunter_self
+    )
+
+    set(_master_location "${_hunter_self}/cmake/Hunter")
+    if(EXISTS "${HUNTER_GATE_ROOT}/cmake/Hunter")
+      # Hunter downloaded manually (e.g. by 'git clone')
+      set(_unused "xxxxxxxxxx")
+      set(HUNTER_GATE_SHA1 "${_unused}")
+      set(HUNTER_GATE_VERSION "${_unused}")
+    else()
+      get_filename_component(_archive_id_location "${_hunter_self}/.." ABSOLUTE)
+      set(_done_location "${_archive_id_location}/DONE")
+      set(_sha1_location "${_archive_id_location}/SHA1")
+
+      # Check Hunter already downloaded by HunterGate
+      if(NOT EXISTS "${_done_location}")
+        hunter_gate_download("${_archive_id_location}")
+      endif()
+
+      if(NOT EXISTS "${_done_location}")
+        hunter_gate_internal_error("hunter_gate_download failed")
+      endif()
+
+      if(NOT EXISTS "${_sha1_location}")
+        hunter_gate_internal_error("${_sha1_location} not found")
+      endif()
+      file(READ "${_sha1_location}" _sha1_value)
+      string(COMPARE EQUAL "${_sha1_value}" "${HUNTER_GATE_SHA1}" _is_equal)
+      if(NOT _is_equal)
+        hunter_gate_internal_error(
+            "Short SHA1 collision:"
+            "  ${_sha1_value} (from ${_sha1_location})"
+            "  ${HUNTER_GATE_SHA1} (HunterGate)"
+        )
+      endif()
+      if(NOT EXISTS "${_master_location}")
+        hunter_gate_user_error(
+            "Master file not found:"
+            "  ${_master_location}"
+            "try to update Hunter/HunterGate"
+        )
+      endif()
+    endif()
+    include("${_master_location}")
+    set_property(GLOBAL PROPERTY HUNTER_GATE_DONE YES)
+  endif()
+endmacro()

+ 6 - 1
cmake/libigl.cmake

@@ -93,11 +93,16 @@ if(BUILD_SHARED_LIBS)
   set_target_properties(igl_common PROPERTIES INTERFACE_POSITION_INDEPENDENT_CODE ON)
 endif()
 
-if(UNIX)
+if(UNIX AND NOT HUNTER_ENABLED)
   set(CMAKE_CXX_FLAGS "${CMAKE_CXX_FLAGS} -fPIC")
   set(CMAKE_C_FLAGS "${CMAKE_C_FLAGS} -fPIC")
 endif()
 
+if(HUNTER_ENABLED)
+  hunter_add_package(Eigen)
+  find_package(Eigen3 CONFIG REQUIRED)
+endif()
+
 # Eigen
 if(TARGET Eigen3::Eigen)
   # If an imported target already exists, use it

+ 2 - 0
include/igl/AABB.cpp

@@ -1076,11 +1076,13 @@ template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_di
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
+
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::init<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::init<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
 
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 2>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
 template void igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::squared_distance<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&) const;
+template std::vector<int, std::allocator<int> > igl::AABB<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, 3>::find<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const, 1, -1, false> > const&, bool) const;
 #ifdef WIN32
 template void igl::AABB<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,2>::squared_distance<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &)const;
 template void igl::AABB<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,3>::squared_distance<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > &)const;

+ 2 - 0
include/igl/cat.cpp

@@ -333,4 +333,6 @@ template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1,
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 3, 1, 0, 3, 1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, 3, 1, 0, 3, 1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::cat<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, std::vector<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2>, std::allocator<Eigen::Matrix<double, 1, 2, 1, 1, 2> > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

+ 1 - 0
include/igl/colormap.cpp

@@ -1431,4 +1431,5 @@ template void igl::colormap<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matri
 template void igl::colormap<Eigen::Array<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(igl::ColorMapType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Array<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 
 template void igl::colormap<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(igl::ColorMapType, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::colormap<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(igl::ColorMapType, Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> const> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

+ 1 - 1
include/igl/deprecated.h

@@ -10,7 +10,7 @@
 // Macro for marking a function as deprecated.
 // 
 // http://stackoverflow.com/a/295229/148668
-#ifdef __GNUC__
+#if defined(__GNUC__) || defined(__clang__)
 #define IGL_DEPRECATED(func) func __attribute__ ((deprecated))
 #elif defined(_MSC_VER)
 #define IGL_DEPRECATED(func) __declspec(deprecated) func

+ 1 - 0
include/igl/histc.cpp

@@ -105,6 +105,7 @@ template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<d
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::histc<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
 #if EIGEN_VERSION_AT_LEAST(3,3,0)
 #else
 template void igl::histc<Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::linspaced_op<int, true>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseNullaryOp<Eigen::internal::linspaced_op<int, true>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);

+ 1 - 1
include/igl/opengl/ViewerData.cpp

@@ -209,7 +209,7 @@ IGL_INLINE void igl::opengl::ViewerData::set_colors(const Eigen::MatrixXd &C)
   }
   else
     cerr << "ERROR (set_colors): Please provide a single color, or a color per face or per vertex."<<endl;
-  dirty |= MeshGL::DIRTY_DIFFUSE;
+  dirty |= MeshGL::DIRTY_DIFFUSE | MeshGL::DIRTY_SPECULAR | MeshGL::DIRTY_AMBIENT;
 
 }
 

+ 1 - 0
include/igl/orient_outward.cpp

@@ -91,5 +91,6 @@ IGL_INLINE void igl::orient_outward(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 template void igl::orient_outward<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::orient_outward<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif
 

+ 42 - 0
include/igl/path_to_edges.cpp

@@ -0,0 +1,42 @@
+#include "path_to_edges.h"
+
+template <typename DerivedI, typename DerivedE>
+IGL_INLINE void igl::path_to_edges(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedI> & I,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedE> & E,
+  bool make_loop)
+{
+  // Check that I is 1 dimensional
+  assert(I.size() == I.rows() || I.size() == I.cols());
+
+  if(make_loop) {
+    E.conservativeResize(I.size(), 2);
+    for(int i = 0; i < I.size() - 1; i++) {
+      E(i, 0) = I(i);
+      E(i, 1) = I(i + 1);
+    }
+    E(I.size() - 1, 0) = I(I.size() - 1);
+    E(I.size() - 1, 1) = I(0);
+  } else {
+    E.conservativeResize(I.size()-1, 2);
+    for(int i = 0; i < I.size()-1; i++) {
+      E(i, 0) = I(i);
+      E(i, 1) = I(i+1);
+    }
+  }
+}
+
+template <typename Index, typename DerivedE>
+IGL_INLINE void igl::path_to_edges(
+  const std::vector<Index> & I,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedE> & E,
+  bool make_loop)
+{
+  igl::path_to_edges(Eigen::Map<const Eigen::Matrix<Index, -1, 1>>(I.data(), I.size()), E, make_loop);
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+template void igl::path_to_edges<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, bool);
+template void igl::path_to_edges<int, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, bool);
+#endif
+  

+ 45 - 0
include/igl/path_to_edges.h

@@ -0,0 +1,45 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+// 
+// Copyright (C) 2019 Lawson Fulton [email protected]
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/
+#ifndef IGL_PATH_TO_EDGES_H
+#define IGL_PATH_TO_EDGES_H
+
+#include "igl_inline.h"
+
+#include <Eigen/Core>
+
+#include <vector>
+
+namespace igl
+{
+  // Given a path as an ordered list of N>=2 vertex indices I[0], I[1], ..., I[N-1]
+  // construct a list of edges [[I[0],I[1]], [I[1],I[2]], ..., [I[N-2], I[N-1]]]
+  // connecting each sequential pair of vertices.
+  //
+  // Inputs:
+  //   I  #I list of vertex indices
+  //   make_loop bool If true, include an edge connecting I[N-1] to I[0]
+  // Outputs:
+  //   E  #I-1 by 2 list of edges
+  // 
+  template <typename DerivedI, typename DerivedE>
+  IGL_INLINE void path_to_edges(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedI> & I,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedE> & E,
+    bool make_loop=false);
+  
+  template <typename Index, typename DerivedE>
+  IGL_INLINE void path_to_edges(
+    const std::vector<Index> & I,
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedE> & E,
+    bool make_loop=false);
+
+}
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "path_to_edges.cpp"
+#endif
+#endif

+ 5 - 0
include/igl/random_points_on_mesh.cpp

@@ -78,6 +78,11 @@ IGL_INLINE void igl::random_points_on_mesh(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+
+template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::random_points_on_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >(int, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, 1, 0, 1, 1> >&);
+
 #endif

+ 2 - 2
include/igl/readSTL.cpp

@@ -85,14 +85,14 @@ IGL_INLINE bool igl::readSTL(
 
   // Specifically 80 character header
   char header[80];
-  char solid[80];
+  char solid[80] = {0};
   bool is_ascii = true;
   if(fread(header,1,80,stl_file) != 80)
   {
     cerr<<"IOError: too short (1)."<<endl;
     goto close_false;
   }
-  sscanf(header,"%s",solid);
+  sscanf(header,"%79s",solid);
   if(string("solid") != solid)
   {
     // definitely **not** ascii 

+ 2 - 0
include/igl/slice.cpp

@@ -250,6 +250,7 @@ IGL_INLINE DerivedX igl::slice(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::slice<Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> &);
 template void igl::slice<Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> &);
@@ -286,6 +287,7 @@ template void igl::slice<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>>(Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>>>(Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>>(Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
+
 #ifdef WIN32
 template void igl::slice<Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>>(Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 template void igl::slice<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>, Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);

+ 1 - 0
include/igl/slice_mask.cpp

@@ -166,4 +166,5 @@ template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> igl::slice_mask<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int);
 #endif

+ 2 - 1
include/igl/sparse_voxel_grid.cpp

@@ -134,7 +134,7 @@ IGL_INLINE void igl::sparse_voxel_grid(const Eigen::MatrixBase<DerivedP0>& p0,
     CV.row(i) = CV_vector[i];
   }
   for (int i = 0; i < CS_vector.size(); i++) {
-    CS[i] = CS_vector[i];
+    CS(i) = CS_vector[i];
   }
   for (int i = 0; i < CI_vector.size(); i++) {
     CI.row(i) = CI_vector[i];
@@ -145,4 +145,5 @@ IGL_INLINE void igl::sparse_voxel_grid(const Eigen::MatrixBase<DerivedP0>& p0,
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 template void igl::sparse_voxel_grid<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class std::function<double(class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const &)>, class Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class std::function<double(class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> const &)> const &, double, int, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &);
 template void igl::sparse_voxel_grid<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, std::function<double (Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&)>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, std::function<double (Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&)> const&, double, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::sparse_voxel_grid<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, std::function<double (Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&)>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, std::function<double (Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&)> const&, double, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

+ 1 - 0
include/igl/unique_rows.cpp

@@ -107,6 +107,7 @@ template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<in
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >&);
 template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
 template void igl::unique_rows<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);

+ 1 - 0
include/igl/unique_simplices.cpp

@@ -58,6 +58,7 @@ template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique_simplices<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::unique_simplices<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
 #endif

+ 15 - 0
tests/include/igl/is_irregular_vertex.cpp

@@ -0,0 +1,15 @@
+#include <test_common.h>
+#include <igl/is_irregular_vertex.h>
+
+
+TEST_CASE("is_irregular_vertex: simple", "[igl]")
+{
+    Eigen::MatrixXd V;
+    Eigen::MatrixXi F;
+    // Known "bad" mesh (many boundaries + irregular vertices, non-manifold)
+    test_common::load_mesh("truck.obj", V, F);
+    std::vector<bool> vec = igl::is_irregular_vertex(V,F);
+    // some vertices are irregular thus the sum over all vertices should evaluate to true
+    REQUIRE(std::any_of(vec.begin(),vec.end(), [](bool v) { return v; }));
+
+}

+ 53 - 0
tests/include/igl/path_to_edges.cpp

@@ -0,0 +1,53 @@
+#include <test_common.h>
+#include <igl/path_to_edges.h>
+
+#include <vector>
+
+TEST_CASE("igl_path_to_edges: basic_test", "[igl]")
+{
+  const Eigen::VectorXi I = (Eigen::VectorXi(6)<<0,1,2,3,4,5).finished();
+  const Eigen::MatrixXi Eexpected = (Eigen::MatrixXi(5,2)<<0,1, 1,2, 2,3, 3,4, 4,5).finished();
+
+  Eigen::MatrixXi Eactual;
+  igl::path_to_edges(I, Eactual);
+
+  test_common::assert_eq(Eactual, Eexpected);
+}
+
+#include <iostream> 
+
+TEST_CASE("igl_path_to_edges: loop_test", "[igl]")
+{
+  const Eigen::VectorXi I = (Eigen::VectorXi(6)<<0,1,2,3,4,5).finished();
+  const Eigen::MatrixXi Eexpected = (Eigen::MatrixXi(6,2)<<0,1, 1,2, 2,3, 3,4, 4,5, 5,0).finished();
+
+  Eigen::MatrixXi Eactual;
+  const bool make_loop = true;
+  igl::path_to_edges(I, Eactual, make_loop);
+  std::cout << Eactual << std::endl;
+  test_common::assert_eq(Eactual, Eexpected);
+}
+
+TEST_CASE("igl_path_to_edges: vector_basic_test", "[igl]")
+{
+  const std::vector<int> I{0,1,2,3,4,5};
+  const Eigen::MatrixXi Eexpected = (Eigen::MatrixXi(5,2)<<0,1, 1,2, 2,3, 3,4, 4,5).finished();
+
+  Eigen::MatrixXi Eactual;
+  igl::path_to_edges(I, Eactual);
+
+  test_common::assert_eq(Eactual, Eexpected);
+}
+
+
+TEST_CASE("igl_path_to_edges: vector_loop_test", "[igl]")
+{
+  const std::vector<int> I{0,1,2,3,4,5};
+  const Eigen::MatrixXi Eexpected = (Eigen::MatrixXi(6,2)<<0,1, 1,2, 2,3, 3,4, 4,5, 5,0).finished();
+
+  Eigen::MatrixXi Eactual;
+  const bool make_loop = true;
+  igl::path_to_edges(I, Eactual, make_loop);
+
+  test_common::assert_eq(Eactual, Eexpected);
+}