Bump CGAL → Boolean + remesh_*intersections performance boost (#1895)

* bump cgal; parallel remesh; templates; outer*

* more parallel; fewer copies; uE2E→uEC,uEE

* rm spurious warnings leftover from debuggin'

* fix __1; add back many templates

* missing templates

* use CGAL::Epeck::FT in templates directly

* inline to fix header only

* cgal bump requires bumping cmake and boost

* template hell on windows

* fix windows templates to compile on mac os

* fix templates to work on linux

* more template hell; simplify some, use pttr_t, split legacy

* rename legacy fix includes

* fix orientation bug

* missing templates

* abstract templates

* assign overload + templates

* missing templates + missing overload

* merge with main

* special template for windows ❄️

cmake/recipes/external/cgal.cmake

@@ -7,12 +7,8 @@ message(STATUS "Third-party: creating target 'CGAL::CGAL'")
 include(FetchContent)
 FetchContent_Declare(
     cgal
-    #GIT_REPOSITORY https://github.com/CGAL/cgal.git
-    #GIT_TAG        f7c3c8212b56c0d6dae63787efc99093f4383415
-    URL https://github.com/CGAL/cgal/releases/download/releases%2FCGAL-4.12.2/CGAL-4.12.2.tar.xz
-    URL_MD5 c94a0081c3836fd01ccb4d1e8bdd5d4f
-    # URL https://github.com/CGAL/cgal/releases/download/v5.2.1/CGAL-5.2.1-library.tar.xz
-    # URL_MD5 c1c3a9abe9106b5f3ff8dccaf2ddc0b7
+    URL https://github.com/CGAL/cgal/releases/download/v5.4/CGAL-5.4-library.tar.xz
+    URL_MD5 996f7ee9ba1553edac60debb115699cd
 )
 FetchContent_GetProperties(cgal)
 if(cgal_POPULATED)

include/igl/copyleft/cgal/CSGTree.h

@@ -30,9 +30,8 @@ namespace igl
           typedef CGAL::Epeck::FT ExactScalar;
           //typedef Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> POBF;
           typedef Eigen::MatrixXi POBF;
-          typedef POBF::Scalar FIndex;
           typedef Eigen::Matrix<ExactScalar,Eigen::Dynamic,3> MatrixX3E;
-          typedef Eigen::Matrix<FIndex,Eigen::Dynamic,1> VectorJ;
+          typedef Eigen::VectorXi VectorJ;
         private:
           // Resulting mesh
           MatrixX3E m_V;

include/igl/copyleft/cgal/RemeshSelfIntersectionsParam.h

@@ -16,18 +16,31 @@ namespace igl
     {
       // Optional Parameters
       //   DetectOnly  Only compute IF, leave VV and FF alone
+      //
+      // detect_only  avoid constructing intersections results when possible
+      // first_only  return after detecting the first intersection (if
+      //   first_only==true, then detect_only should also be true)
+      // stitch_all  whether to stitch all resulting constructed elements into a
+      //   (non-manifold) mesh 
+      // slow_and_more_precise_rounding  whether to use slow and more precise
+      //   rounding (see assign_scalar)
       struct RemeshSelfIntersectionsParam
       {
         bool detect_only;
         bool first_only;
         bool stitch_all;
+        bool slow_and_more_precise_rounding;
         inline RemeshSelfIntersectionsParam(
           bool _detect_only=false, 
           bool _first_only=false,
-          bool _stitch_all=false):
+          bool _stitch_all=false,
+          bool _slow_and_more_precise_rounding=false
+          ):
           detect_only(_detect_only),
           first_only(_first_only),
-          stitch_all(_stitch_all){};
+          stitch_all(_stitch_all),
+          slow_and_more_precise_rounding(_slow_and_more_precise_rounding)
+        {};
       };
     }
   }

include/igl/copyleft/cgal/SelfIntersectMesh.h

@@ -19,8 +19,9 @@
 #include <vector>
 #include <thread>
 #include <mutex>
+#include <cstdio>
 
-//#define IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+//#define IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
 #ifndef IGL_FIRST_HIT_EXCEPTION
 #define IGL_FIRST_HIT_EXCEPTION 10
 #endif
@@ -309,7 +310,7 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
   using namespace std;
   using namespace Eigen;
 
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   const auto & tictoc = []() -> double
   {
     static double t_start = igl::get_seconds();
@@ -318,15 +319,15 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
     return diff;
   };
   const auto log_time = [&](const std::string& label) -> void{
-    std::cout << "SelfIntersectMesh." << label << ": "
-      << tictoc() << std::endl;
+    printf("%50s: %0.5lf\n",
+      C_STR("SelfIntersectMesh." << label),tictoc());
   };
   tictoc();
 #endif
 
   // Compute and process self intersections
   mesh_to_cgal_triangle_list(V,F,T);
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("convert_to_triangle_list");
 #endif
   // http://www.cgal.org/Manual/latest/doc_html/cgal_manual/Box_intersection_d/Chapter_main.html#Section_63.5
@@ -350,12 +351,12 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
       // _1 etc. in global namespace)
       std::placeholders::_1,
       std::placeholders::_2);
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("box_and_bind");
 #endif
   // Run the self intersection algorithm with all defaults
   CGAL::box_self_intersection_d(boxes.begin(), boxes.end(),cb);
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("box_intersection_d");
 #endif
   try{
@@ -369,7 +370,7 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
     }
     // Otherwise just fall through
   }
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("resolve_intersection");
 #endif
 
@@ -390,7 +391,7 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
       i++;
     }
   }
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("store_intersecting_face_pairs");
 #endif
 
@@ -400,9 +401,10 @@ inline igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
   }
 
   remesh_intersections(
-    V,F,T,offending,params.stitch_all,VV,FF,J,IM);
+    V,F,T,offending,
+    params.stitch_all,params.slow_and_more_precise_rounding,VV,FF,J,IM);
 
-#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_DEBUG
+#ifdef IGL_SELFINTERSECTMESH_TIMING
   log_time("remesh_intersection");
 #endif
 }
@@ -502,6 +504,8 @@ inline bool igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
   {
     // Construct intersection
     CGAL::Object result = CGAL::intersection(A,B);
+    // Could avoid this mutex if `offending` was per-thread and passed as input
+    // reference.
     std::lock_guard<std::mutex> guard(m_offending_lock);
     offending[fa].push_back({fb, result});
     offending[fb].push_back({fa, result});
@@ -788,16 +792,15 @@ inline void igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
   DerivedJ,
   DerivedIM>::process_intersecting_boxes()
 {
-  std::vector<std::mutex> triangle_locks(T.size());
-  std::vector<std::mutex> vertex_locks(V.rows());
-  std::mutex index_lock;
   std::mutex exception_mutex;
   bool exception_fired = false;
   int exception = -1;
-  auto process_chunk =
-    [&](
-      const size_t first,
-      const size_t last) -> void
+  // Eventually switching to igl::parallel_for would be good, but currently
+  // igl::parallel_for does not provide a way to catch exceptions fired on a
+  // spawned thread _outside_ of its loop-chunk which is the mechanism used here
+  // to bail out early when `first_only=true` to avoid
+  // O(#candidate_triangle_pairs) behavior.
+  auto process_chunk = [&]( const size_t first, const size_t last) -> void
   {
     try
     {
@@ -808,10 +811,6 @@ inline void igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
         if(exception_fired) return;
         Index fa=T.size(), fb=T.size();
         {
-          // Before knowing which triangles are involved, we need to lock
-          // everything to prevent race condition in updating reference
-          // counters.
-          std::lock_guard<std::mutex> guard(index_lock);
           const auto& tri_pair = candidate_triangle_pairs[i];
           fa = tri_pair.first - T.begin();
           fb = tri_pair.second - T.begin();
@@ -819,22 +818,6 @@ inline void igl::copyleft::cgal::SelfIntersectMesh<
         assert(fa < T.size());
         assert(fb < T.size());
 
-        // Lock triangles
-        std::lock_guard<std::mutex> guard_A(triangle_locks[fa]);
-        std::lock_guard<std::mutex> guard_B(triangle_locks[fb]);
-
-        // Lock vertices
-        std::list<std::lock_guard<std::mutex> > guard_vertices;
-        {
-          std::vector<typename DerivedF::Scalar> unique_vertices;
-          std::vector<size_t> tmp1, tmp2;
-          igl::unique({F(fa,0), F(fa,1), F(fa,2), F(fb,0), F(fb,1), F(fb,2)},
-              unique_vertices, tmp1, tmp2);
-          std::for_each(unique_vertices.begin(), unique_vertices.end(),
-              [&](const typename DerivedF::Scalar& vi) {
-              guard_vertices.emplace_back(vertex_locks[vi]);
-              });
-        }
         if(exception_fired) return;
 
         const Triangle_3& A = T[fa];

include/igl/copyleft/cgal/assign.cpp

@@ -6,21 +6,30 @@
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "assign.h"
+#include "../../parallel_for.h"
 #include "assign_scalar.h"
 
 template <typename DerivedC, typename DerivedD>
 IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,
+  const bool slow_and_more_precise,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> & D)
 {
   D.resizeLike(C);
-  for(int i = 0;i<C.rows();i++)
+  igl::parallel_for(C.size(),[&](Eigen::Index k)
   {
-    for(int j = 0;j<C.cols();j++)
-    {
-      assign_scalar(C(i,j),D(i,j));
-    }
-  }
+    const Eigen::Index i = k%C.rows();
+    const Eigen::Index j = k/C.rows();
+    assign_scalar(C(i,j),slow_and_more_precise,D(i,j));
+  },1000);
+}
+template <typename DerivedC, typename DerivedD>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> & D)
+{
+  const bool slow_and_more_precise = false;
+  return assign(C,slow_and_more_precise,D);
 }
 
 template <typename ReturnScalar, typename DerivedC>
@@ -48,45 +57,32 @@ igl::copyleft::cgal::assign(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,  Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>,  Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, 8, 3, 0, 8, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 3, 1, 1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 3, 1, 1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/assign.h

@@ -17,6 +17,16 @@ namespace igl
   {
     namespace cgal
     {
+      // Inputs:
+      //   C  matrix of scalars
+      //   slow_and_more_precise  see assign_scalar
+      // Outputs:
+      //   D  matrix same size as C
+      template <typename DerivedC, typename DerivedD>
+      IGL_INLINE void assign(
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,
+        const bool slow_and_more_precise,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedD> & D);
       template <typename DerivedC, typename DerivedD>
       IGL_INLINE void assign(
         const Eigen::MatrixBase<DerivedC> & C,

include/igl/copyleft/cgal/assign_scalar.cpp

@@ -7,6 +7,58 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "assign_scalar.h"
 
+template <>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign_scalar(
+  const CGAL::Epeck::FT & rhs,
+  const bool & slow_and_more_precise,
+  double & lhs)
+{
+  if(slow_and_more_precise)
+  {
+    return assign_scalar(rhs,lhs);
+  }else
+  {
+    // While this is significantly faster (100x), this does not guarantee that
+    // two equivalent rationals produce the same double (e.g.,
+    // CGAL::to_double(⅓) ≠ CGAL::to_double(1-⅔))
+    // https://github.com/CGAL/cgal/discussions/6000 For remesh_intersections,
+    // `unique` is called _after_ rounding to floats, avoiding more expensive
+    // rational equality tests. To operate correctly, we need that a=b ⇒
+    // double(a)=double(b). Alternatively, we could require that
+    // remesh_intersections conduct its `unique` operation on rationals. This is
+    // even more expensive (4x) and most of the time probably overkill, though
+    // it is argueably more correct in terms of producing the correct topology
+    // (despite degeneracies that appear during rounding). On the other hand,
+    // this rounding-before-unique only occurs if the requested output is float,
+    // so its a question of combinatorial vs geometric degeneracies. Argueably,
+    // combinatorial degeneracies are more reliably detected.
+    //
+    //lhs = CGAL::to_double(rhs);
+    lhs = CGAL::to_double(rhs.exact());
+  }
+}
+
+template <>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign_scalar(
+  const CGAL::Epeck::FT & rhs,
+  const bool & slow_and_more_precise,
+  float & lhs)
+{
+  double d;
+  igl::copyleft::cgal::assign_scalar(rhs,slow_and_more_precise,d);
+  lhs = float(d);
+}
+
+// If we haven't specialized the types then `slow_and_more_precise` doesn't make sense.
+template <typename RHS, typename LHS>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign_scalar(
+  const RHS & rhs,
+  const bool & slow_and_more_precise,
+  LHS & lhs)
+{
+  return assign_scalar(rhs,lhs);
+}
+
 IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign_scalar(
   const CGAL::Epeck::FT & cgal,
   CGAL::Epeck::FT & d)
@@ -134,3 +186,14 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::assign_scalar(
 }
 
 #endif // WIN32
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::assign_scalar<float, double>(float const&, bool const&, double&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::assign_scalar<float, CGAL::Epeck::FT >(float const&, bool const&, CGAL::Epeck::FT&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign_scalar<double, double>(double const&, bool const&, double&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign_scalar<double, CGAL::Epeck::FT >(double const&, bool const&, CGAL::Epeck::FT&);
+template void igl::copyleft::cgal::assign_scalar<CGAL::Epeck::FT, CGAL::Epeck::FT >(CGAL::Epeck::FT const&, bool const&, CGAL::Epeck::FT&);
+#endif

include/igl/copyleft/cgal/assign_scalar.h

@@ -1,6 +1,7 @@
 // This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
 //
 // Copyright (C) 2015 Alec Jacobson <[email protected]>
+// Copyright (C) 2021 Alec Jacobson <[email protected]>
 //
 // This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
@@ -20,6 +21,34 @@ namespace igl
   {
     namespace cgal
     {
+      // Conduct the casting copy:
+      //   lhs = rhs
+      // using `slow_and_more_precise` rounding if more desired.
+      //
+      // Inputs:
+      //   rhs  right-hand side scalar
+      //   slow_and_more_precise  when appropriate use more elaborate rounding
+      //     guaranteed to find a closest lhs value in an absolute value sense.
+      //     Think of `slow_and_more_precise=true` as "round to closest number"
+      //     and `slow_and_more_precise=false` as "round down/up". CGAL's number
+      //     types are bit mysterious about how exactly rounding is conducted.
+      //     For example, the rationals created during remesh_intersections on
+      //     floating point input appear to be tightly rounded up or down so the
+      //     difference with the `slow_and_more_precise=true` will be exactly
+      //     zero 50% of the time and "one floating point unit" (at whatever
+      //     scale) the other 50% of the time.
+      // Outputs:
+      //   lhs  left-hand side scalar
+      template <typename RHS, typename LHS>
+      IGL_INLINE void assign_scalar(
+        const RHS & rhs,
+        const bool & slow_and_more_precise,
+        LHS & lhs);
+      // For legacy reasons, all of these overload uses
+      // `slow_and_more_precise=true`. This is subject to change if we determine
+      // it is sufficiently overkill. In that case, we'd create a new
+      // non-overloaded function.
+      //
       // Inputs:
       //   cgal  cgal scalar
       // Outputs:
@@ -42,7 +71,6 @@ namespace igl
       IGL_INLINE void assign_scalar(
         const float& c,
         double& d);
-
       IGL_INLINE void assign_scalar(
         const CGAL::Exact_predicates_exact_constructions_kernel_with_sqrt::FT & cgal,
         CGAL::Exact_predicates_exact_constructions_kernel_with_sqrt::FT & d);
@@ -52,7 +80,6 @@ namespace igl
       IGL_INLINE void assign_scalar(
         const CGAL::Exact_predicates_exact_constructions_kernel_with_sqrt::FT & cgal,
         float& d);
-
 #ifndef WIN32
       IGL_INLINE void assign_scalar(
         const CGAL::Simple_cartesian<mpq_class>::FT & cgal,
@@ -64,10 +91,10 @@ namespace igl
         const CGAL::Simple_cartesian<mpq_class>::FT & cgal,
         float& d);
 #endif // WIN32
-
     }
   }
 }
+
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
 #  include "assign_scalar.cpp"
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/barycenter.cpp

@@ -11,5 +11,6 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../barycenter.cpp"
-template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// Explicit template instantiation
+template void igl::barycenter<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/cell_adjacency.cpp

@@ -27,6 +27,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, std::vector<std::set<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long>, std::less<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> >, std::allocator<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> > >, std::allocator<std::set<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long>, std::less<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> >, std::allocator<std::tuple<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, bool, unsigned long> > > > >&);
 #ifdef WIN32
 template void igl::copyleft::cgal::cell_adjacency<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, class std::vector<class std::set<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>, struct std::less<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>>, class std::allocator<class std::set<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>, struct std::less<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::tuple<int, bool, unsigned __int64>>>>> &);

include/igl/copyleft/cgal/closest_facet.h

@@ -32,7 +32,15 @@ namespace igl
       //   F  #F by 3 array of faces.
       //   I  #I list of triangle indices to consider.
       //   P  #P by 3 array of query points.
-      //
+      //  EMAP  #F*3 list of indices into uE.
+      //  uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+      //  uEE  #E list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
+      //   VF  #V list of lists of incident faces (adjacency list)
+      //   VFi  #V list of lists of index of incidence within incident faces
+      //     listed in VF
+      //   tree  AABB containing triangles of (V,F(I,:))
+      //   triangles  #I list of cgal triangles
+      //   in_I  #F list of whether in submesh
       // Outputs:
       //   R  #P list of closest facet indices.
       //   S  #P list of bools indicating on which side of the closest facet
@@ -42,8 +50,40 @@ namespace igl
         typename DerivedF,
         typename DerivedI,
         typename DerivedP,
-        typename uE2EType,
         typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
+        typename Kernel,
+        typename DerivedR,
+        typename DerivedS >
+      IGL_INLINE void closest_facet(
+          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI>& I,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
+          const std::vector<std::vector<size_t> > & VF,
+          const std::vector<std::vector<size_t> > & VFi,
+          const CGAL::AABB_tree<
+            CGAL::AABB_traits<
+              Kernel, 
+              CGAL::AABB_triangle_primitive<
+                Kernel, typename std::vector<
+                  typename Kernel::Triangle_3 >::iterator > > > & tree,
+          const std::vector<typename Kernel::Triangle_3 > & triangles,
+          const std::vector<bool> & in_I,
+          Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R,
+          Eigen::PlainObjectBase<DerivedS>& S);
+      template<
+        typename DerivedV,
+        typename DerivedF,
+        typename DerivedI,
+        typename DerivedP,
+        typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
         typename DerivedR,
         typename DerivedS >
       IGL_INLINE void closest_facet(
@@ -51,24 +91,27 @@ namespace igl
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI>& I,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
-        const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
               Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R,
               Eigen::PlainObjectBase<DerivedS>& S);
       template<
         typename DerivedV,
         typename DerivedF,
         typename DerivedP,
-        typename uE2EType,
         typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
         typename DerivedR,
         typename DerivedS >
       IGL_INLINE void closest_facet(
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
-        const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedS>& S);
       template<
@@ -76,8 +119,9 @@ namespace igl
         typename DerivedF,
         typename DerivedI,
         typename DerivedP,
-        typename uE2EType,
         typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
         typename Kernel,
         typename DerivedR,
         typename DerivedS >
@@ -86,8 +130,9 @@ namespace igl
           const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
           const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI>& I,
           const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
-          const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
           const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+          const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
           const std::vector<std::vector<size_t> > & VF,
           const std::vector<std::vector<size_t> > & VFi,
           const CGAL::AABB_tree<

include/igl/copyleft/cgal/complex_to_mesh.cpp

@@ -148,5 +148,6 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::complex_to_mesh(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
 template bool igl::copyleft::cgal::complex_to_mesh<CGAL::Delaunay_triangulation_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_data_structure_3<CGAL::Surface_mesh_vertex_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_vertex_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_ds_vertex_base_3<void> > >, CGAL::Delaunay_triangulation_cell_base_with_circumcenter_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Surface_mesh_cell_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_cell_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_ds_cell_base_3<void> > > >, CGAL::Sequential_tag>, CGAL::Default, CGAL::Default>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(CGAL::Complex_2_in_triangulation_3<CGAL::Delaunay_triangulation_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_data_structure_3<CGAL::Surface_mesh_vertex_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_vertex_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_ds_vertex_base_3<void> > >, CGAL::Delaunay_triangulation_cell_base_with_circumcenter_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Surface_mesh_cell_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_cell_base_3<CGAL::Robust_circumcenter_traits_3<CGAL::Epick>, CGAL::Triangulation_ds_cell_base_3<void> > > >, CGAL::Sequential_tag>, CGAL::Default, CGAL::Default>, void> const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/component_inside_component.cpp

@@ -62,22 +62,6 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::component_inside_component(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template bool igl::copyleft::cgal::component_inside_component<
-Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,
-Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1>,
-Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > (
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
-
-template bool igl::copyleft::cgal::component_inside_component<
-Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,
-Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > (
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
+template bool igl::copyleft::cgal::component_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > (Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
+template bool igl::copyleft::cgal::component_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > (Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/convex_hull.cpp

@@ -95,7 +95,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::convex_hull(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::convex_hull<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::convex_hull<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);

include/igl/copyleft/cgal/coplanar.cpp

@@ -44,6 +44,5 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::coplanar(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::coplanar<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells.cpp

@@ -7,15 +7,17 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 //
 #include "extract_cells.h"
+#include "extract_cells_single_component.h"
 #include "closest_facet.h"
-#include "order_facets_around_edge.h"
 #include "outer_facet.h"
 #include "submesh_aabb_tree.h"
 #include "../../extract_manifold_patches.h"
 #include "../../facet_components.h"
+#include "../../parallel_for.h"
 #include "../../get_seconds.h"
 #include "../../triangle_triangle_adjacency.h"
 #include "../../unique_edge_map.h"
+#include "../../C_STR.h"
 #include "../../vertex_triangle_adjacency.h"
 
 #include <CGAL/AABB_tree.h>
@@ -30,7 +32,7 @@
 #include <map>
 #include <set>
 
-//#define EXTRACT_CELLS_DEBUG
+//#define EXTRACT_CELLS_TIMING
 
 template<
   typename DerivedV,
@@ -45,22 +47,21 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
   // Construct edge adjacency
   Eigen::MatrixXi E, uE;
   Eigen::VectorXi EMAP;
-  std::vector<std::vector<size_t> > uE2E;
-  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uE2E);
+  Eigen::VectorXi uEC,uEE;
+  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uEC, uEE);
   // Cluster into manifold patches
   Eigen::VectorXi P;
-  igl::extract_manifold_patches(F, EMAP, uE2E, P);
+  igl::extract_manifold_patches(F, EMAP, uEC, uEE, P);
   // Extract cells
   DerivedC per_patch_cells;
-  const size_t num_cells =
-    igl::copyleft::cgal::extract_cells(V,F,P,E,uE,uE2E,EMAP,per_patch_cells);
+  const size_t ncells = extract_cells(V,F,P,E,uE,EMAP,uEC,uEE,per_patch_cells);
   // Distribute per-patch cell information to each face
   cells.resize(num_faces, 2);
   for (size_t i=0; i<num_faces; i++)
   {
     cells.row(i) = per_patch_cells.row(P[i]);
   }
-  return num_cells;
+  return ncells;
 }
 
 
@@ -70,8 +71,9 @@ template<
   typename DerivedP,
   typename DerivedE,
   typename DeriveduE,
-  typename uE2EType,
   typename DerivedEMAP,
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE,
   typename DerivedC >
 IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
@@ -79,8 +81,9 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedE>& E,
   const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-  const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
   const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells)
 {
   // Trivial base case
@@ -101,7 +104,7 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
   typedef CGAL::AABB_traits<Kernel, Primitive> AABB_triangle_traits;
   typedef CGAL::AABB_tree<AABB_triangle_traits> Tree;
 
-#ifdef EXTRACT_CELLS_DEBUG
+#ifdef EXTRACT_CELLS_TIMING
   const auto & tictoc = []() -> double
   {
     static double t_start = igl::get_seconds();
@@ -110,8 +113,8 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
     return diff;
   };
   const auto log_time = [&](const std::string& label) -> void {
-    std::cout << "extract_cells." << label << ": "
-      << tictoc() << std::endl;
+    printf("%50s: %0.5lf\n",
+      C_STR("extract_cells." << label),tictoc());
   };
   tictoc();
 #else
@@ -126,12 +129,12 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
   // Extract all cells...
   DerivedC raw_cells;
   const size_t num_raw_cells =
-    extract_cells_single_component(V,F,P,uE,uE2E,EMAP,raw_cells);
-  log_time("extract_single_component_cells");
+    extract_cells_single_component(V,F,P,uE,EMAP,uEC,uEE,raw_cells);
+  log_time("extract_cells_single_component");
 
   // Compute triangle-triangle adjacency data-structure
   std::vector<std::vector<std::vector<Index > > > TT,_1;
-  igl::triangle_triangle_adjacency(E, EMAP, uE2E, false, TT, _1);
+  igl::triangle_triangle_adjacency(EMAP, uEC, uEE, false, TT, _1);
   log_time("compute_face_adjacency");
 
   // Compute connected components of the mesh
@@ -161,13 +164,17 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
             Kernel::Triangle_3 >::iterator > > > > trees(num_components);
   std::vector< std::vector<Kernel::Triangle_3 > >
     triangle_lists(num_components);
+  // O(num_components * num_faces) 
+  // In general, extract_cells appears to have O(num_components * num_faces)
+  // performance. This could be painfully tested by a processing a cloud of
+  // tetrahedra.
   std::vector<std::vector<bool> > in_Is(num_components);
 
   // Find outer facets, their orientations and cells for each component
   Eigen::VectorXi outer_facets(num_components);
   Eigen::VectorXi outer_facet_orientation(num_components);
   Eigen::VectorXi outer_cells(num_components);
-  for (size_t i=0; i<num_components; i++)
+  igl::parallel_for(num_components,[&](size_t i)
   {
     Is[i].resize(components[i].size());
     std::copy(components[i].begin(), components[i].end(),Is[i].data());
@@ -175,8 +182,8 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, Is[i], outer_facets[i], flipped);
     outer_facet_orientation[i] = flipped?1:0;
     outer_cells[i] = raw_cells(P[outer_facets[i]], outer_facet_orientation[i]);
-  }
-#ifdef EXTRACT_CELLS_DEBUG
+  },1000);
+#ifdef EXTRACT_CELLS_TIMING
   log_time("outer_facet_per_component");
 #endif
 
@@ -269,8 +276,9 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
         F,
         I,
         queries,
-        uE2E,
         EMAP,
+        uEC,
+        uEE,
         VF,
         VFi,
         tree,
@@ -301,7 +309,7 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
     }
   }
 
-#ifdef EXTRACT_CELLS_DEBUG
+#ifdef EXTRACT_CELLS_TIMING
     log_time("nested_relationship");
 #endif
 
@@ -369,180 +377,19 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells(
         raw_cells(i, 1) = negative_cell_id;
     }
     cells = raw_cells;
-#ifdef EXTRACT_CELLS_DEBUG
+#ifdef EXTRACT_CELLS_TIMING
     log_time("finalize");
 #endif
     return count;
 }
 
-template<
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedF,
-  typename DerivedP,
-  typename DeriveduE,
-  typename uE2EType,
-  typename DerivedEMAP,
-  typename DerivedC>
-IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells_single_component(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-  const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells)
-{
-  const size_t num_faces = F.rows();
-  // Input:
-  //   index  index into #F*3 list of undirect edges
-  // Returns index into face
-  const auto edge_index_to_face_index = [&num_faces](size_t index)
-  {
-    return index % num_faces;
-  };
-  // Determine if a face (containing undirected edge {s,d} is consistently
-  // oriented with directed edge {s,d} (or otherwise it is with {d,s})
-  //
-  // Inputs:
-  //   fid  face index into F
-  //   s  source index of edge
-  //   d  destination index of edge
-  // Returns true if face F(fid,:) is consistent with {s,d}
-  const auto is_consistent =
-    [&F](const size_t fid, const size_t s, const size_t d) -> bool
-  {
-    if ((size_t)F(fid, 0) == s && (size_t)F(fid, 1) == d) return false;
-    if ((size_t)F(fid, 1) == s && (size_t)F(fid, 2) == d) return false;
-    if ((size_t)F(fid, 2) == s && (size_t)F(fid, 0) == d) return false;
-
-    if ((size_t)F(fid, 0) == d && (size_t)F(fid, 1) == s) return true;
-    if ((size_t)F(fid, 1) == d && (size_t)F(fid, 2) == s) return true;
-    if ((size_t)F(fid, 2) == d && (size_t)F(fid, 0) == s) return true;
-    throw "Invalid face!";
-    return false;
-  };
-
-  const size_t num_unique_edges = uE.rows();
-  const size_t num_patches = P.maxCoeff() + 1;
-
-  // Build patch-patch adjacency list.
-  std::vector<std::map<size_t, size_t> > patch_adj(num_patches);
-  for (size_t i=0; i<num_unique_edges; i++) {
-    const size_t s = uE(i,0);
-    const size_t d = uE(i,1);
-    const auto adj_faces = uE2E[i];
-    const size_t num_adj_faces = adj_faces.size();
-    if (num_adj_faces > 2) {
-      for (size_t j=0; j<num_adj_faces; j++) {
-        const size_t patch_j = P[edge_index_to_face_index(adj_faces[j])];
-        for (size_t k=j+1; k<num_adj_faces; k++) {
-          const size_t patch_k = P[edge_index_to_face_index(adj_faces[k])];
-          if (patch_adj[patch_j].find(patch_k) == patch_adj[patch_j].end()) {
-            patch_adj[patch_j].insert({patch_k, i});
-          }
-          if (patch_adj[patch_k].find(patch_j) == patch_adj[patch_k].end()) {
-            patch_adj[patch_k].insert({patch_j, i});
-          }
-        }
-      }
-    }
-  }
-
-
-  const int INVALID = std::numeric_limits<int>::max();
-  std::vector<size_t> cell_labels(num_patches * 2);
-  for (size_t i=0; i<num_patches; i++) cell_labels[i] = i;
-  std::vector<std::set<size_t> > equivalent_cells(num_patches*2);
-  std::vector<bool> processed(num_unique_edges, false);
-
-  size_t label_count=0;
-  for (size_t i=0; i<num_patches; i++) {
-    for (const auto& entry : patch_adj[i]) {
-      const size_t neighbor_patch = entry.first;
-      const size_t uei = entry.second;
-      if (processed[uei]) continue;
-      processed[uei] = true;
-
-      const auto& adj_faces = uE2E[uei];
-      const size_t num_adj_faces = adj_faces.size();
-      assert(num_adj_faces > 2);
-
-      const size_t s = uE(uei,0);
-      const size_t d = uE(uei,1);
-
-      std::vector<int> signed_adj_faces;
-      for (auto ej : adj_faces)
-      {
-        const size_t fid = edge_index_to_face_index(ej);
-        bool cons = is_consistent(fid, s, d);
-        signed_adj_faces.push_back((fid+1)*(cons ? 1:-1));
-      }
-      {
-        // Sort adjacent faces cyclically around {s,d}
-        Eigen::VectorXi order;
-        // order[f] will reveal the order of face f in signed_adj_faces
-        order_facets_around_edge(V, F, s, d, signed_adj_faces, order);
-        for (size_t j=0; j<num_adj_faces; j++) {
-          const size_t curr_idx = j;
-          const size_t next_idx = (j+1)%num_adj_faces;
-          const size_t curr_patch_idx =
-            P[edge_index_to_face_index(adj_faces[order[curr_idx]])];
-          const size_t next_patch_idx =
-            P[edge_index_to_face_index(adj_faces[order[next_idx]])];
-          const bool curr_cons = signed_adj_faces[order[curr_idx]] > 0;
-          const bool next_cons = signed_adj_faces[order[next_idx]] > 0;
-          const size_t curr_cell_idx = curr_patch_idx*2 + (curr_cons?0:1);
-          const size_t next_cell_idx = next_patch_idx*2 + (next_cons?1:0);
-          equivalent_cells[curr_cell_idx].insert(next_cell_idx);
-          equivalent_cells[next_cell_idx].insert(curr_cell_idx);
-        }
-      }
-    }
-  }
-
-  size_t count=0;
-  cells.resize(num_patches, 2);
-  cells.setConstant(INVALID);
-  const auto extract_equivalent_cells = [&](size_t i) {
-    if (cells(i/2, i%2) != INVALID) return;
-    std::queue<size_t> Q;
-    Q.push(i);
-    cells(i/2, i%2) = count;
-    while (!Q.empty()) {
-      const size_t index = Q.front();
-      Q.pop();
-      for (const auto j : equivalent_cells[index]) {
-        if (cells(j/2, j%2) == INVALID) {
-          cells(j/2, j%2) = count;
-          Q.push(j);
-        }
-      }
-    }
-    count++;
-  };
-  for (size_t i=0; i<num_patches; i++) {
-    extract_equivalent_cells(i*2);
-    extract_equivalent_cells(i*2+1);
-  }
-
-  assert((cells.array() != INVALID).all());
-  return count;
-}
-
-
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
-template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template unsigned long igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
-template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
-template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
-template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
-template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::extract_cells<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells.h

@@ -6,8 +6,8 @@
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 //
-#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS
-#define IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS
+#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS_H
+#define IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS_H
 
 #include "../../igl_inline.h"
 #include <Eigen/Core>
@@ -47,8 +47,9 @@ namespace igl {
       //   P  #F list of patch indices.
       //   E  #E by 2 array of vertex indices, one edge per row.
       //  uE    #uE by 2 list of vertex_indices, represents undirected edges.
-      //  uE2E  #uE list of lists that maps uE to E. (a one-to-many map)
       //  EMAP  #F*3 list of indices into uE.
+      //  uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+      //  uEE  #E list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
       //
       // Output:
       //   cells  #P by 2 array of cell indices.  cells(i,0) represents the
@@ -61,8 +62,9 @@ namespace igl {
         typename DerivedP,
         typename DerivedE,
         typename DeriveduE,
-        typename uE2EType,
         typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
         typename DerivedC >
       IGL_INLINE size_t extract_cells(
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
@@ -70,41 +72,9 @@ namespace igl {
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedE>& E,
         const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-        const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells);
-
-      // Extract connected 3D space partitioned by mesh (V,F) composed of
-      // **possibly multiple components** (the name of this function is
-      // dubious).
-      //
-      // Inputs:
-      //   V  #V by 3 array of vertices.
-      //   F  #F by 3 array of faces.
-      //   P  #F list of patch indices.
-      //   E  #E by 2 array of vertex indices, one edge per row.
-      //  uE    #uE by 2 list of vertex_indices, represents undirected edges.
-      //  uE2E  #uE list of lists that maps uE to E. (a one-to-many map)
-      //  EMAP  #F*3 list of indices into uE.
-      // Output:
-      //  cells  #P by 2 array of cell indices.  cells(i,0) represents the
-      //    cell index on the positive side of patch i, and cells(i,1)
-      //    represents cell index of the negative side.
-      template<
-        typename DerivedV,
-        typename DerivedF,
-        typename DerivedP,
-        typename DeriveduE,
-        typename uE2EType,
-        typename DerivedEMAP,
-        typename DerivedC >
-      IGL_INLINE size_t extract_cells_single_component(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-        const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells);
     }
   }

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells_single_component.cpp

@@ -0,0 +1,231 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2015 Qingnan Zhou <[email protected]>
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+//
+#include "extract_cells_single_component.h"
+#include "order_facets_around_edge.h"
+#include "../../C_STR.h"
+#include "../../get_seconds.h"
+#include <limits>
+#include <vector>
+#include <set>
+#include <map>
+#include <queue>
+
+//#define EXTRACT_CELLS_SINGLE_COMPONENT_TIMING
+
+template<
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedP,
+  typename DeriveduE,
+  typename DerivedEMAP,
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE,
+  typename DerivedC>
+IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells_single_component(
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells)
+{
+#ifdef EXTRACT_CELLS_SINGLE_COMPONENT_TIMING
+  const auto & tictoc = []() -> double
+  {
+    static double t_start = igl::get_seconds();
+    double diff = igl::get_seconds()-t_start;
+    t_start += diff;
+    return diff;
+  };
+  const auto log_time = [&](const std::string& label) -> void {
+    printf("%50s: %0.5lf\n",
+      C_STR("extrac*_single_component." << label),tictoc());
+  };
+  tictoc();
+#else
+  // no-op
+  const auto log_time = [](const std::string){};
+#endif
+  const size_t num_faces = F.rows();
+  // Input:
+  //   index  index into #F*3 list of undirect edges
+  // Returns index into face
+  const auto e2f = [&num_faces](size_t index) { return index % num_faces; };
+  // Determine if a face (containing undirected edge {s,d} is consistently
+  // oriented with directed edge {s,d} (or otherwise it is with {d,s})
+  //
+  // Inputs:
+  //   fid  face index into F
+  //   s  source index of edge
+  //   d  destination index of edge
+  // Returns true if face F(fid,:) is consistent with {s,d}
+  const auto is_consistent =
+    [&F](const size_t fid, const size_t s, const size_t d) -> bool
+  {
+    if ((size_t)F(fid, 0) == s && (size_t)F(fid, 1) == d) return false;
+    if ((size_t)F(fid, 1) == s && (size_t)F(fid, 2) == d) return false;
+    if ((size_t)F(fid, 2) == s && (size_t)F(fid, 0) == d) return false;
+
+    if ((size_t)F(fid, 0) == d && (size_t)F(fid, 1) == s) return true;
+    if ((size_t)F(fid, 1) == d && (size_t)F(fid, 2) == s) return true;
+    if ((size_t)F(fid, 2) == d && (size_t)F(fid, 0) == s) return true;
+    throw "Invalid face!";
+    return false;
+  };
+
+  const size_t num_unique_edges = uE.rows();
+  const size_t num_patches = P.maxCoeff() + 1;
+
+  // Build patch-patch adjacency list.
+  //
+  // Does this really need to be a map? Or do I just want a list of neighbors
+  // and for each neighbor an index to a unique edge? (i.e., a sparse matrix)
+  std::vector<std::map<size_t, size_t> > patch_adj(num_patches);
+  for (size_t i=0; i<num_unique_edges; i++)
+  {
+    const size_t s = uE(i,0);
+    const size_t d = uE(i,1);
+    //const auto adj_faces = uE2E[i];
+    //const size_t num_adj_faces = adj_faces.size();
+    const size_t num_adj_faces = uEC(i+1)-uEC(i);
+    if (num_adj_faces > 2)
+    {
+      //for (size_t j=0; j<num_adj_faces; j++) {
+      //  const auto aj = adj_faces[j];
+      for (size_t ij=uEC(i); ij<uEC(i+1); ij++) 
+      {
+        const auto aj = uEE(ij);
+        const size_t patch_j = P[e2f(aj)];
+        //for (size_t k=j+1; k<num_adj_faces; k++) {
+        //  const auto ak = adj_faces[k];
+        for (size_t ik=ij+1; ik<uEC(i+1); ik++) 
+        {
+          const auto ak = uEE(ik);
+          const size_t patch_k = P[e2f(ak)];
+          if (patch_adj[patch_j].find(patch_k) == patch_adj[patch_j].end())
+          {
+            patch_adj[patch_j].insert({patch_k, i});
+          }
+          if (patch_adj[patch_k].find(patch_j) == patch_adj[patch_k].end())
+          {
+            patch_adj[patch_k].insert({patch_j, i});
+          }
+        }
+      }
+    }
+  }
+  log_time("patch-adjacency");
+
+
+  const int INVALID = std::numeric_limits<int>::max();
+  //std::vector<size_t> cell_labels(num_patches * 2);
+  //for (size_t i=0; i<num_patches; i++) cell_labels[i] = i;
+  std::vector<std::set<size_t> > equivalent_cells(num_patches*2);
+  std::vector<bool> processed(num_unique_edges, false);
+
+  size_t label_count=0;
+  size_t order_facets_around_edge_calls = 0;
+  // bottleneck appears to be `order_facets_around_edge`
+  for (size_t i=0; i<num_patches; i++) 
+  {
+    for (const auto& entry : patch_adj[i]) 
+    {
+      const size_t neighbor_patch = entry.first;
+      const size_t uei = entry.second;
+      if (processed[uei]) continue;
+      processed[uei] = true;
+
+      //const auto& adj_faces = uE2E[uei];
+      //const size_t num_adj_faces = adj_faces.size();
+      const size_t num_adj_faces = uEC(uei+1)-uEC(uei);
+      assert(num_adj_faces > 2);
+
+      const size_t s = uE(uei,0);
+      const size_t d = uE(uei,1);
+
+      std::vector<int> signed_adj_faces;
+      //for (auto ej : adj_faces)
+      for(size_t ij = uEC(uei);ij<uEC(uei+1);ij++)
+      {
+        const size_t ej = uEE(ij);
+        const size_t fid = e2f(ej);
+        bool cons = is_consistent(fid, s, d);
+        signed_adj_faces.push_back((fid+1)*(cons ? 1:-1));
+      }
+      {
+        // Sort adjacent faces cyclically around {s,d}
+        Eigen::VectorXi order;
+        // order[f] will reveal the order of face f in signed_adj_faces
+        order_facets_around_edge(V, F, s, d, signed_adj_faces, order);
+        order_facets_around_edge_calls++;
+        for (size_t j=0; j<num_adj_faces; j++) 
+        {
+          const size_t curr_idx = j;
+          const size_t next_idx = (j+1)%num_adj_faces;
+          //const size_t curr_patch_idx = P[e2f(adj_faces[order[curr_idx]])];
+          //const size_t next_patch_idx = P[e2f(adj_faces[order[next_idx]])];
+          const size_t curr_patch_idx = P[e2f( uEE(uEC(uei)+order[curr_idx]) )];
+          const size_t next_patch_idx = P[e2f( uEE(uEC(uei)+order[next_idx]) )];
+          const bool curr_cons = signed_adj_faces[order[curr_idx]] > 0;
+          const bool next_cons = signed_adj_faces[order[next_idx]] > 0;
+          const size_t curr_cell_idx = curr_patch_idx*2 + (curr_cons?0:1);
+          const size_t next_cell_idx = next_patch_idx*2 + (next_cons?1:0);
+          equivalent_cells[curr_cell_idx].insert(next_cell_idx);
+          equivalent_cells[next_cell_idx].insert(curr_cell_idx);
+        }
+      }
+    }
+  }
+#ifdef EXTRACT_CELLS_SINGLE_COMPONENT_TIMING
+  log_time("equivalent_cells");
+#endif 
+
+  size_t count=0;
+  cells.resize(num_patches, 2);
+  cells.setConstant(INVALID);
+  const auto extract_equivalent_cells = [&](size_t i) {
+    if (cells(i/2, i%2) != INVALID) return;
+    std::queue<size_t> Q;
+    Q.push(i);
+    cells(i/2, i%2) = count;
+    while (!Q.empty()) {
+      const size_t index = Q.front();
+      Q.pop();
+      for (const auto j : equivalent_cells[index]) {
+        if (cells(j/2, j%2) == INVALID) {
+          cells(j/2, j%2) = count;
+          Q.push(j);
+        }
+      }
+    }
+    count++;
+  };
+  for (size_t i=0; i<num_patches; i++) {
+    extract_equivalent_cells(i*2);
+    extract_equivalent_cells(i*2+1);
+  }
+  log_time("extract-equivalent_cells");
+
+  assert((cells.array() != INVALID).all());
+  return count;
+}
+
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+#include <cstdint>
+template size_t igl::copyleft::cgal::extract_cells_single_component<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#ifdef WIN32
+template uint64_t igl::copyleft::cgal::extract_cells_single_component<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#endif
+#endif

include/igl/copyleft/cgal/extract_cells_single_component.h

@@ -0,0 +1,64 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+// 
+// Copyright (C) 2015 Qingnan Zhou <[email protected]>
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+//
+#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS_SINGLE_COMPONENT_H
+#define IGL_COPYLEFT_CGAL_EXTRACT_CELLS_SINGLE_COMPONENT_H
+
+#include "../../igl_inline.h"
+#include <Eigen/Core>
+#include <vector>
+
+namespace igl {
+  namespace copyleft
+  {
+    namespace cgal
+    {
+      // Extract connected 3D space partitioned by mesh (V,F) composed of
+      // **possibly multiple components** (the name of this function is
+      // dubious).
+      //
+      // Inputs:
+      //   V  #V by 3 array of vertices.
+      //   F  #F by 3 array of faces.
+      //   P  #F list of patch indices.
+      //   E  #E by 2 array of vertex indices, one edge per row.
+      //  uE    #uE by 2 list of vertex_indices, represents undirected edges.
+      //  EMAP  #F*3 list of indices into uE.
+      //  uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+      //  uEE  #E list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
+      // Output:
+      //  cells  #P by 2 array of cell indices.  cells(i,0) represents the
+      //    cell index on the positive side of patch i, and cells(i,1)
+      //    represents cell index of the negative side.
+      template<
+        typename DerivedV,
+        typename DerivedF,
+        typename DerivedP,
+        typename DeriveduE,
+        typename DerivedEMAP,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
+        typename DerivedC >
+      IGL_INLINE size_t extract_cells_single_component(
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedC>& cells);
+    }
+  }
+}
+
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "extract_cells_single_component.cpp"
+#endif
+#endif
+

include/igl/copyleft/cgal/half_space_box.cpp

@@ -112,12 +112,11 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::half_space_box(
 }
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >(CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >(CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >(CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
-template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> >(CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 4, 0, -1, 4> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 4, 0, -1, 4> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 4, 1, 1, 4> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
+template void igl::copyleft::cgal::half_space_box<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>&, Eigen::Matrix<int, 12, 3, 0, 12, 3>&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/hausdorff.cpp

@@ -40,5 +40,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::hausdorff(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::hausdorff<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Simple_cartesian<double>, double>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Simple_cartesian<double>, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> >, CGAL::Default> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > > const&, double&, double&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/insert_into_cdt.cpp

@@ -61,8 +61,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::insert_into_cdt(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-// Explicit template instantiation
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+// Explicit template instantiation
 template void igl::copyleft::cgal::insert_into_cdt<CGAL::Epick>(CGAL::Object const&, CGAL::Plane_3<CGAL::Epick> const&, CGAL::Constrained_triangulation_plus_2<CGAL::Constrained_Delaunay_triangulation_2<CGAL::Epick, CGAL::Triangulation_data_structure_2<CGAL::Triangulation_vertex_base_2<CGAL::Epick, CGAL::Triangulation_ds_vertex_base_2<void> >, CGAL::Constrained_triangulation_face_base_2<CGAL::Epick, CGAL::Triangulation_face_base_2<CGAL::Epick, CGAL::Triangulation_ds_face_base_2<void> > > >, CGAL::Exact_intersections_tag> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::insert_into_cdt<CGAL::Epeck>(CGAL::Object const&, CGAL::Plane_3<CGAL::Epeck> const&, CGAL::Constrained_triangulation_plus_2<CGAL::Constrained_Delaunay_triangulation_2<CGAL::Epeck, CGAL::Triangulation_data_structure_2<CGAL::Triangulation_vertex_base_2<CGAL::Epeck, CGAL::Triangulation_ds_vertex_base_2<void> >, CGAL::Constrained_triangulation_face_base_2<CGAL::Epeck, CGAL::Triangulation_face_base_2<CGAL::Epeck, CGAL::Triangulation_ds_face_base_2<void> > > >, CGAL::Exact_intersections_tag> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/intersect_other.cpp

@@ -224,7 +224,9 @@ namespace igl
           }
 
           remesh_intersections(
-            VAB,FAB,TAB,offending,params.stitch_all,VVAB,FFAB,JAB,IMAB);
+            VAB,FAB,TAB,offending,
+            params.stitch_all,params.slow_and_more_precise_rounding,
+            VVAB,FFAB,JAB,IMAB);
         }
 
         return IF.rows() > 0;
@@ -288,7 +290,6 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::intersect_other(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_other<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,   -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_other<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_other<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,   -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_other<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/intersect_with_half_space.cpp

@@ -77,12 +77,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<float>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<float>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<double>, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::intersect_with_half_space<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3>, Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<float>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::CwiseUnaryOp<Eigen::internal::scalar_opposite_op<float>, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/list_to_matrix.cpp

@@ -11,5 +11,5 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../list_to_matrix.cpp"
-template bool igl::list_to_matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>   >(std::vector<std::vector<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>,   std::allocator<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq> > >,   std::allocator<std::vector<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>,   std::allocator<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq> > > > > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> >&);
+template bool igl::list_to_matrix<CGAL::Epeck::FT, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(std::vector<std::vector<CGAL::Epeck::FT, std::allocator<CGAL::Epeck::FT > >, std::allocator<std::vector<CGAL::Epeck::FT, std::allocator<CGAL::Epeck::FT > > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/mesh_boolean.cpp

@@ -8,7 +8,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 //
 #include "mesh_boolean.h"
-#include "assign.h"
+#include "assign_scalar.h"
 #include "extract_cells.h"
 #include "mesh_boolean_type_to_funcs.h"
 #include "propagate_winding_numbers.h"
@@ -19,11 +19,13 @@
 #include "../../cumsum.h"
 #include "../../extract_manifold_patches.h"
 #include "../../get_seconds.h"
+#include "../../parallel_for.h"
 #include "../../remove_unreferenced.h"
 #include "../../resolve_duplicated_faces.h"
 #include "../../slice.h"
 #include "../../unique_edge_map.h"
 #include "../../unique_simplices.h"
+#include "../../C_STR.h"
 
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 #include <algorithm>
@@ -195,8 +197,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
     return diff;
   };
   const auto log_time = [&](const std::string& label) -> void {
-    std::cout << "mesh_boolean." << label << ": "
-      << tictoc() << std::endl;
+    printf("%50s: %0.5lf\n",
+      C_STR("mesh_boolean." << label),tictoc());
   };
   tictoc();
 #endif
@@ -234,15 +236,13 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
   log_time("resolve_self_intersection");
 #endif
 
-  // Compute edges of (F) --> (E,uE,EMAP,uE2E)
   Eigen::MatrixXi E, uE;
-  Eigen::VectorXi EMAP;
-  std::vector<std::vector<size_t> > uE2E;
-  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uE2E);
+  Eigen::VectorXi EMAP, uEC, uEE;
+  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uEC, uEE);
 
-  // Compute patches (F,EMAP,uE2E) --> (P)
+  // Compute patches (F,EMAP,uEC,uEE) --> (P)
   Eigen::VectorXi P;
-  const size_t num_patches = igl::extract_manifold_patches(F, EMAP, uE2E, P);
+  const size_t num_patches = igl::extract_manifold_patches(F,EMAP,uEC,uEE,P);
 #ifdef MESH_BOOLEAN_TIMING
   log_time("patch_extraction");
 #endif
@@ -250,8 +250,7 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
   // Compute cells (V,F,P,E,uE,EMAP) -> (per_patch_cells)
   Eigen::MatrixXi per_patch_cells;
   const size_t num_cells =
-    igl::copyleft::cgal::extract_cells(
-        V, F, P, E, uE, uE2E, EMAP, per_patch_cells);
+  extract_cells( V, F, P, E, uE, EMAP, uEC, uEE, per_patch_cells);
 #ifdef MESH_BOOLEAN_TIMING
   log_time("cell_extraction");
 #endif
@@ -286,9 +285,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
   bool valid = true;
   if (num_faces > 0) 
   {
-    valid = valid & 
-      igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
-          V, F, uE, uE2E, num_patches, P, num_cells, per_patch_cells, labels, W);
+    valid = valid && propagate_winding_numbers(
+      V,F,uE,uEC,uEE,num_patches,P,num_cells,per_patch_cells,labels,W);
   } else 
   {
     W.resize(0, 2*num_inputs);
@@ -401,10 +399,25 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
     }
 #endif
 
-    MatrixX3S Vs;
-    assign(V,Vs);
-    Eigen::VectorXi newIM;
-    igl::remove_unreferenced(Vs,G,VC,FC,newIM);
+    // `assign` _after_ removing unreferenced vertices
+    {
+      Eigen::VectorXi I,J;
+      igl::remove_unreferenced(V.rows(),G,I,J);
+      FC = G;
+      std::for_each(FC.data(),FC.data()+FC.size(),
+          [&I](typename DerivedFC::Scalar & a){a=I(a);});
+      const bool slow_and_more_precise = false;
+      VC.resize(J.size(),3);
+      igl::parallel_for(J.size(),[&](Eigen::Index i)
+      {
+        for(Eigen::Index c = 0;c<3;c++)
+        {
+          assign_scalar(V(J(i),c),slow_and_more_precise,VC(i,c));
+        }
+      },1000);
+    }
+
+
   }
 #ifdef MESH_BOOLEAN_TIMING
   log_time("clean_up");
@@ -434,9 +447,10 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::mesh_boolean<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, igl::MeshBooleanType const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/mesh_to_cgal_triangle_list.cpp

@@ -7,6 +7,8 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "mesh_to_cgal_triangle_list.h"
 #include "assign.h"
+#include "../../parallel_for.h"
+#include "../../get_seconds.h"
 
 #include <cassert>
 
@@ -19,6 +21,14 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   std::vector<CGAL::Triangle_3<Kernel> > & T)
 {
+  const auto & tictoc = []()
+  {
+    static double t_start = igl::get_seconds();
+    double diff = igl::get_seconds()-t_start;
+    t_start += diff;
+    return diff;
+  };
+  tictoc();
   typedef CGAL::Point_3<Kernel>    Point_3;
   typedef CGAL::Triangle_3<Kernel> Triangle_3; 
   // Must be 3D
@@ -33,51 +43,39 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list(
   assign(V,KV);
   // Must be triangles
   assert(F.cols() == 3);
-  T.reserve(F.rows());
-  // Loop over faces
-  for(int f = 0;f<(int)F.rows();f++)
+  T.resize(F.rows());
+  igl::parallel_for(F.rows(),[&](const Eigen::Index f)
   {
-    T.push_back(
+    T[f] = 
       Triangle_3(
         Point_3( KV(F(f,0),0), KV(F(f,0),1), KV(F(f,0),2)),
         Point_3( KV(F(f,1),0), KV(F(f,1),1), KV(F(f,1),2)),
-        Point_3( KV(F(f,2),0), KV(F(f,2),1), KV(F(f,2),2))));
-  }
+        Point_3( KV(F(f,2),0), KV(F(f,2),1), KV(F(f,2),2)));
+  },1000);
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Simple_cartesian<double> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Simple_cartesian<double> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 8, 3, 0, 8, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Simple_cartesian<double> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Simple_cartesian<double> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::mesh_to_cgal_triangle_list<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/mesh_to_polyhedron.cpp

@@ -53,5 +53,6 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::mesh_to_polyhedron(
 #include <CGAL/Simple_cartesian.h>
 #include <CGAL/Polyhedron_items_with_id_3.h>
 #include <CGAL/Polyhedron_3.h>
+// generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::copyleft::cgal::mesh_to_polyhedron<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Polyhedron_3<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::Polyhedron_items_with_id_3, CGAL::HalfedgeDS_default, std::allocator<int> > >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, CGAL::Polyhedron_3<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::Polyhedron_items_with_id_3, CGAL::HalfedgeDS_default, std::allocator<int> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/minkowski_sum.cpp

@@ -381,19 +381,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<  Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>,   Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>,   double, 3, 1,   float, 3, 1,   Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck::FT, 3, 1, CGAL::Epeck::FT, 3, 1, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, 1, 3, 1, 1, 3> const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double, 3, 1, double, 3, 1, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 3, 1, CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 3, 1, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, 1, 3, 1, 1, 3> const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::minkowski_sum<
-  Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3>, 
-  Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, 
-  double, 3, 1, 
-  float, 3, 1, 
-  Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, 
-  Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 
-  Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::Matrix<double, 1, 3, 1, 1, 3> const&, Eigen::Matrix<float, 1, 3, 1, 1, 3> const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/order_facets_around_edge.cpp

@@ -400,29 +400,19 @@ void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, unsigned long, unsigned long, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#include <cstdint>
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, size_t, size_t, std::vector<int, std::allocator<int> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, bool);
 #ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &, bool);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, unsigned __int64, unsigned __int64, class std::vector<int, class std::allocator<int>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/order_facets_around_edges.cpp

@@ -321,17 +321,13 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
+#include <cstdint>
+template std::enable_if<!(std::is_same<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, CGAL::Epeck::FT >::value), void>::type igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int, int, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, std::ptrdiff_t, std::ptrdiff_t, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, std::ptrdiff_t, std::ptrdiff_t, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int, int, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template std::enable_if<!(std::is_same<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq> >::value), void>::type igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int, int, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, long, long, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, long, long, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, long, long, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, long, long, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > > const&, std::vector<std::vector<long, std::allocator<long> >, std::allocator<std::vector<long, std::allocator<long> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, std::ptrdiff_t, std::ptrdiff_t, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
+template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, std::ptrdiff_t, std::ptrdiff_t, bool>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > > const&, std::vector<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> >, std::allocator<std::vector<std::ptrdiff_t, std::allocator<std::ptrdiff_t> > > >&, std::vector<std::vector<bool, std::allocator<bool> >, std::allocator<std::vector<bool, std::allocator<bool> > > >&);
 #ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,__int64,__int64,bool>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > &,class std::vector<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> >,class std::allocator<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> > > > &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,__int64,__int64,bool>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > &,class std::vector<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> >,class std::allocator<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> > > > &);
-template void igl::copyleft::cgal::order_facets_around_edges<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2>,__int64,__int64,bool>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,2,0,-1,2> > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > const &,class std::vector<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> >,class std::allocator<class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > > > &,class std::vector<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> >,class std::allocator<class std::vector<bool,class std::allocator<bool> > > > &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/orient2D.cpp

@@ -42,6 +42,5 @@ IGL_INLINE short igl::copyleft::cgal::orient2D(
 // generated by autoexplicit.sh
 template short igl::copyleft::cgal::orient2D<double>(double const*, double const*, double const*);
 #ifdef WIN32
-template short igl::copyleft::cgal::orient2D<double>(double const * const, double const * const, double const * const);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_edge.cpp

@@ -0,0 +1,157 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2015 Qingnan Zhou <[email protected]>
+// Copyright (C) 2021 Alec Jacobson <[email protected]>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "outer_edge.h"
+#include "outer_vertex.h"
+#include <iostream>
+#include <vector>
+
+template<
+    typename DerivedV,
+    typename DerivedF,
+    typename DerivedI,
+    typename IndexType,
+    typename DerivedA
+    >
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_edge(
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
+        IndexType & v1,
+        IndexType & v2,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A) {
+    // Algorithm:
+    //    Find an outer vertex first.
+    //    Find the incident edge with largest abs slope when projected onto XY plane.
+    //    If there is a tie, check the signed slope and use the positive one.
+    //    If there is still a tie, break it using the projected slope onto ZX plane.
+    //    If there is still a tie, again check the signed slope and use the positive one.
+    //    If there is still a tie, then there are multiple overlapping edges,
+    //    which violates the precondition.
+    typedef typename DerivedV::Scalar Scalar;
+    typedef typename DerivedV::Index Index;
+    typedef typename Eigen::Matrix<Scalar, 3, 1> ScalarArray3;
+    typedef typename Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar, 3, 1> IndexArray3;
+    const Index INVALID = std::numeric_limits<Index>::max();
+
+    Index outer_vid;
+    Eigen::Matrix<Index,Eigen::Dynamic,1> candidate_faces;
+    outer_vertex(V, F, I, outer_vid, candidate_faces);
+    const ScalarArray3& outer_v = V.row(outer_vid);
+    assert(candidate_faces.size() > 0);
+
+    auto get_vertex_index = [&](const IndexArray3& f, Index vid) -> Index
+    {
+        if (f[0] == vid) return 0;
+        if (f[1] == vid) return 1;
+        if (f[2] == vid) return 2;
+        assert(false);
+        return -1;
+    };
+
+    auto unsigned_value = [](Scalar v) -> Scalar {
+        if (v < 0) return v * -1;
+        else return v;
+    };
+
+    Scalar outer_slope_YX = 0;
+    Scalar outer_slope_ZX = 0;
+    Index outer_opp_vid = INVALID;
+    bool infinite_slope_detected = false;
+    std::vector<Index> incident_faces;
+    auto check_and_update_outer_edge = [&](Index opp_vid, Index fid) -> void {
+        if (opp_vid == outer_opp_vid)
+        {
+            incident_faces.push_back(fid);
+            return;
+        }
+
+        const ScalarArray3 opp_v = V.row(opp_vid);
+        if (!infinite_slope_detected && outer_v[0] != opp_v[0])
+        {
+            // Finite slope
+            const ScalarArray3 diff = opp_v - outer_v;
+            const Scalar slope_YX = diff[1] / diff[0];
+            const Scalar slope_ZX = diff[2] / diff[0];
+            const Scalar u_slope_YX = unsigned_value(slope_YX);
+            const Scalar u_slope_ZX = unsigned_value(slope_ZX);
+            bool update = false;
+            if (outer_opp_vid == INVALID) {
+                update = true;
+            } else {
+                const Scalar u_outer_slope_YX = unsigned_value(outer_slope_YX);
+                if (u_slope_YX > u_outer_slope_YX) {
+                    update = true;
+                } else if (u_slope_YX == u_outer_slope_YX &&
+                        slope_YX > outer_slope_YX) {
+                    update = true;
+                } else if (slope_YX == outer_slope_YX) {
+                    const Scalar u_outer_slope_ZX =
+                        unsigned_value(outer_slope_ZX);
+                    if (u_slope_ZX > u_outer_slope_ZX) {
+                        update = true;
+                    } else if (u_slope_ZX == u_outer_slope_ZX &&
+                            slope_ZX > outer_slope_ZX) {
+                        update = true;
+                    } else if (slope_ZX == u_outer_slope_ZX) {
+                        assert(false);
+                    }
+                }
+            }
+
+            if (update) {
+                outer_opp_vid = opp_vid;
+                outer_slope_YX = slope_YX;
+                outer_slope_ZX = slope_ZX;
+                incident_faces = {fid};
+            }
+        } else if (!infinite_slope_detected)
+        {
+            // Infinite slope
+            outer_opp_vid = opp_vid;
+            infinite_slope_detected = true;
+            incident_faces = {fid};
+        }
+    };
+
+    const size_t num_candidate_faces = candidate_faces.size();
+    for (size_t i=0; i<num_candidate_faces; i++)
+    {
+        const Index fid = candidate_faces(i);
+        const IndexArray3& f = F.row(fid);
+        size_t id = get_vertex_index(f, outer_vid);
+        Index next_vid = f((id+1)%3);
+        Index prev_vid = f((id+2)%3);
+        check_and_update_outer_edge(next_vid, fid);
+        check_and_update_outer_edge(prev_vid, fid);
+    }
+
+    v1 = outer_vid;
+    v2 = outer_opp_vid;
+    A.resize(incident_faces.size());
+    std::copy(incident_faces.begin(), incident_faces.end(), A.data());
+}
+
+
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+// Explicit template instantiation
+#include <cstdint>
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const&,std::ptrdiff_t&,std::ptrdiff_t&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> > const&,std::ptrdiff_t&,std::ptrdiff_t&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,std::ptrdiff_t&,std::ptrdiff_t&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const&,std::ptrdiff_t&,std::ptrdiff_t&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,std::ptrdiff_t &,std::ptrdiff_t &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> > const&,std::ptrdiff_t&,std::ptrdiff_t&,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >&);
+
+#ifdef WIN32
+template void __cdecl igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,class Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> > const &,std::ptrdiff_t &,std::ptrdiff_t &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void __cdecl igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,std::ptrdiff_t,class Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> > const &,std::ptrdiff_t &,std::ptrdiff_t &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t,-1,1,0,-1,1> > &);
+#endif
+#endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_element.h → include/igl/copyleft/cgal/outer_edge.h

@@ -1,12 +1,13 @@
 // This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
 // 
 // Copyright (C) 2015 Qingan Zhou <[email protected]>
+// Copyright (C) 2021 Alec Jacobson <[email protected]>
 // 
 // This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
-#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_ELEMENT_H
-#define IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_ELEMENT_H
+#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_EDGE_H
+#define IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_EDGE_H
 #include "../../igl_inline.h"
 #include <Eigen/Core>
 namespace igl
@@ -15,33 +16,6 @@ namespace igl
   {
     namespace cgal
     {
-      // Find a vertex that is reachable from infinite without crossing any faces.
-      // Such vertex is called "outer vertex."
-      //
-      // Precondition: The input mesh must have all self-intersection resolved and
-      // no duplicated vertices.  See cgal::remesh_self_intersections.h for how to
-      // obtain such input.
-      //
-      // Inputs:
-      //   V  #V by 3 list of vertex positions
-      //   F  #F by 3 list of triangle indices into V
-      //   I  #I list of facets to consider
-      // Outputs:
-      //   v_index  index of outer vertex
-      //   A  #A list of facets incident to the outer vertex
-      template <
-          typename DerivedV,
-          typename DerivedF,
-          typename DerivedI,
-          typename IndexType,
-          typename DerivedA
-          >
-      IGL_INLINE void outer_vertex(
-              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
-              IndexType & v_index,
-              Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A);
       // Find an edge that is reachable from infinity without crossing any faces.
       // Such edge is called "outer edge."
       //
@@ -78,6 +52,7 @@ namespace igl
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
-#  include "outer_element.cpp"
+#  include "outer_edge.cpp"
 #endif
 #endif
+

include/igl/copyleft/cgal/outer_element.cpp

@@ -1,234 +0,0 @@
-// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
-//
-// Copyright (C) 2015 Qingnan Zhou <[email protected]>
-//
-// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
-// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
-// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
-#include "outer_element.h"
-#include <iostream>
-#include <vector>
-
-template <
-     typename DerivedV,
-     typename DerivedF,
-     typename DerivedI,
-     typename IndexType,
-     typename DerivedA
-     >
-IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_vertex(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
-        IndexType & v_index,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A)
-{
-    // Algorithm:
-    //    Find an outer vertex (i.e. vertex reachable from infinity)
-    //    Return the vertex with the largest X value.
-    //    If there is a tie, pick the one with largest Y value.
-    //    If there is still a tie, pick the one with the largest Z value.
-    //    If there is still a tie, then there are duplicated vertices within the
-    //    mesh, which violates the precondition.
-    typedef typename DerivedF::Scalar Index;
-    const Index INVALID = std::numeric_limits<Index>::max();
-    const size_t num_selected_faces = I.rows();
-    std::vector<size_t> candidate_faces;
-    Index outer_vid = INVALID;
-    typename DerivedV::Scalar outer_val = 0;
-    for (size_t i=0; i<num_selected_faces; i++)
-    {
-        size_t f = I(i);
-        for (size_t j=0; j<3; j++)
-        {
-            Index v = F(f, j);
-            auto vx = V(v, 0);
-            if (outer_vid == INVALID || vx > outer_val)
-            {
-                outer_val = vx;
-                outer_vid = v;
-                candidate_faces = {f};
-            } else if (v == outer_vid)
-            {
-                candidate_faces.push_back(f);
-            } else if (vx == outer_val)
-            {
-                // Break tie.
-                auto vy = V(v,1);
-                auto vz = V(v, 2);
-                auto outer_y = V(outer_vid, 1);
-                auto outer_z = V(outer_vid, 2);
-                assert(!(vy == outer_y && vz == outer_z));
-                bool replace = (vy > outer_y) ||
-                    ((vy == outer_y) && (vz > outer_z));
-                if (replace)
-                {
-                    outer_val = vx;
-                    outer_vid = v;
-                    candidate_faces = {f};
-                }
-            }
-        }
-    }
-
-    assert(outer_vid != INVALID);
-    assert(candidate_faces.size() > 0);
-    v_index = outer_vid;
-    A.resize(candidate_faces.size());
-    std::copy(candidate_faces.begin(), candidate_faces.end(), A.data());
-}
-
-template<
-    typename DerivedV,
-    typename DerivedF,
-    typename DerivedI,
-    typename IndexType,
-    typename DerivedA
-    >
-IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_edge(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
-        IndexType & v1,
-        IndexType & v2,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A) {
-    // Algorithm:
-    //    Find an outer vertex first.
-    //    Find the incident edge with largest abs slope when projected onto XY plane.
-    //    If there is a tie, check the signed slope and use the positive one.
-    //    If there is still a tie, break it using the projected slope onto ZX plane.
-    //    If there is still a tie, again check the signed slope and use the positive one.
-    //    If there is still a tie, then there are multiple overlapping edges,
-    //    which violates the precondition.
-    typedef typename DerivedV::Scalar Scalar;
-    typedef typename DerivedV::Index Index;
-    typedef typename Eigen::Matrix<Scalar, 3, 1> ScalarArray3;
-    typedef typename Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar, 3, 1> IndexArray3;
-    const Index INVALID = std::numeric_limits<Index>::max();
-
-    Index outer_vid;
-    Eigen::Matrix<Index,Eigen::Dynamic,1> candidate_faces;
-    outer_vertex(V, F, I, outer_vid, candidate_faces);
-    const ScalarArray3& outer_v = V.row(outer_vid);
-    assert(candidate_faces.size() > 0);
-
-    auto get_vertex_index = [&](const IndexArray3& f, Index vid) -> Index
-    {
-        if (f[0] == vid) return 0;
-        if (f[1] == vid) return 1;
-        if (f[2] == vid) return 2;
-        assert(false);
-        return -1;
-    };
-
-    auto unsigned_value = [](Scalar v) -> Scalar {
-        if (v < 0) return v * -1;
-        else return v;
-    };
-
-    Scalar outer_slope_YX = 0;
-    Scalar outer_slope_ZX = 0;
-    Index outer_opp_vid = INVALID;
-    bool infinite_slope_detected = false;
-    std::vector<Index> incident_faces;
-    auto check_and_update_outer_edge = [&](Index opp_vid, Index fid) -> void {
-        if (opp_vid == outer_opp_vid)
-        {
-            incident_faces.push_back(fid);
-            return;
-        }
-
-        const ScalarArray3 opp_v = V.row(opp_vid);
-        if (!infinite_slope_detected && outer_v[0] != opp_v[0])
-        {
-            // Finite slope
-            const ScalarArray3 diff = opp_v - outer_v;
-            const Scalar slope_YX = diff[1] / diff[0];
-            const Scalar slope_ZX = diff[2] / diff[0];
-            const Scalar u_slope_YX = unsigned_value(slope_YX);
-            const Scalar u_slope_ZX = unsigned_value(slope_ZX);
-            bool update = false;
-            if (outer_opp_vid == INVALID) {
-                update = true;
-            } else {
-                const Scalar u_outer_slope_YX = unsigned_value(outer_slope_YX);
-                if (u_slope_YX > u_outer_slope_YX) {
-                    update = true;
-                } else if (u_slope_YX == u_outer_slope_YX &&
-                        slope_YX > outer_slope_YX) {
-                    update = true;
-                } else if (slope_YX == outer_slope_YX) {
-                    const Scalar u_outer_slope_ZX =
-                        unsigned_value(outer_slope_ZX);
-                    if (u_slope_ZX > u_outer_slope_ZX) {
-                        update = true;
-                    } else if (u_slope_ZX == u_outer_slope_ZX &&
-                            slope_ZX > outer_slope_ZX) {
-                        update = true;
-                    } else if (slope_ZX == u_outer_slope_ZX) {
-                        assert(false);
-                    }
-                }
-            }
-
-            if (update) {
-                outer_opp_vid = opp_vid;
-                outer_slope_YX = slope_YX;
-                outer_slope_ZX = slope_ZX;
-                incident_faces = {fid};
-            }
-        } else if (!infinite_slope_detected)
-        {
-            // Infinite slope
-            outer_opp_vid = opp_vid;
-            infinite_slope_detected = true;
-            incident_faces = {fid};
-        }
-    };
-
-    const size_t num_candidate_faces = candidate_faces.size();
-    for (size_t i=0; i<num_candidate_faces; i++)
-    {
-        const Index fid = candidate_faces(i);
-        const IndexArray3& f = F.row(fid);
-        size_t id = get_vertex_index(f, outer_vid);
-        Index next_vid = f((id+1)%3);
-        Index prev_vid = f((id+2)%3);
-        check_and_update_outer_edge(next_vid, fid);
-        check_and_update_outer_edge(prev_vid, fid);
-    }
-
-    v1 = outer_vid;
-    v2 = outer_opp_vid;
-    A.resize(incident_faces.size());
-    std::copy(incident_faces.begin(), incident_faces.end(), A.data());
-}
-
-
-
-#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-// Explicit template instantiation
-#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, long, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, long&, long&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-#ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,__int64,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > const &,__int64 &,__int64 &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, __int64, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, __int64 &, __int64 &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_edge<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,__int64,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > const &,__int64 &,__int64 &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
-#endif
-#endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_facet.cpp

@@ -7,7 +7,7 @@
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 
 #include "outer_facet.h"
-#include "outer_element.h"
+#include "outer_edge.h"
 #include "order_facets_around_edge.h"
 #include <algorithm>
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
@@ -148,36 +148,16 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_facet(
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-// Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 #include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, unsigned long&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+// Explicit template instantiation
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Index>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Index &, bool&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Index>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::Index&, bool&);
 template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int&, bool&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+//template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
+//template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, int&, bool&);
 #ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64 &, bool &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,int>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > const &,int &,bool &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,unsigned __int64>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,unsigned __int64 &,bool &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_facet<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,int>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > const &,int &,bool &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_hull.cpp

@@ -101,439 +101,9 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_hull(
   }
 }
 
-#include "points_inside_component.h"
-#include "order_facets_around_edges.h"
-#include "outer_facet.h"
-#include "../../sortrows.h"
-#include "../../facet_components.h"
-#include "../../winding_number.h"
-#include "../../triangle_triangle_adjacency.h"
-#include "../../unique_edge_map.h"
-#include "../../barycenter.h"
-#include "../../per_face_normals.h"
-#include "../../sort_angles.h"
-#include <Eigen/Geometry>
-#include <vector>
-#include <map>
-#include <queue>
-#include <iostream>
-#include <type_traits>
-#include <CGAL/number_utils.h>
-//#define IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-
-template <
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedF,
-  typename DerivedG,
-  typename DerivedJ,
-  typename Derivedflip>
-IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedG> & G,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
-  Eigen::PlainObjectBase<Derivedflip> & flip)
-{
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  std::cerr << "Extracting outer hull" << std::endl;
-#endif
-  using namespace Eigen;
-  using namespace std;
-  typedef typename DerivedF::Index Index;
-  Matrix<Index,DerivedF::RowsAtCompileTime,1> C;
-  typedef Matrix<typename DerivedV::Scalar,Dynamic,DerivedV::ColsAtCompileTime> MatrixXV;
-  //typedef Matrix<typename DerivedF::Scalar,Dynamic,DerivedF::ColsAtCompileTime> MatrixXF;
-  typedef Matrix<typename DerivedG::Scalar,Dynamic,DerivedG::ColsAtCompileTime> MatrixXG;
-  typedef Matrix<typename DerivedJ::Scalar,Dynamic,DerivedJ::ColsAtCompileTime> MatrixXJ;
-  const Index m = F.rows();
-
-  // UNUSED:
-  //const auto & duplicate_simplex = [&F](const int f, const int g)->bool
-  //{
-  //  return
-  //    (F(f,0) == F(g,0) && F(f,1) == F(g,1) && F(f,2) == F(g,2)) ||
-  //    (F(f,1) == F(g,0) && F(f,2) == F(g,1) && F(f,0) == F(g,2)) ||
-  //    (F(f,2) == F(g,0) && F(f,0) == F(g,1) && F(f,1) == F(g,2)) ||
-  //    (F(f,0) == F(g,2) && F(f,1) == F(g,1) && F(f,2) == F(g,0)) ||
-  //    (F(f,1) == F(g,2) && F(f,2) == F(g,1) && F(f,0) == F(g,0)) ||
-  //    (F(f,2) == F(g,2) && F(f,0) == F(g,1) && F(f,1) == F(g,0));
-  //};
-
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"outer hull..."<<endl;
-#endif
-
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"edge map..."<<endl;
-#endif
-  typedef Matrix<typename DerivedF::Scalar,Dynamic,2> MatrixX2I;
-  typedef Matrix<typename DerivedF::Index,Dynamic,1> VectorXI;
-  //typedef Matrix<typename DerivedV::Scalar, 3, 1> Vector3F;
-  MatrixX2I E,uE;
-  VectorXI EMAP;
-  vector<vector<typename DerivedF::Index> > uE2E;
-  unique_edge_map(F,E,uE,EMAP,uE2E);
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  for (size_t ui=0; ui<uE.rows(); ui++) {
-      std::cout << ui << ": " << uE2E[ui].size() << " -- (";
-      for (size_t i=0; i<uE2E[ui].size(); i++) {
-          std::cout << uE2E[ui][i] << ", ";
-      }
-      std::cout << ")" << std::endl;
-  }
-#endif
-
-  std::vector<std::vector<typename DerivedF::Index> > uE2oE;
-  std::vector<std::vector<bool> > uE2C;
-  order_facets_around_edges(V, F, uE, uE2E, uE2oE, uE2C);
-  uE2E = uE2oE;
-  VectorXI diIM(3*m);
-  for (auto ue : uE2E) {
-      for (size_t i=0; i<ue.size(); i++) {
-          auto fe = ue[i];
-          diIM[fe] = i;
-      }
-  }
-
-  vector<vector<vector<Index > > > TT,_1;
-  triangle_triangle_adjacency(E,EMAP,uE2E,false,TT,_1);
-  VectorXI counts;
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"facet components..."<<endl;
-#endif
-  facet_components(TT,C,counts);
-  assert(C.maxCoeff()+1 == counts.rows());
-  const size_t ncc = counts.rows();
-  G.resize(0,F.cols());
-  J.resize(0,1);
-  flip.setConstant(m,1,false);
-
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"reindex..."<<endl;
-#endif
-  // H contains list of faces on outer hull;
-  vector<bool> FH(m,false);
-  vector<bool> EH(3*m,false);
-  vector<MatrixXG> vG(ncc);
-  vector<MatrixXJ> vJ(ncc);
-  vector<MatrixXJ> vIM(ncc);
-  //size_t face_count = 0;
-  for(size_t id = 0;id<ncc;id++)
-  {
-    vIM[id].resize(counts[id],1);
-  }
-  // current index into each IM
-  vector<size_t> g(ncc,0);
-  // place order of each face in its respective component
-  for(Index f = 0;f<m;f++)
-  {
-    vIM[C(f)](g[C(f)]++) = f;
-  }
-
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"barycenters..."<<endl;
-#endif
-  // assumes that "resolve" has handled any coplanar cases correctly and nearly
-  // coplanar cases can be sorted based on barycenter.
-  MatrixXV BC;
-  barycenter(V,F,BC);
-
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"loop over CCs (="<<ncc<<")..."<<endl;
-#endif
-  for(Index id = 0;id<(Index)ncc;id++)
-  {
-    auto & IM = vIM[id];
-    // starting face that's guaranteed to be on the outer hull and in this
-    // component
-    int f;
-    bool f_flip;
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"outer facet..."<<endl;
-#endif
-  igl::copyleft::cgal::outer_facet(V,F,IM,f,f_flip);
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"outer facet: "<<f<<endl;
-  //cout << V.row(F(f, 0)) << std::endl;
-  //cout << V.row(F(f, 1)) << std::endl;
-  //cout << V.row(F(f, 2)) << std::endl;
-#endif
-    int FHcount = 1;
-    FH[f] = true;
-    // Q contains list of face edges to continue traversing upong
-    queue<int> Q;
-    Q.push(f+0*m);
-    Q.push(f+1*m);
-    Q.push(f+2*m);
-    flip(f) = f_flip;
-    //std::cout << "face " << face_count++ << ": " << f << std::endl;
-    //std::cout << "f " << F.row(f).array()+1 << std::endl;
-    //cout<<"flip("<<f<<") = "<<(flip(f)?"true":"false")<<endl;
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-  cout<<"BFS..."<<endl;
-#endif
-    while(!Q.empty())
-    {
-      // face-edge
-      const int e = Q.front();
-      Q.pop();
-      // face
-      const int f = e%m;
-      // corner
-      const int c = e/m;
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-      std::cout << "edge: " << e << ", ue: " << EMAP(e) << std::endl;
-      std::cout << "face: " << f << std::endl;
-      std::cout << "corner: " << c << std::endl;
-      std::cout << "consistent: " << uE2C[EMAP(e)][diIM[e]] << std::endl;
-#endif
-      // Should never see edge again...
-      if(EH[e] == true)
-      {
-        continue;
-      }
-      EH[e] = true;
-      // source of edge according to f
-      const int fs = flip(f)?F(f,(c+2)%3):F(f,(c+1)%3);
-      // destination of edge according to f
-      const int fd = flip(f)?F(f,(c+1)%3):F(f,(c+2)%3);
-      // edge valence
-      const size_t val = uE2E[EMAP(e)].size();
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-      //std::cout << "vd: " << V.row(fd) << std::endl;
-      //std::cout << "vs: " << V.row(fs) << std::endl;
-      //std::cout << "edge: " << V.row(fd) - V.row(fs) << std::endl;
-      for (size_t i=0; i<val; i++) {
-          if (i == diIM(e)) {
-              std::cout << "* ";
-          } else {
-              std::cout << "  ";
-          }
-          std::cout << i << ": "
-              << " (e: " << uE2E[EMAP(e)][i] << ", f: "
-              << uE2E[EMAP(e)][i] % m * (uE2C[EMAP(e)][i] ? 1:-1) << ")" << std::endl;
-      }
-#endif
-
-      // is edge consistent with edge of face used for sorting
-      const int e_cons = (uE2C[EMAP(e)][diIM(e)] ? 1: -1);
-      int nfei = -1;
-      // Loop once around trying to find suitable next face
-      for(size_t step = 1; step<val+2;step++)
-      {
-        const int nfei_new = (diIM(e) + 2*val + e_cons*step*(flip(f)?-1:1))%val;
-        const int nf = uE2E[EMAP(e)][nfei_new] % m;
-        {
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-        //cout<<"Next facet: "<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<", |"<<
-        //  di[EMAP(e)][diIM(e)]<<" - "<<di[EMAP(e)][nfei_new]<<"| = "<<
-        //    abs(di[EMAP(e)][diIM(e)] - di[EMAP(e)][nfei_new])
-        //    <<endl;
-#endif
-
-
-
-          // Only use this face if not already seen
-          if(!FH[nf])
-          {
-            nfei = nfei_new;
-          //} else {
-          //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " because it is seen before"
-          //        << std::endl;
-          }
-          break;
-        //} else {
-        //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(e)].transpose() << std::endl;
-        //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(nfei_new)].transpose() << std::endl;
-        //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " with identical dihedral angle"
-        //        << std::endl;
-        }
-//#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-//        cout<<"Skipping co-planar facet: "<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<endl;
-//#endif
-      }
-
-      int max_ne = -1;
-      if(nfei >= 0)
-      {
-        max_ne = uE2E[EMAP(e)][nfei];
-      }
-
-      if(max_ne>=0)
-      {
-        // face of neighbor
-        const int nf = max_ne%m;
-#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
-        if(!FH[nf])
-        {
-          // first time seeing face
-          cout<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<endl;
-        }
-#endif
-        FH[nf] = true;
-        //std::cout << "face " << face_count++ << ": " << nf << std::endl;
-        //std::cout << "f " << F.row(nf).array()+1 << std::endl;
-        FHcount++;
-        // corner of neighbor
-        const int nc = max_ne/m;
-        const int nd = F(nf,(nc+2)%3);
-        const bool cons = (flip(f)?fd:fs) == nd;
-        flip(nf) = (cons ? flip(f) : !flip(f));
-        //cout<<"flip("<<nf<<") = "<<(flip(nf)?"true":"false")<<endl;
-        const int ne1 = nf+((nc+1)%3)*m;
-        const int ne2 = nf+((nc+2)%3)*m;
-        if(!EH[ne1])
-        {
-          Q.push(ne1);
-        }
-        if(!EH[ne2])
-        {
-          Q.push(ne2);
-        }
-      }
-    }
-
-    {
-      vG[id].resize(FHcount,3);
-      vJ[id].resize(FHcount,1);
-      //nG += FHcount;
-      size_t h = 0;
-      assert(counts(id) == IM.rows());
-      for(int i = 0;i<counts(id);i++)
-      {
-        const size_t f = IM(i);
-        //if(f_flip)
-        //{
-        //  flip(f) = !flip(f);
-        //}
-        if(FH[f])
-        {
-          vG[id].row(h) = (flip(f)?F.row(f).reverse().eval():F.row(f));
-          vJ[id](h,0) = f;
-          h++;
-        }
-      }
-      assert((int)h == FHcount);
-    }
-  }
-
-  // Is A inside B? Assuming A and B are consistently oriented but closed and
-  // non-intersecting.
-  const auto & has_overlapping_bbox = [](
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-    const MatrixXG & A,
-    const MatrixXG & B)->bool
-  {
-    const auto & bounding_box = [](
-      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-      const MatrixXG & F)->
-        DerivedV
-    {
-      DerivedV BB(2,3);
-      BB<<
-         1e26,1e26,1e26,
-        -1e26,-1e26,-1e26;
-      const size_t m = F.rows();
-      for(size_t f = 0;f<m;f++)
-      {
-        for(size_t c = 0;c<3;c++)
-        {
-          const auto & vfc = V.row(F(f,c)).eval();
-          BB(0,0) = std::min(BB(0,0), vfc(0,0));
-          BB(0,1) = std::min(BB(0,1), vfc(0,1));
-          BB(0,2) = std::min(BB(0,2), vfc(0,2));
-          BB(1,0) = std::max(BB(1,0), vfc(0,0));
-          BB(1,1) = std::max(BB(1,1), vfc(0,1));
-          BB(1,2) = std::max(BB(1,2), vfc(0,2));
-        }
-      }
-      return BB;
-    };
-    // A lot of the time we're dealing with unrelated, distant components: cull
-    // them.
-    DerivedV ABB = bounding_box(V,A);
-    DerivedV BBB = bounding_box(V,B);
-    if( (BBB.row(0)-ABB.row(1)).maxCoeff()>0  ||
-        (ABB.row(0)-BBB.row(1)).maxCoeff()>0 )
-    {
-      // bounding boxes do not overlap
-      return false;
-    } else {
-      return true;
-    }
-  };
-
-  // Reject components which are completely inside other components
-  vector<bool> keep(ncc,true);
-  size_t nG = 0;
-  // This is O( ncc * ncc * m)
-  for(size_t id = 0;id<ncc;id++)
-  {
-    if (!keep[id]) continue;
-    std::vector<size_t> unresolved;
-    for(size_t oid = 0;oid<ncc;oid++)
-    {
-      if(id == oid || !keep[oid])
-      {
-        continue;
-      }
-      if (has_overlapping_bbox(V, vG[id], vG[oid])) {
-          unresolved.push_back(oid);
-      }
-    }
-    const size_t num_unresolved_components = unresolved.size();
-    DerivedV query_points(num_unresolved_components, 3);
-    for (size_t i=0; i<num_unresolved_components; i++) {
-        const size_t oid = unresolved[i];
-        DerivedF f = vG[oid].row(0);
-        query_points(i,0) = (V(f(0,0), 0) + V(f(0,1), 0) + V(f(0,2), 0))/3.0;
-        query_points(i,1) = (V(f(0,0), 1) + V(f(0,1), 1) + V(f(0,2), 1))/3.0;
-        query_points(i,2) = (V(f(0,0), 2) + V(f(0,1), 2) + V(f(0,2), 2))/3.0;
-    }
-    Eigen::VectorXi inside;
-    igl::copyleft::cgal::points_inside_component(V, vG[id], query_points, inside);
-    assert((size_t)inside.size() == num_unresolved_components);
-    for (size_t i=0; i<num_unresolved_components; i++) {
-        if (inside(i, 0)) {
-            const size_t oid = unresolved[i];
-            keep[oid] = false;
-        }
-    }
-  }
-  for (size_t id = 0; id<ncc; id++) {
-      if (keep[id]) {
-          nG += vJ[id].rows();
-      }
-  }
-
-  // collect G and J across components
-  G.resize(nG,3);
-  J.resize(nG,1);
-  {
-    size_t off = 0;
-    for(Index id = 0;id<(Index)ncc;id++)
-    {
-      if(keep[id])
-      {
-        assert(vG[id].rows() == vJ[id].rows());
-        G.block(off,0,vG[id].rows(),vG[id].cols()) = vG[id];
-        J.block(off,0,vJ[id].rows(),vJ[id].cols()) = vJ[id];
-        off += vG[id].rows();
-      }
-    }
-  }
-}
-
-
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 template void igl::copyleft::cgal::outer_hull<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy< Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy< Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_hull.h

@@ -41,39 +41,6 @@ namespace igl
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedHF> & HF,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
         Eigen::PlainObjectBase<Derivedflip> & flip);
-      // Compute the "outer hull" of a potentially non-manifold mesh (V,F) whose
-      // intersections have been "resolved" (e.g. using `cork` or
-      // `igl::copyleft::cgal::selfintersect`). The outer hull is defined to be all facets
-      // (regardless of orientation) for which there exists some path from infinity
-      // to the face without intersecting any other facets. For solids, this is the
-      // surface of the solid. In general this includes any thin "wings" or
-      // "flaps".  This implementation largely follows Section 3.6 of "Direct
-      // repair of self-intersecting meshes" [Attene 2014].
-      //
-      // Note: This doesn't require the input mesh to be piecewise constant
-      // winding number, but won't handle multiple non-nested connected
-      // components.
-      //
-      // Inputs:
-      //   V  #V by 3 list of vertex positions
-      //   F  #F by 3 list of triangle indices into V
-      // Outputs:
-      //   G  #G by 3 list of output triangle indices into V
-      //   J  #G list of indices into F
-      //   flip  #F list of whether facet was added to G **and** flipped orientation
-      //     (false for faces not added to G)
-      template <
-        typename DerivedV,
-        typename DerivedF,
-        typename DerivedG,
-        typename DerivedJ,
-        typename Derivedflip>
-      IGL_INLINE void outer_hull_legacy(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedG> & G,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
-        Eigen::PlainObjectBase<Derivedflip> & flip);
     }
   }
 }

include/igl/copyleft/cgal/outer_hull_legacy.cpp

@@ -0,0 +1,452 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2015 Alec Jacobson <[email protected]>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "outer_hull_legacy.h"
+#include "extract_cells.h"
+#include "remesh_self_intersections.h"
+#include "assign.h"
+#include "../../remove_unreferenced.h"
+
+#include <CGAL/AABB_tree.h>
+#include <CGAL/AABB_traits.h>
+#include <CGAL/AABB_triangle_primitive.h>
+#include <CGAL/intersections.h>
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+
+#include "points_inside_component.h"
+#include "order_facets_around_edges.h"
+#include "outer_facet.h"
+#include "../../sortrows.h"
+#include "../../facet_components.h"
+#include "../../winding_number.h"
+#include "../../triangle_triangle_adjacency.h"
+#include "../../unique_edge_map.h"
+#include "../../barycenter.h"
+#include "../../per_face_normals.h"
+#include "../../sort_angles.h"
+#include <Eigen/Geometry>
+#include <vector>
+#include <map>
+#include <queue>
+#include <iostream>
+#include <type_traits>
+#include <CGAL/number_utils.h>
+//#define IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+
+template <
+  typename DerivedV,
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedG,
+  typename DerivedJ,
+  typename Derivedflip>
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy(
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedG> & G,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
+  Eigen::PlainObjectBase<Derivedflip> & flip)
+{
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  std::cerr << "Extracting outer hull" << std::endl;
+#endif
+  using namespace Eigen;
+  using namespace std;
+  typedef typename DerivedF::Index Index;
+  Matrix<Index,DerivedF::RowsAtCompileTime,1> C;
+  typedef Matrix<typename DerivedV::Scalar,Dynamic,DerivedV::ColsAtCompileTime> MatrixXV;
+  //typedef Matrix<typename DerivedF::Scalar,Dynamic,DerivedF::ColsAtCompileTime> MatrixXF;
+  typedef Matrix<typename DerivedG::Scalar,Dynamic,DerivedG::ColsAtCompileTime> MatrixXG;
+  typedef Matrix<typename DerivedJ::Scalar,Dynamic,DerivedJ::ColsAtCompileTime> MatrixXJ;
+  const Index m = F.rows();
+
+  // UNUSED:
+  //const auto & duplicate_simplex = [&F](const int f, const int g)->bool
+  //{
+  //  return
+  //    (F(f,0) == F(g,0) && F(f,1) == F(g,1) && F(f,2) == F(g,2)) ||
+  //    (F(f,1) == F(g,0) && F(f,2) == F(g,1) && F(f,0) == F(g,2)) ||
+  //    (F(f,2) == F(g,0) && F(f,0) == F(g,1) && F(f,1) == F(g,2)) ||
+  //    (F(f,0) == F(g,2) && F(f,1) == F(g,1) && F(f,2) == F(g,0)) ||
+  //    (F(f,1) == F(g,2) && F(f,2) == F(g,1) && F(f,0) == F(g,0)) ||
+  //    (F(f,2) == F(g,2) && F(f,0) == F(g,1) && F(f,1) == F(g,0));
+  //};
+
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"outer hull..."<<endl;
+#endif
+
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"edge map..."<<endl;
+#endif
+  typedef Matrix<typename DerivedF::Scalar,Dynamic,2> MatrixX2I;
+  typedef Matrix<typename DerivedF::Index,Dynamic,1> VectorXI;
+  //typedef Matrix<typename DerivedV::Scalar, 3, 1> Vector3F;
+  MatrixX2I E,uE;
+  VectorXI EMAP;
+  vector<vector<typename DerivedF::Index> > uE2E;
+  unique_edge_map(F,E,uE,EMAP,uE2E);
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  for (size_t ui=0; ui<uE.rows(); ui++) {
+      std::cout << ui << ": " << uE2E[ui].size() << " -- (";
+      for (size_t i=0; i<uE2E[ui].size(); i++) {
+          std::cout << uE2E[ui][i] << ", ";
+      }
+      std::cout << ")" << std::endl;
+  }
+#endif
+
+  std::vector<std::vector<typename DerivedF::Index> > uE2oE;
+  std::vector<std::vector<bool> > uE2C;
+  order_facets_around_edges(V, F, uE, uE2E, uE2oE, uE2C);
+  uE2E = uE2oE;
+  VectorXI diIM(3*m);
+  for (auto ue : uE2E) {
+      for (size_t i=0; i<ue.size(); i++) {
+          auto fe = ue[i];
+          diIM[fe] = i;
+      }
+  }
+
+  vector<vector<vector<Index > > > TT,_1;
+  triangle_triangle_adjacency(E,EMAP,uE2E,false,TT,_1);
+  VectorXI counts;
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"facet components..."<<endl;
+#endif
+  facet_components(TT,C,counts);
+  assert(C.maxCoeff()+1 == counts.rows());
+  const size_t ncc = counts.rows();
+  G.resize(0,F.cols());
+  J.resize(0,1);
+  flip.setConstant(m,1,false);
+
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"reindex..."<<endl;
+#endif
+  // H contains list of faces on outer hull;
+  vector<bool> FH(m,false);
+  vector<bool> EH(3*m,false);
+  vector<MatrixXG> vG(ncc);
+  vector<MatrixXJ> vJ(ncc);
+  vector<MatrixXJ> vIM(ncc);
+  //size_t face_count = 0;
+  for(size_t id = 0;id<ncc;id++)
+  {
+    vIM[id].resize(counts[id],1);
+  }
+  // current index into each IM
+  vector<size_t> g(ncc,0);
+  // place order of each face in its respective component
+  for(Index f = 0;f<m;f++)
+  {
+    vIM[C(f)](g[C(f)]++) = f;
+  }
+
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"barycenters..."<<endl;
+#endif
+  // assumes that "resolve" has handled any coplanar cases correctly and nearly
+  // coplanar cases can be sorted based on barycenter.
+  MatrixXV BC;
+  barycenter(V,F,BC);
+
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"loop over CCs (="<<ncc<<")..."<<endl;
+#endif
+  for(Index id = 0;id<(Index)ncc;id++)
+  {
+    auto & IM = vIM[id];
+    // starting face that's guaranteed to be on the outer hull and in this
+    // component
+    int f;
+    bool f_flip;
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"outer facet..."<<endl;
+#endif
+  igl::copyleft::cgal::outer_facet(V,F,IM,f,f_flip);
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"outer facet: "<<f<<endl;
+  //cout << V.row(F(f, 0)) << std::endl;
+  //cout << V.row(F(f, 1)) << std::endl;
+  //cout << V.row(F(f, 2)) << std::endl;
+#endif
+    int FHcount = 1;
+    FH[f] = true;
+    // Q contains list of face edges to continue traversing upong
+    queue<int> Q;
+    Q.push(f+0*m);
+    Q.push(f+1*m);
+    Q.push(f+2*m);
+    flip(f) = f_flip;
+    //std::cout << "face " << face_count++ << ": " << f << std::endl;
+    //std::cout << "f " << F.row(f).array()+1 << std::endl;
+    //cout<<"flip("<<f<<") = "<<(flip(f)?"true":"false")<<endl;
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+  cout<<"BFS..."<<endl;
+#endif
+    while(!Q.empty())
+    {
+      // face-edge
+      const int e = Q.front();
+      Q.pop();
+      // face
+      const int f = e%m;
+      // corner
+      const int c = e/m;
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+      std::cout << "edge: " << e << ", ue: " << EMAP(e) << std::endl;
+      std::cout << "face: " << f << std::endl;
+      std::cout << "corner: " << c << std::endl;
+      std::cout << "consistent: " << uE2C[EMAP(e)][diIM[e]] << std::endl;
+#endif
+      // Should never see edge again...
+      if(EH[e] == true)
+      {
+        continue;
+      }
+      EH[e] = true;
+      // source of edge according to f
+      const int fs = flip(f)?F(f,(c+2)%3):F(f,(c+1)%3);
+      // destination of edge according to f
+      const int fd = flip(f)?F(f,(c+1)%3):F(f,(c+2)%3);
+      // edge valence
+      const size_t val = uE2E[EMAP(e)].size();
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+      //std::cout << "vd: " << V.row(fd) << std::endl;
+      //std::cout << "vs: " << V.row(fs) << std::endl;
+      //std::cout << "edge: " << V.row(fd) - V.row(fs) << std::endl;
+      for (size_t i=0; i<val; i++) {
+          if (i == diIM(e)) {
+              std::cout << "* ";
+          } else {
+              std::cout << "  ";
+          }
+          std::cout << i << ": "
+              << " (e: " << uE2E[EMAP(e)][i] << ", f: "
+              << uE2E[EMAP(e)][i] % m * (uE2C[EMAP(e)][i] ? 1:-1) << ")" << std::endl;
+      }
+#endif
+
+      // is edge consistent with edge of face used for sorting
+      const int e_cons = (uE2C[EMAP(e)][diIM(e)] ? 1: -1);
+      int nfei = -1;
+      // Loop once around trying to find suitable next face
+      for(size_t step = 1; step<val+2;step++)
+      {
+        const int nfei_new = (diIM(e) + 2*val + e_cons*step*(flip(f)?-1:1))%val;
+        const int nf = uE2E[EMAP(e)][nfei_new] % m;
+        {
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+        //cout<<"Next facet: "<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<", |"<<
+        //  di[EMAP(e)][diIM(e)]<<" - "<<di[EMAP(e)][nfei_new]<<"| = "<<
+        //    abs(di[EMAP(e)][diIM(e)] - di[EMAP(e)][nfei_new])
+        //    <<endl;
+#endif
+
+
+
+          // Only use this face if not already seen
+          if(!FH[nf])
+          {
+            nfei = nfei_new;
+          //} else {
+          //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " because it is seen before"
+          //        << std::endl;
+          }
+          break;
+        //} else {
+        //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(e)].transpose() << std::endl;
+        //    std::cout << di[EMAP(e)][diIM(nfei_new)].transpose() << std::endl;
+        //    std::cout << "skipping face " << nfei_new << " with identical dihedral angle"
+        //        << std::endl;
+        }
+//#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+//        cout<<"Skipping co-planar facet: "<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<endl;
+//#endif
+      }
+
+      int max_ne = -1;
+      if(nfei >= 0)
+      {
+        max_ne = uE2E[EMAP(e)][nfei];
+      }
+
+      if(max_ne>=0)
+      {
+        // face of neighbor
+        const int nf = max_ne%m;
+#ifdef IGL_OUTER_HULL_DEBUG
+        if(!FH[nf])
+        {
+          // first time seeing face
+          cout<<(f+1)<<" --> "<<(nf+1)<<endl;
+        }
+#endif
+        FH[nf] = true;
+        //std::cout << "face " << face_count++ << ": " << nf << std::endl;
+        //std::cout << "f " << F.row(nf).array()+1 << std::endl;
+        FHcount++;
+        // corner of neighbor
+        const int nc = max_ne/m;
+        const int nd = F(nf,(nc+2)%3);
+        const bool cons = (flip(f)?fd:fs) == nd;
+        flip(nf) = (cons ? flip(f) : !flip(f));
+        //cout<<"flip("<<nf<<") = "<<(flip(nf)?"true":"false")<<endl;
+        const int ne1 = nf+((nc+1)%3)*m;
+        const int ne2 = nf+((nc+2)%3)*m;
+        if(!EH[ne1])
+        {
+          Q.push(ne1);
+        }
+        if(!EH[ne2])
+        {
+          Q.push(ne2);
+        }
+      }
+    }
+
+    {
+      vG[id].resize(FHcount,3);
+      vJ[id].resize(FHcount,1);
+      //nG += FHcount;
+      size_t h = 0;
+      assert(counts(id) == IM.rows());
+      for(int i = 0;i<counts(id);i++)
+      {
+        const size_t f = IM(i);
+        //if(f_flip)
+        //{
+        //  flip(f) = !flip(f);
+        //}
+        if(FH[f])
+        {
+          vG[id].row(h) = (flip(f)?F.row(f).reverse().eval():F.row(f));
+          vJ[id](h,0) = f;
+          h++;
+        }
+      }
+      assert((int)h == FHcount);
+    }
+  }
+
+  // Is A inside B? Assuming A and B are consistently oriented but closed and
+  // non-intersecting.
+  const auto & has_overlapping_bbox = [](
+    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+    const MatrixXG & A,
+    const MatrixXG & B)->bool
+  {
+    const auto & bounding_box = [](
+      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+      const MatrixXG & F)->
+        DerivedV
+    {
+      DerivedV BB(2,3);
+      BB<<
+         1e26,1e26,1e26,
+        -1e26,-1e26,-1e26;
+      const size_t m = F.rows();
+      for(size_t f = 0;f<m;f++)
+      {
+        for(size_t c = 0;c<3;c++)
+        {
+          const auto & vfc = V.row(F(f,c)).eval();
+          BB(0,0) = std::min(BB(0,0), vfc(0,0));
+          BB(0,1) = std::min(BB(0,1), vfc(0,1));
+          BB(0,2) = std::min(BB(0,2), vfc(0,2));
+          BB(1,0) = std::max(BB(1,0), vfc(0,0));
+          BB(1,1) = std::max(BB(1,1), vfc(0,1));
+          BB(1,2) = std::max(BB(1,2), vfc(0,2));
+        }
+      }
+      return BB;
+    };
+    // A lot of the time we're dealing with unrelated, distant components: cull
+    // them.
+    DerivedV ABB = bounding_box(V,A);
+    DerivedV BBB = bounding_box(V,B);
+    if( (BBB.row(0)-ABB.row(1)).maxCoeff()>0  ||
+        (ABB.row(0)-BBB.row(1)).maxCoeff()>0 )
+    {
+      // bounding boxes do not overlap
+      return false;
+    } else {
+      return true;
+    }
+  };
+
+  // Reject components which are completely inside other components
+  vector<bool> keep(ncc,true);
+  size_t nG = 0;
+  // This is O( ncc * ncc * m)
+  for(size_t id = 0;id<ncc;id++)
+  {
+    if (!keep[id]) continue;
+    std::vector<size_t> unresolved;
+    for(size_t oid = 0;oid<ncc;oid++)
+    {
+      if(id == oid || !keep[oid])
+      {
+        continue;
+      }
+      if (has_overlapping_bbox(V, vG[id], vG[oid])) {
+          unresolved.push_back(oid);
+      }
+    }
+    const size_t num_unresolved_components = unresolved.size();
+    DerivedV query_points(num_unresolved_components, 3);
+    for (size_t i=0; i<num_unresolved_components; i++) {
+        const size_t oid = unresolved[i];
+        DerivedF f = vG[oid].row(0);
+        query_points(i,0) = (V(f(0,0), 0) + V(f(0,1), 0) + V(f(0,2), 0))/3.0;
+        query_points(i,1) = (V(f(0,0), 1) + V(f(0,1), 1) + V(f(0,2), 1))/3.0;
+        query_points(i,2) = (V(f(0,0), 2) + V(f(0,1), 2) + V(f(0,2), 2))/3.0;
+    }
+    Eigen::VectorXi inside;
+    igl::copyleft::cgal::points_inside_component(V, vG[id], query_points, inside);
+    assert((size_t)inside.size() == num_unresolved_components);
+    for (size_t i=0; i<num_unresolved_components; i++) {
+        if (inside(i, 0)) {
+            const size_t oid = unresolved[i];
+            keep[oid] = false;
+        }
+    }
+  }
+  for (size_t id = 0; id<ncc; id++) {
+      if (keep[id]) {
+          nG += vJ[id].rows();
+      }
+  }
+
+  // collect G and J across components
+  G.resize(nG,3);
+  J.resize(nG,1);
+  {
+    size_t off = 0;
+    for(Index id = 0;id<(Index)ncc;id++)
+    {
+      if(keep[id])
+      {
+        assert(vG[id].rows() == vJ[id].rows());
+        G.block(off,0,vG[id].rows(),vG[id].cols()) = vG[id];
+        J.block(off,0,vJ[id].rows(),vJ[id].cols()) = vJ[id];
+        off += vG[id].rows();
+      }
+    }
+  }
+}
+
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+// Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy< Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_hull_legacy<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+#ifdef WIN32
+#endif
+#endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_hull_legacy.h

@@ -0,0 +1,59 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+// 
+// Copyright (C) 2015 Alec Jacobson <[email protected]>
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_HULL_LEGACY_H
+#define IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_HULL_LEGACY_H
+#include "../../igl_inline.h"
+#include <Eigen/Core>
+namespace igl
+{
+  namespace copyleft
+  {
+    namespace cgal
+    {
+      // Compute the "outer hull" of a potentially non-manifold mesh (V,F) whose
+      // intersections have been "resolved" (e.g. using `cork` or
+      // `igl::copyleft::cgal::selfintersect`). The outer hull is defined to be all facets
+      // (regardless of orientation) for which there exists some path from infinity
+      // to the face without intersecting any other facets. For solids, this is the
+      // surface of the solid. In general this includes any thin "wings" or
+      // "flaps".  This implementation largely follows Section 3.6 of "Direct
+      // repair of self-intersecting meshes" [Attene 2014].
+      //
+      // Note: This doesn't require the input mesh to be piecewise constant
+      // winding number, but won't handle multiple non-nested connected
+      // components.
+      //
+      // Inputs:
+      //   V  #V by 3 list of vertex positions
+      //   F  #F by 3 list of triangle indices into V
+      // Outputs:
+      //   G  #G by 3 list of output triangle indices into V
+      //   J  #G list of indices into F
+      //   flip  #F list of whether facet was added to G **and** flipped orientation
+      //     (false for faces not added to G)
+      template <
+        typename DerivedV,
+        typename DerivedF,
+        typename DerivedG,
+        typename DerivedJ,
+        typename Derivedflip>
+      IGL_INLINE void outer_hull_legacy(
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedG> & G,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
+        Eigen::PlainObjectBase<Derivedflip> & flip);
+    }
+  }
+}
+
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "outer_hull_legacy.cpp"
+#endif
+#endif
+

include/igl/copyleft/cgal/outer_vertex.cpp

@@ -0,0 +1,101 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+//
+// Copyright (C) 2015 Qingnan Zhou <[email protected]>
+// Copyright (C) 2021 Alec Jacobson <[email protected]>
+//
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#include "outer_vertex.h"
+#include "outer_edge.h"
+#include <iostream>
+#include <vector>
+
+template <
+     typename DerivedV,
+     typename DerivedF,
+     typename DerivedI,
+     typename IndexType,
+     typename DerivedA
+     >
+IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::outer_vertex(
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
+        IndexType & v_index,
+        Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A)
+{
+    // Algorithm:
+    //    Find an outer vertex (i.e. vertex reachable from infinity)
+    //    Return the vertex with the largest X value.
+    //    If there is a tie, pick the one with largest Y value.
+    //    If there is still a tie, pick the one with the largest Z value.
+    //    If there is still a tie, then there are duplicated vertices within the
+    //    mesh, which violates the precondition.
+    typedef typename DerivedF::Scalar Index;
+    const Index INVALID = std::numeric_limits<Index>::max();
+    const size_t num_selected_faces = I.rows();
+    std::vector<size_t> candidate_faces;
+    Index outer_vid = INVALID;
+    typename DerivedV::Scalar outer_val = 0;
+    for (size_t i=0; i<num_selected_faces; i++)
+    {
+        size_t f = I(i);
+        for (size_t j=0; j<3; j++)
+        {
+            Index v = F(f, j);
+            auto vx = V(v, 0);
+            if (outer_vid == INVALID || vx > outer_val)
+            {
+                outer_val = vx;
+                outer_vid = v;
+                candidate_faces = {f};
+            } else if (v == outer_vid)
+            {
+                candidate_faces.push_back(f);
+            } else if (vx == outer_val)
+            {
+                // Break tie.
+                auto vy = V(v,1);
+                auto vz = V(v, 2);
+                auto outer_y = V(outer_vid, 1);
+                auto outer_z = V(outer_vid, 2);
+                assert(!(vy == outer_y && vz == outer_z));
+                bool replace = (vy > outer_y) ||
+                    ((vy == outer_y) && (vz > outer_z));
+                if (replace)
+                {
+                    outer_val = vx;
+                    outer_vid = v;
+                    candidate_faces = {f};
+                }
+            }
+        }
+    }
+
+    assert(outer_vid != INVALID);
+    assert(candidate_faces.size() > 0);
+    v_index = outer_vid;
+    A.resize(candidate_faces.size());
+    std::copy(candidate_faces.begin(), candidate_faces.end(), A.data());
+}
+
+#ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
+#include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
+// Explicit template instantiation
+#include <cstdint>
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// Linux
+template void igl::copyleft::cgal::outer_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, std::ptrdiff_t, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::ptrdiff_t&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#ifdef WIN32
+
+template void __cdecl igl::copyleft::cgal::outer_vertex<class Eigen::Matrix<class CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,__int64,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Epeck::FT,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> > const &,__int64 &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void __cdecl igl::copyleft::cgal::outer_vertex<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,__int64,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,__int64 &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void __cdecl igl::copyleft::cgal::outer_vertex<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1>,__int64,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<double,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<long,-1,1,0,-1,1> > const &,__int64 &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+
+#endif
+#endif

include/igl/copyleft/cgal/outer_vertex.h

@@ -0,0 +1,54 @@
+// This file is part of libigl, a simple c++ geometry processing library.
+// 
+// Copyright (C) 2015 Qingan Zhou <[email protected]>
+// Copyright (C) 2021 Alec Jacobson <[email protected]>
+// 
+// This Source Code Form is subject to the terms of the Mozilla Public License 
+// v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can 
+// obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
+#ifndef IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_VERTEX_H
+#define IGL_COPYLEFT_CGAL_OUTER_VERTEX_H
+#include "../../igl_inline.h"
+#include <Eigen/Core>
+namespace igl
+{
+  namespace copyleft
+  {
+    namespace cgal
+    {
+      // Find a vertex that is reachable from infinite without crossing any faces.
+      // Such vertex is called "outer vertex."
+      //
+      // Precondition: The input mesh must have all self-intersection resolved and
+      // no duplicated vertices.  See cgal::remesh_self_intersections.h for how to
+      // obtain such input.
+      //
+      // Inputs:
+      //   V  #V by 3 list of vertex positions
+      //   F  #F by 3 list of triangle indices into V
+      //   I  #I list of facets to consider
+      // Outputs:
+      //   v_index  index of outer vertex
+      //   A  #A list of facets incident to the outer vertex
+      template <
+          typename DerivedV,
+          typename DerivedF,
+          typename DerivedI,
+          typename IndexType,
+          typename DerivedA
+          >
+      IGL_INLINE void outer_vertex(
+              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> & V,
+              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+              const Eigen::PlainObjectBase<DerivedI> & I,
+              IndexType & v_index,
+              Eigen::PlainObjectBase<DerivedA> & A);
+    }
+  }
+}
+
+#ifndef IGL_STATIC_LIBRARY
+#  include "outer_vertex.cpp"
+#endif
+#endif
+

include/igl/copyleft/cgal/peel_outer_hull_layers.cpp

@@ -6,7 +6,7 @@
 // v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this file, You can
 // obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.
 #include "peel_outer_hull_layers.h"
-#include "outer_hull.h"
+#include "outer_hull_legacy.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
 #include <vector>
 #include <iostream>
@@ -30,8 +30,8 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers(
 {
   using namespace Eigen;
   using namespace std;
-  typedef typename DerivedF::Index Index;
   typedef Matrix<typename DerivedF::Scalar,Dynamic,DerivedF::ColsAtCompileTime> MatrixXF;
+  typedef typename DerivedF::Scalar Index;
   typedef Matrix<Index,Dynamic,1> MatrixXI;
   typedef Matrix<typename Derivedflip::Scalar,Dynamic,Derivedflip::ColsAtCompileTime> MatrixXflip;
   const Index m = F.rows();
@@ -116,12 +116,12 @@ IGL_INLINE size_t igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
 #include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
-template unsigned long igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template size_t igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template size_t igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+#include <cstdint>
 #ifdef WIN32
-template unsigned __int64 igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
+template uint64_t igl::copyleft::cgal::peel_outer_hull_layers<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/point_mesh_squared_distance.cpp

@@ -133,10 +133,9 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance<CGAL::Simple_cartesian<double>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Simple_cartesian<double>, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> >, CGAL::Default> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance<CGAL::Epeck,   Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,   -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 1, 0, -1, 1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>   >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3,   0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>   > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 1,   0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance<CGAL::Epeck,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,   -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 1, 0, -1, 1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>   >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>   > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 1,   0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance<CGAL::Simple_cartesian<double>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Simple_cartesian<double>, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> >, CGAL::Default> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance_precompute<CGAL::Simple_cartesian<double>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Simple_cartesian<double>, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> >, CGAL::Default> >&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
 template void igl::copyleft::cgal::point_mesh_squared_distance_precompute<CGAL::Simple_cartesian<double>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Simple_cartesian<double>, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Simple_cartesian<double>, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> >, CGAL::Default> >&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> >, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Simple_cartesian<double> > > >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/point_solid_signed_squared_distance.cpp

@@ -51,6 +51,5 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::point_solid_signed_squared_distance(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void   igl::copyleft::cgal::point_solid_signed_squared_distance<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>,   -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int,   -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 1, 0,   -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>,   -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1,   -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0,   -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 1,   0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::point_solid_signed_squared_distance<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/points_inside_component.cpp

@@ -339,12 +339,11 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::points_inside_component(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1,   -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>   >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>   >&);
 template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component< Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > ( Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component< Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> > ( Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix< int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<   int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1,   -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>,   Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>   >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3,   0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1>   >&);
 template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::points_inside_component<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/propagate_winding_numbers.cpp

@@ -16,9 +16,7 @@
 #include "../../writePLY.h"
 #include "../../get_seconds.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
-#include "order_facets_around_edge.h"
 #include "outer_facet.h"
-#include "closest_facet.h"
 #include "assign.h"
 #include "extract_cells.h"
 #include "cell_adjacency.h"
@@ -58,23 +56,21 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
 #endif
 
   Eigen::MatrixXi E, uE;
-  Eigen::VectorXi EMAP;
-  std::vector<std::vector<size_t> > uE2E;
-  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uE2E);
+  Eigen::VectorXi EMAP, uEC, uEE;
+  igl::unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uEC, uEE);
 
   Eigen::VectorXi P;
-  const size_t num_patches = igl::extract_manifold_patches(F, EMAP, uE2E, P);
+  const size_t num_patches = igl::extract_manifold_patches(F,EMAP,uEC,uEE,P);
 
   DerivedW per_patch_cells;
   const size_t num_cells =
-    igl::copyleft::cgal::extract_cells(
-        V, F, P, E, uE, uE2E, EMAP, per_patch_cells);
+    extract_cells(V,F,P,E,uE,EMAP,uEC,uEE,per_patch_cells);
 #ifdef PROPAGATE_WINDING_NUMBER_TIMING
   log_time("cell_extraction");
 #endif
 
   return propagate_winding_numbers(V, F,
-          uE, uE2E,
+          uE, uEC, uEE,
           num_patches, P,
           num_cells, per_patch_cells,
           labels, W);
@@ -85,7 +81,8 @@ template<
   typename DerivedV,
   typename DerivedF,
   typename DeriveduE,
-  typename uE2EType,
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE,
   typename DerivedP,
   typename DerivedC,
   typename DerivedL,
@@ -94,7 +91,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
     const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-    const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
+    const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+    const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
     const size_t num_patches,
     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
     const size_t num_cells,
@@ -119,7 +117,7 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
 
   bool valid = true;
   // https://github.com/libigl/libigl/issues/674
-  if (!igl::piecewise_constant_winding_number(F, uE, uE2E)) 
+  if (!igl::piecewise_constant_winding_number(F, uE, uEC, uEE)) 
   {
     assert(false && "Input mesh is not PWN");
     std::cerr << "Input mesh is not PWN!" << std::endl;
@@ -220,7 +218,7 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
   }
 #endif
 
-  size_t outer_facet;
+  Eigen::Index outer_facet;
   bool flipped;
   Eigen::VectorXi I = igl::LinSpaced<Eigen::VectorXi>(num_faces, 0, num_faces-1);
   igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, outer_facet, flipped);
@@ -312,13 +310,8 @@ IGL_INLINE bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, unsigned long, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #ifdef WIN32
-template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
-template bool igl::copyleft::cgal::propagate_winding_numbers<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>>(class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, unsigned __int64, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/propagate_winding_numbers.h

@@ -56,12 +56,12 @@ namespace igl
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedL>& labels,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedW>& W);
-
       // Inputs:
       //   V  #V by 3 list of vertex positions.
       //   F  #F by 3 list of triangle indices into V.
       //   uE    #uE by 2 list of vertex_indices, represents undirected edges.
-      //   uE2E  #uE list of lists that maps uE to E. (a one-to-many map)
+      //   uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+      //   uEE  #E list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
       //   num_patches  number of patches
       //   P  #F list of patch ids.
       //   num_cells    number of cells
@@ -77,7 +77,8 @@ namespace igl
         typename DerivedV,
         typename DerivedF,
         typename DeriveduE,
-        typename uE2EType,
+        typename DeriveduEC,
+        typename DeriveduEE,
         typename DerivedP,
         typename DerivedC,
         typename DerivedL,
@@ -86,7 +87,8 @@ namespace igl
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
         const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE>& uE,
-        const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEC>& uEC,
+        const Eigen::PlainObjectBase<DeriveduEE>& uEE,
         const size_t num_patches,
         const Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P,
         const size_t num_cells,

include/igl/copyleft/cgal/remesh_intersections.cpp

@@ -12,6 +12,8 @@
 #include "../../get_seconds.h"
 #include "../../parallel_for.h"
 #include "../../LinSpaced.h"
+#include "../../C_STR.h"
+#include "../../STR.h"
 #include "../../unique_rows.h"
 
 #include <vector>
@@ -19,33 +21,14 @@
 #include <queue>
 #include <unordered_map>
 #include <iostream>
+#include <cstdio>
 
 //#define REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
 
-template <
-  typename DerivedV,
-  typename DerivedF,
-  typename Kernel,
-  typename DerivedVV,
-  typename DerivedFF,
-  typename DerivedJ,
-  typename DerivedIM>
-IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-  const std::vector<CGAL::Triangle_3<Kernel> > & T,
-  const std::map<
-  typename DerivedF::Index,
-  std::vector<
-  std::pair<typename DerivedF::Index, CGAL::Object> > > & offending,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & VV,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedFF> & FF,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
-  Eigen::PlainObjectBase<DerivedIM> & IM) 
-{
-  // by default, no stitching
-  igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(V,F,T,offending,false,VV,FF,J,IM);
-}
+// Helper function to invoke .exact() on CGAL::Epeck::FT and no-op on others
+template <typename T> inline void exact(T & v);
+template <> inline void exact(CGAL::Epeck::FT & v) { v = v.exact(); }
+template <typename T> inline void exact(T & v){}
 
 template <
   typename DerivedV,
@@ -64,6 +47,7 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
     std::vector<
       std::pair<typename DerivedF::Index, CGAL::Object> > > & offending,
   bool stitch_all,
+  bool slow_and_more_precise_rounding,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & VV,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedFF> & FF,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
@@ -79,8 +63,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
       return diff;
     };
     const auto log_time = [&](const std::string& label) -> void {
-      std::cout << "remesh_intersections." << label << ": "
-          << tictoc() << std::endl;
+      printf("%50s: %0.5lf\n",
+        C_STR("remesh_intersections." << label),tictoc());
     };
     tictoc();
 #endif
@@ -168,7 +152,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
     {
       std::vector<CGAL::Object> objects;
 
-      CDT_plus_2 cdt;
       // insert each face into a common cdt
       for (const auto& fid : involved_faces)
       {
@@ -201,73 +184,70 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
       const Point_3& p, 
       const size_t ori_f) -> Index 
     {
-      if (stitch_all) 
-      {
-        // No need to check if p shared by multiple triangles because all shared
-        // vertices would be merged later on.
-        const size_t index = num_base_vertices + new_vertices.size();
-        new_vertices.push_back(p);
-        return index;
-      } else 
+      assert(stitch_all == false);
+      // Stitching triangles according to input connectivity.
+      // This step is potentially costly.
+      const auto& triangle = T[ori_f];
+      const auto& f = F.row(ori_f).eval();
+
+      // Check if p is one of the triangle corners.
+      for (size_t i=0; i<3; i++) 
       {
-        // Stitching triangles according to input connectivity.
-        // This step is potentially costly.
-        const auto& triangle = T[ori_f];
-        const auto& f = F.row(ori_f).eval();
-
-        // Check if p is one of the triangle corners.
-        for (size_t i=0; i<3; i++) 
-        {
-          if (p == triangle[i]) return f[i];
-        }
+        if (p == triangle[i]) return f[i];
+      }
 
-        // Check if p is on one of the edges.
-        for (size_t i=0; i<3; i++) {
-          const Point_3 curr_corner = triangle[i];
-          const Point_3 next_corner = triangle[(i+1)%3];
-          const Segment_3 edge(curr_corner, next_corner);
-          if (edge.has_on(p)) {
-            const Index curr = f[i];
-            const Index next = f[(i+1)%3];
-            Edge key;
-            key.first = curr<next?curr:next;
-            key.second = curr<next?next:curr;
-            auto itr = edge_vertices.find(key);
-            if (itr == edge_vertices.end()) {
-              const Index index =
-                num_base_vertices + new_vertices.size();
-              edge_vertices.insert({key, {index}});
-              new_vertices.push_back(p);
-              return index;
-            } else {
-              for (const auto vid : itr->second) {
-                if (p == new_vertices[vid - num_base_vertices]) {
-                  return vid;
-                }
+      // Check if p is on one of the edges.
+      for (size_t i=0; i<3; i++) {
+        const Point_3 curr_corner = triangle[i];
+        const Point_3 next_corner = triangle[(i+1)%3];
+        const Segment_3 edge(curr_corner, next_corner);
+        if (edge.has_on(p)) {
+          const Index curr = f[i];
+          const Index next = f[(i+1)%3];
+          Edge key;
+          key.first = curr<next?curr:next;
+          key.second = curr<next?next:curr;
+          auto itr = edge_vertices.find(key);
+          if (itr == edge_vertices.end()) {
+            const Index index =
+              num_base_vertices + new_vertices.size();
+            edge_vertices.insert({key, {index}});
+            new_vertices.push_back(p);
+            return index;
+          } else {
+            for (const auto vid : itr->second) {
+              if (p == new_vertices[vid - num_base_vertices]) {
+                return vid;
               }
-              const size_t index = num_base_vertices + new_vertices.size();
-              new_vertices.push_back(p);
-              itr->second.push_back(index);
-              return index;
             }
+            const size_t index = num_base_vertices + new_vertices.size();
+            new_vertices.push_back(p);
+            itr->second.push_back(index);
+            return index;
           }
         }
+      }
 
-        // p must be in the middle of the triangle.
-        auto & existing_face_vertices = face_vertices[ori_f];
-        for(const auto vid : existing_face_vertices) {
-          if (p == new_vertices[vid - num_base_vertices]) {
-            return vid;
-          }
+      // p must be in the middle of the triangle.
+      auto & existing_face_vertices = face_vertices[ori_f];
+      for(const auto vid : existing_face_vertices) {
+        if (p == new_vertices[vid - num_base_vertices]) {
+          return vid;
         }
-        const size_t index = num_base_vertices + new_vertices.size();
-        new_vertices.push_back(p);
-        existing_face_vertices.push_back(index);
-        return index;
       }
+      const size_t index = num_base_vertices + new_vertices.size();
+      new_vertices.push_back(p);
+      existing_face_vertices.push_back(index);
+      return index;
+      
     };
 
     // Determine the vertex indices for each corner of each output triangle.
+    //
+    // Note: When `stitch_all == false` this produces copies of new vertices for
+    // every new triangle, relying on the call to `unique` below to de-duplicate
+    // them. Seems this could at least only create one copy per CDT. In general,
+    // this could mean 12 copies of a new vertex rather than just 2.
     // 
     // Inputs:
     //   vertices  #V list of vertices of cdt
@@ -283,44 +263,70 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
       const std::vector<Index>& involved_faces) -> void 
     {
       assert(involved_faces.size() > 0);
+      std::vector<Index> indices(vertices.size());
+      // If we're stitching all points together then we can insert just one copy
+      // of each new vertex in this cdt and reference it for each new face.
+      if(stitch_all)
+      {
+        for(size_t i = 0;i<vertices.size();i++)
+        {
+          indices[i] = num_base_vertices + new_vertices.size();
+          new_vertices.push_back(vertices[i]);
+        }
+      }
       // for all faces of the cdt
       for (const auto& f : faces) 
       {
+        std::vector<Index> corners(3);
+        if(stitch_all){ for(size_t i =0;i<3;i++){ corners[i] = indices[f[i]];} }
         const Point_3& v0 = vertices[f[0]];
         const Point_3& v1 = vertices[f[1]];
         const Point_3& v2 = vertices[f[2]];
-        Point_3 center(
-          (v0[0] + v1[0] + v2[0]) / 3.0,
-          (v0[1] + v1[1] + v2[1]) / 3.0,
-          (v0[2] + v1[2] + v2[2]) / 3.0);
-        if (involved_faces.size() == 1) 
+        if(involved_faces.size() == 1) 
         {
+          const auto& ori_f = involved_faces[0];
           // If only there is only one involved face, all sub-triangles must
           // belong to it and have the correct orientation.
-          const auto& ori_f = involved_faces[0];
-          std::vector<Index> corners(3);
-          corners[0] = find_or_append_point(v0, ori_f);
-          corners[1] = find_or_append_point(v1, ori_f);
-          corners[2] = find_or_append_point(v2, ori_f);
+          if(!stitch_all)
+          {
+            corners[0] = find_or_append_point(v0, ori_f);
+            corners[1] = find_or_append_point(v1, ori_f);
+            corners[2] = find_or_append_point(v2, ori_f);
+          }
           resolved_faces.emplace_back(corners);
           source_faces.push_back(ori_f);
-        } else 
+        }else 
         {
+          // CGAL is silly about adding points together: 
+          // https://stackoverflow.com/questions/46693301/why-can-i-not-add-points-in-cgal
+          Point_3 center(
+            (v0[0] + v1[0] + v2[0]) / 3.0,
+            (v0[1] + v1[1] + v2[1]) / 3.0,
+            (v0[2] + v1[2] + v2[2]) / 3.0);
+          // O(n²) type loop for a large co-planar patch
           for (const auto& ori_f : involved_faces) 
           {
             const auto& triangle = T[ori_f];
-            const Plane_3 P = triangle.supporting_plane();
-            if (triangle.has_on(center)) {
-              std::vector<Index> corners(3);
-              corners[0] = find_or_append_point(v0, ori_f);
-              corners[1] = find_or_append_point(v1, ori_f);
-              corners[2] = find_or_append_point(v2, ori_f);
-              if (CGAL::orientation(
-                    P.to_2d(v0), P.to_2d(v1), P.to_2d(v2))
-                  == CGAL::RIGHT_TURN) {
+            if (triangle.has_on(center)) 
+            {
+              const Plane_3 P = triangle.supporting_plane();
+              if(!stitch_all)
+              {
+                corners[0] = find_or_append_point(v0, ori_f);
+                corners[1] = find_or_append_point(v1, ori_f);
+                corners[2] = find_or_append_point(v2, ori_f);
+              }
+              bool was_flipped = false;
+              if(
+                CGAL::orientation( P.to_2d(v0), P.to_2d(v1), P.to_2d(v2)) ==
+                CGAL::RIGHT_TURN)
+              {
+                was_flipped = true;
                 std::swap(corners[0], corners[1]);
               }
               resolved_faces.emplace_back(corners);
+              // swap back
+              if(was_flipped) { std::swap(corners[0], corners[1]); }
               source_faces.push_back(ori_f);
             }
           }
@@ -385,21 +391,14 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
     std::vector<std::vector<Point_3> > cdt_vertices(num_cdts);
     std::vector<std::vector<std::vector<Index> > > cdt_faces(num_cdts);
 
-    //// Not clear whether this is safe because of reference counting on Point_3
-    //// objects...
-    //// 
-    //// I tried it and got random segfaults (via MATLAB). Seems this is not
-    //// safe.
-    //igl::parallel_for(num_cdts,[&](int i)
-    for (size_t i=0; i<num_cdts; i++) 
+    igl::parallel_for(num_cdts,[&](int i)
     {
       auto& vertices = cdt_vertices[i];
       auto& faces = cdt_faces[i];
       const auto& P = cdt_inputs[i].first;
       const auto& involved_faces = cdt_inputs[i].second;
       delaunay_triangulation(P, involved_faces, vertices, faces);
-    }
-    //,1000);
+    } ,1000);
 #ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
     log_time("cdt");
 #endif
@@ -417,20 +416,31 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
 
     // Output resolved mesh.
     const size_t num_out_vertices = new_vertices.size() + num_base_vertices;
-    VV.resize(num_out_vertices, 3);
-    for (size_t i=0; i<num_base_vertices; i++) 
+    // Use scratch memory if we're stitching to avoid a copy below.
+    DerivedVV scratch;
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & U = stitch_all? scratch: VV;
+    U.resize(num_out_vertices, 3);
+
+    igl::parallel_for(num_base_vertices,[&](Eigen::Index i)
     {
-      assign_scalar(V(i,0), VV(i,0));
-      assign_scalar(V(i,1), VV(i,1));
-      assign_scalar(V(i,2), VV(i,2));
-    }
+      assign_scalar(V(i,0), slow_and_more_precise_rounding, U(i,0));
+      assign_scalar(V(i,1), slow_and_more_precise_rounding, U(i,1));
+      assign_scalar(V(i,2), slow_and_more_precise_rounding, U(i,2));
+    },1000);
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("assigning0");
+#endif
 
-    for (size_t i=num_base_vertices; i<num_out_vertices; i++) 
+    igl::parallel_for(num_out_vertices-num_base_vertices,[&](size_t i)
     {
-      assign_scalar(new_vertices[i-num_base_vertices][0], VV(i,0));
-      assign_scalar(new_vertices[i-num_base_vertices][1], VV(i,1));
-      assign_scalar(new_vertices[i-num_base_vertices][2], VV(i,2));
-    }
+      const size_t j = i+num_base_vertices;
+      assign_scalar(new_vertices[i][0],slow_and_more_precise_rounding,U(j,0));
+      assign_scalar(new_vertices[i][1],slow_and_more_precise_rounding,U(j,1));
+      assign_scalar(new_vertices[i][2],slow_and_more_precise_rounding,U(j,2));
+    },1000);
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("assigning1");
+#endif
 
     const size_t num_out_faces = resolved_faces.size();
     FF.resize(num_out_faces, 3);
@@ -440,27 +450,50 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
       FF(i,1) = resolved_faces[i][1];
       FF(i,2) = resolved_faces[i][2];
     }
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("FF copy");
+#endif
 
     J.resize(num_out_faces);
     std::copy(source_faces.begin(), source_faces.end(), J.data());
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("J copy");
+#endif
 
     // Extract unique vertex indices.
-    const size_t VV_size = VV.rows();
-    IM.resize(VV_size,1);
-
-    DerivedVV unique_vv;
-    Eigen::VectorXi unique_to_vv, vv_to_unique;
-    // This is not stable... So even if offending is empty V != VV in
+    const size_t U_size = U.rows();
+    IM.resize(U_size,1);
+
+    // Try to minimize any overhead here but avoid shinanigans trying to get
+    // .exact() call into a function containing the loop called on the matrix
+    // with so many Eigen parameters and possibly a type that doesn't have
+    // .exact()
+    igl::parallel_for(U.size(),[&](Eigen::Index &i){ exact(*(U.data()+i)); },
+      std::is_same<typename DerivedVV::Scalar,CGAL::Epeck::FT>()?
+        1000:U.size()+1);
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("exact");
+#endif
+    // Write directly into VV if stitching, else use scratch (in fact if not
+    // stitching then we don't need this output at all).
+    Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & unique_vv = stitch_all ? VV : scratch;
+    // This is not stable... So even if offending is empty V != U in
     // general...
-    igl::unique_rows(VV, unique_vv, unique_to_vv, vv_to_unique);
+    Eigen::VectorXi unique_to_vv, vv_to_unique;
+    igl::unique_rows(U, unique_vv, unique_to_vv, vv_to_unique);
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("unique");
+#endif
     if(stitch_all) 
     {
       // Merge all vertices having the same coordinates into a single vertex
       // and set IM to identity map.
-      VV = unique_vv;
       std::transform(FF.data(), FF.data() + FF.rows()*FF.cols(),
           FF.data(), [&vv_to_unique](const typename DerivedFF::Scalar& a)
           { return vv_to_unique[a]; });
+#ifdef REMESH_INTERSECTIONS_TIMING
+    log_time("transform");
+#endif
       IM.resize(unique_vv.rows());
       // Have to use << instead of = because Eigen's PlainObjectBase is annoying
       IM << igl::LinSpaced<
@@ -470,7 +503,7 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
     {
       // Vertices with the same coordinates would be represented by one vertex.
       // The IM value of a vertex is the index of the representative vertex.
-      for (Index v=0; v<(Index)VV_size; v++) {
+      for (Index v=0; v<(Index)U_size; v++) {
         IM(v) = unique_to_vv[vv_to_unique[v]];
       }
     }
@@ -482,74 +515,40 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
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-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+//
+// To-do: we should really stop using Eigen::Index or anything but `int` for
+// index types, it causes this bloating of templates below and chaos on windows.
+//
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<float, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
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 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
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+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epeck> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epick, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>, std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const&, std::map<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > >, std::less<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const, std::vector<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object>, std::allocator<std::pair<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Index, CGAL::Object> > > > > > const&, bool, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<std::ptrdiff_t, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifdef WIN32
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,CGAL::Epick,Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3> > const &,Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>,std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const &,std::map<__int64,std::vector<struct std::pair<__int64,CGAL::Object>,std::allocator<struct std::pair<__int64,CGAL::Object> > >,struct std::less<__int64>,std::allocator<struct std::pair<__int64 const ,std::vector<struct std::pair<__int64,CGAL::Object>,std::allocator<struct std::pair<__int64,CGAL::Object> > > > > > const &,bool,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class CGAL::Epeck,class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>,class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck> > > const &,class std::map<__int64,class std::vector<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object>,class std::allocator<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object> > >,struct std::less<__int64>,class std::allocator<struct std::pair<__int64 const ,class std::vector<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object>,class std::allocator<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object> > > > > > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class CGAL::Epick,class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<float,-1,3,0,-1,3> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>,class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick> > > const &,class std::map<__int64,class std::vector<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object>,class std::allocator<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object> > >,struct std::less<__int64>,class std::allocator<struct std::pair<__int64 const ,class std::vector<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object>,class std::allocator<struct std::pair<__int64,class CGAL::Object> > > > > > const &,bool,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epeck, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epick, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epeck, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epeck>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class CGAL::Epick, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>, class std::allocator<class CGAL::Triangle_3<class CGAL::Epick>>> const &, class std::map<__int64, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>, struct std::less<__int64>, class std::allocator<struct std::pair<__int64 const, class std::vector<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>, class std::allocator<struct std::pair<__int64, class CGAL::Object>>>>>> const &, bool, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template void igl::copyleft::cgal::remesh_intersections<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,CGAL::Epick,Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3>,Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3> > const &,Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,std::vector<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick>,std::allocator<CGAL::Triangle_3<CGAL::Epick> > > const &,std::map<__int64,std::vector<struct std::pair<__int64,CGAL::Object>,std::allocator<struct std::pair<__int64,CGAL::Object> > >,struct std::less<__int64>,std::allocator<struct std::pair<__int64 const ,std::vector<struct std::pair<__int64,CGAL::Object>,std::allocator<struct std::pair<__int64,CGAL::Object> > > > > > const &,bool,bool,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT,-1,3,0,-1,3> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remesh_intersections.h

@@ -58,27 +58,7 @@ namespace igl
             std::vector<
             std::pair<typename DerivedF::Index, CGAL::Object> > > & offending,
         bool stitch_all,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & VV,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedFF> & FF,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,
-        Eigen::PlainObjectBase<DerivedIM> & IM);
-      // Same as above except stitch_all is assumed "false"
-      template <
-        typename DerivedV,
-        typename DerivedF,
-        typename Kernel,
-        typename DerivedVV,
-        typename DerivedFF,
-        typename DerivedJ,
-        typename DerivedIM>
-      IGL_INLINE void remesh_intersections(
-        const Eigen::MatrixBase<DerivedV> & V,
-        const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
-        const std::vector<CGAL::Triangle_3<Kernel> > & T,
-        const std::map<
-          typename DerivedF::Index,
-            std::vector<
-            std::pair<typename DerivedF::Index, CGAL::Object> > > & offending,
+        bool slow_and_more_precise_rounding,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedVV> & VV,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedFF> & FF,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedJ> & J,

include/igl/copyleft/cgal/remesh_self_intersections.cpp

@@ -83,38 +83,20 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
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-template void igl::copyleft::cgal::remesh_self_intersections<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, struct igl::copyleft::cgal::RemeshSelfIntersectionsParam const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<class CGAL::Lazy_exact_nt<class CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64, -1, 1, 0, -1, 1>> &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
 #endif
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/remove_unreferenced.cpp

@@ -11,10 +11,11 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../remove_unreferenced.cpp"
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::remove_unreferenced<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/resolve_intersections.cpp

@@ -91,6 +91,5 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::resolve_intersections(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::resolve_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::resolve_intersections<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/row_to_point.cpp

@@ -21,5 +21,5 @@ IGL_INLINE CGAL::Point_2<Kernel> igl::copyleft::cgal::row_to_point(
 // Explicit template instantiation
 #include <CGAL/Exact_predicates_inexact_constructions_kernel.h>
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
-template CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> igl::copyleft::cgal::row_to_point<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const&);
+template CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> igl::copyleft::cgal::row_to_point<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>::Index const&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/slice_mask.cpp

@@ -11,5 +11,5 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../slice_mask.cpp"
-template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0,   -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>   >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0,   -1, 3> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int,   Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3,   0, -1, 3> >&);
+template void igl::slice_mask<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::Array<bool, -1, 1, 0, -1, 1> const&, int, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/snap_rounding.cpp

@@ -207,6 +207,5 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::snap_rounding(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::copyleft::cgal::snap_rounding<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif 

include/igl/copyleft/cgal/subdivide_segments.cpp

@@ -135,8 +135,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::subdivide_segments(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::subdivide_segments<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > >, std::allocator<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::subdivide_segments<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > >, std::allocator<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::subdivide_segments<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > >, std::allocator<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::subdivide_segments<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > >, std::allocator<std::vector<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck>, std::allocator<CGAL::Point_2<CGAL::Epeck> > > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/submesh_aabb_tree.cpp

@@ -51,8 +51,7 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
-// generated by autoexplicit.sh
-template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::submesh_aabb_tree<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, CGAL::Epeck>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, CGAL::AABB_tree<CGAL::AABB_traits<CGAL::Epeck, CGAL::AABB_triangle_primitive<CGAL::Epeck, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >::iterator, CGAL::Boolean_tag<false> > > >&, std::vector<CGAL::Epeck::Triangle_3, std::allocator<CGAL::Epeck::Triangle_3> >&, std::vector<bool, std::allocator<bool> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/triangulate.cpp

@@ -142,7 +142,8 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::triangulate(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::copyleft::cgal::triangulate<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, const bool , Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::copyleft::cgal::triangulate<CGAL::Epick, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,       const bool , Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::copyleft::cgal::triangulate<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, bool, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 template void igl::copyleft::cgal::triangulate<CGAL::Epeck, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,       const bool , Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::copyleft::cgal::triangulate<CGAL::Epick, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,       const bool , Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/trim_with_solid.cpp

@@ -93,13 +93,6 @@ IGL_INLINE void igl::copyleft::cgal::trim_with_solid(
 
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
-template void igl::copyleft::cgal::trim_with_solid<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,
-  -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0,
-  -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>
-  >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,
-  -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,
-  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1,
-  -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,
-  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1,
-  1> >&);
+// Explicit template instantiation
+template void igl::copyleft::cgal::trim_with_solid<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1,  -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0,  -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>  >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int,  -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1,  -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&,  Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1,  1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/cgal/unique_rows.cpp

@@ -11,8 +11,9 @@
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 #undef IGL_STATIC_LIBRARY
 #include "../../unique_rows.cpp"
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, -1, 1, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Lazy_exact_nt<CGAL::Gmpq>, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// Explicit template instantiation
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, 3, 1, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique_rows<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<CGAL::Epeck::FT, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif
 

include/igl/extract_manifold_patches.cpp

@@ -11,6 +11,89 @@
 #include <limits>
 #include <queue>
 
+template <
+  typename DerivedF,
+  typename DerivedEMAP,
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE,
+  typename DerivedP>
+IGL_INLINE size_t igl::extract_manifold_patches(
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+  const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC>& uEC,
+  const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE>& uEE,
+  Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P)
+{
+  assert(F.cols() == 3);
+  const size_t num_faces = F.rows();
+
+  // given directed edge index return corresponding face index
+  auto e2f = [&](size_t ei) { return ei % num_faces; };
+  // given face index and corner given index of opposite directed edge
+  auto fc2e = [&](size_t fi, size_t ci) { return ci*num_faces + fi; };
+  // given face index and corner return whether unique edge has incidence == 2
+  auto is_manifold_edge = [&](size_t fi, size_t ci) -> bool 
+  {
+    const size_t ei = fc2e(fi, ci);
+    const size_t u = EMAP(ei);
+    //return uE2E[EMAP(ei)].size() == 2;
+    return (uEC(u+1)-uEC(u))==2;
+  };
+  // given face and corner index return adjacent face index (assumes manifold)
+  auto fc2a = [&](size_t fi, size_t ci) -> size_t 
+  {
+    const size_t ei = fc2e(fi, ci);
+    const size_t u = EMAP(ei);
+    //const auto& adj_faces = uE2E[EMAP(ei)];
+    //assert(adj_faces.size() == 2);
+    assert(uEC(u+1)-uEC(u) == 2);
+    //if (adj_faces[0] == ei) 
+    //{
+    //  return e2f(adj_faces[1]);
+    //} else 
+    //{
+    //  assert(adj_faces[1] == ei);
+    //  return e2f(adj_faces[0]);
+    //}
+    return e2f(uEE(uEC(u)) == ei ? uEE(uEC(u)+1) : uEE(uEC(u)));
+  };
+
+  typedef typename DerivedP::Scalar Scalar;
+  const Scalar INVALID = std::numeric_limits<Scalar>::max();
+  P.resize(num_faces,1);
+  P.setConstant(INVALID);
+  size_t num_patches = 0;
+  for (size_t i=0; i<num_faces; i++) 
+  {
+    if (P(i,0) != INVALID) continue;
+
+    std::queue<size_t> Q;
+    Q.push(i);
+    P(i,0) = num_patches;
+    while (!Q.empty()) 
+    {
+      const size_t fid = Q.front();
+      Q.pop();
+      for (size_t j=0; j<3; j++) 
+      {
+        if (is_manifold_edge(fid, j)) 
+        {
+          const size_t adj_fid = fc2a(fid, j);
+          if (P(adj_fid,0) == INVALID) 
+          {
+            Q.push(adj_fid);
+            P(adj_fid,0) = num_patches;
+          }
+        }
+      }
+    }
+    num_patches++;
+  }
+  assert((P.array() != INVALID).all());
+
+  return num_patches;
+}
+
 template<
   typename DerivedF,
   typename DerivedEMAP,
@@ -90,14 +173,18 @@ IGL_INLINE size_t igl::extract_manifold_patches(
   return igl::extract_manifold_patches(F, EMAP, uE2E, P);
 }
 
+
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,   Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template size_t igl::extract_manifold_patches<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned long, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&); 
 #ifdef WIN32
-template unsigned __int64 igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
-template unsigned __int64 igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template uint64_t igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, uint64_t, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<uint64_t, class std::allocator<uint64_t>>, class std::allocator<class std::vector<uint64_t, class std::allocator<uint64_t>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template uint64_t igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, uint64_t, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> const &, class std::vector<class std::vector<uint64_t, class std::allocator<uint64_t>>, class std::allocator<class std::vector<uint64_t, class std::allocator<uint64_t>>>> const &, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>> &);
+template uint64_t igl::extract_manifold_patches<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,-1,0,-1,-1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/extract_manifold_patches.h

@@ -20,13 +20,26 @@ namespace igl {
     // Inputs:
     //   F  #F by 3 list representing triangles.
     //   EMAP  #F*3 list of indices of unique undirected edges.
-    //   uE2E  #uE list of lists of indices into E of coexisting edges.
-    //
+    //   uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+    //   uEE  #F*3 list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
     // Output:
     //   P  #F list of patch incides.
-    //
     // Returns:
     //   number of manifold patches.
+    template <
+      typename DerivedF,
+      typename DerivedEMAP,
+      typename DeriveduEC,
+      typename DeriveduEE,
+      typename DerivedP>
+    IGL_INLINE size_t extract_manifold_patches(
+      const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+      const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP>& EMAP,
+      const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC>& uEC,
+      const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE>& uEE,
+      Eigen::PlainObjectBase<DerivedP>& P);
+    // Inputs:
+    //   uE2E  #uE list of lists of indices into E of coexisting edges.
     template <
       typename DerivedF,
       typename DerivedEMAP,

include/igl/piecewise_constant_winding_number.cpp

@@ -12,18 +12,17 @@
 template <
   typename DerivedF,
   typename DeriveduE,
-  typename uE2EType>
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE>
 IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
   const Eigen::MatrixBase<DeriveduE>& uE,
-  const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E)
+  const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC>& uEC,
+  const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE>& uEE)
 {
   const size_t num_faces = F.rows();
   const size_t num_edges = uE.rows();
-  const auto edge_index_to_face_index = [&](size_t ei)
-  {
-    return ei % num_faces;
-  };
+  const auto e2f = [&](size_t ei) { return ei % num_faces; };
   const auto is_consistent = [&](size_t fid, size_t s, size_t d)
   {
     if ((size_t)F(fid, 0) == s && (size_t)F(fid, 1) == d) return true;
@@ -40,9 +39,11 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
     const size_t s = uE(i,0);
     const size_t d = uE(i,1);
     int count=0;
-    for (const auto& ei : uE2E[i])
+    //for (const auto& ei : uE2E[i])
+    for(size_t j = uEC(i);j<uEC(i+1);j++)
     {
-      const size_t fid = edge_index_to_face_index(ei);
+      const size_t ei = uEE(j);
+      const size_t fid = e2f(ei);
       if (is_consistent(fid, s, d))
       {
         count++;
@@ -59,15 +60,15 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
   }
   return true;
 }
+
 template <typename DerivedF>
 IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F)
 {
   Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar,Eigen::Dynamic,2> E, uE;
-  Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar,Eigen::Dynamic,1> EMAP;
-  std::vector<std::vector<size_t> > uE2E;
-  unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uE2E);
-  return piecewise_constant_winding_number(F,uE,uE2E);
+  Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar,Eigen::Dynamic,1> EMAP, uEC, uEE;
+  unique_edge_map(F, E, uE, EMAP, uEC, uEE);
+  return piecewise_constant_winding_number(F,uE,uEC,uEE);
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
@@ -75,10 +76,7 @@ IGL_INLINE bool igl::piecewise_constant_winding_number(
 // generated by autoexplicit.sh
 template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
-template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned long>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> >, std::allocator<std::vector<unsigned long, std::allocator<unsigned long> > > > const&);
+template bool igl::piecewise_constant_winding_number<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
 #ifdef WIN32
-template bool igl::piecewise_constant_winding_number<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &);
-template bool igl::piecewise_constant_winding_number<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 1, -1, 3>> const &, class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>> const &, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64>>>> const &);
 #endif
 #endif

include/igl/piecewise_constant_winding_number.h

@@ -27,18 +27,21 @@ namespace igl
   //   F  #F by 3 list of triangle indices into some (abstract) list of
   //     vertices V
   //   uE  #uE by 2 list of unique edges indices into V
-  //   uE2E  #uE list of lists of indices into directed edges (#F * 3)
+  //  uEC  #uE+1 list of cumsums of directed edges sharing each unique edge
+  //  uEE  #E list of indices into E (see `igl::unique_edge_map`)
   // Returns true if the mesh _combinatorially_ induces a piecewise constant
   // winding number field.
   //
   template <
     typename DerivedF,
     typename DeriveduE,
-    typename uE2EType>
+    typename DeriveduEC,
+    typename DeriveduEE>
   IGL_INLINE bool piecewise_constant_winding_number(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
     const Eigen::MatrixBase<DeriveduE>& uE,
-    const std::vector<std::vector<uE2EType> >& uE2E);
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC>& uEC,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE>& uEE);
   template <typename DerivedF>
   IGL_INLINE bool piecewise_constant_winding_number(
     const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F);

include/igl/triangle_triangle_adjacency.cpp

@@ -247,13 +247,74 @@ template <
       }
     },
     1000ul);
+}
 
+template <
+  typename DerivedEMAP,
+  typename DeriveduEC,
+  typename DeriveduEE,
+  typename TTIndex, 
+  typename TTiIndex>
+  IGL_INLINE void igl::triangle_triangle_adjacency(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC> & uEC,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE> & uEE,
+    const bool construct_TTi,
+    std::vector<std::vector<std::vector<TTIndex> > > & TT,
+    std::vector<std::vector<std::vector<TTiIndex> > > & TTi)
+{
+  using namespace std;
+  using namespace Eigen;
+  typedef Eigen::Index Index;
+  const size_t m = EMAP.rows()/3;
+  assert((size_t)EMAP.rows() == m*3 && "EMAP should come from list of triangles.");
+  // E2E[i] --> {j,k,...} means face edge i corresponds to other faces edges j
+  // and k
+  TT.resize (m,vector<vector<TTIndex> >(3));
+  if(construct_TTi)
+  {
+    TTi.resize(m,vector<vector<TTiIndex> >(3));
+  }
 
+  // No race conditions because TT*[f][c]'s are in bijection with e's
+  // Minimum number of items per thread
+  //const size_t num_e = E.rows();
+  // Slightly better memory access than loop over E
+  igl::parallel_for(
+    m,
+    [&](const Index & f)
+    {
+      for(Index c = 0;c<3;c++)
+      {
+        const Index e = f + m*c;
+        //const Index c = e/m;
+        //const vector<uE2EType> & N = uE2E[EMAP(e)];
+        //for(const auto & ne : N)
+        for(Index j = uEC(EMAP(e));j<uEC(EMAP(e)+1);j++)
+        {
+          const auto ne = uEE(j);
+          const Index nf = ne%m;
+          // don't add self
+          if(nf != f)
+          {
+            TT[f][c].push_back(nf);
+            if(construct_TTi)
+            {
+              const Index nc = ne/m;
+              TTi[f][c].push_back(nc);
+            }
+          }
+        }
+      }
+    },
+    1000ul);
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
+template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, int, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, bool, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&);
+// generated by autoexplicit.sh
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
 template void igl::triangle_triangle_adjacency<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, int>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, std::vector<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >, std::allocator<std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > > > >&);

include/igl/triangle_triangle_adjacency.h

@@ -117,6 +117,19 @@ namespace igl
       const bool construct_TTi,
       std::vector<std::vector<std::vector<TTIndex> > > & TT,
       std::vector<std::vector<std::vector<TTiIndex> > > & TTi);
+  template <
+    typename DerivedEMAP,
+    typename DeriveduEC,
+    typename DeriveduEE,
+    typename TTIndex, 
+    typename TTiIndex>
+  IGL_INLINE void triangle_triangle_adjacency(
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedEMAP> & EMAP,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEC> & uEC,
+    const Eigen::MatrixBase<DeriveduEE> & uEE,
+    const bool construct_TTi,
+    std::vector<std::vector<std::vector<TTIndex> > > & TT,
+    std::vector<std::vector<std::vector<TTiIndex> > > & TTi);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/unique_edge_map.cpp

@@ -106,6 +106,8 @@ IGL_INLINE void igl::unique_edge_map(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
+// generated by autoexplicit.sh
+template void igl::unique_edge_map<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #ifdef WIN32
 template void __cdecl igl::unique_edge_map<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, unsigned __int64>(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >&, class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, class std::vector<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64> >, class std::allocator<class std::vector<unsigned __int64, class std::allocator<unsigned __int64> > > >&);
 #endif

include/igl/unique_edge_map.h

@@ -50,12 +50,32 @@ namespace igl
     Eigen::PlainObjectBase<DeriveduE> & uE,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedEMAP> & EMAP);
   // Outputs:
-  //   uEC  #uEC+1 list of cumulative counts of directed edges sharing each
+  //   uEC  #uE+1 list of cumulative counts of directed edges sharing each
   //     unique edge so the uEC(i+1)-uEC(i) is the number of directed edges
   //     sharing the ith unique edge.
   //   uEE  #E list of indices into E, so that the consecutive segment of
   //     indices uEE.segment(uEC(i),uEC(i+1)-uEC(i)) lists all directed edges
   //     sharing the ith unique edge.
+  //
+  // // Using uE2E
+  // for(int u = 0;u<uE2E.size();u++)
+  // {
+  //   for(int i = 0;i<uE2E[u].size();i++)
+  //   {
+  //     // eth directed-edge is ith edge equivalent to uth undirected edge
+  //     e = uE2E[u][i]; 
+  //   }
+  // }
+  // 
+  // // Using uEC,uEE
+  // for(int u = 0;u<uE.size();u++)
+  // {
+  //   for(int j = uEC(u);j<uEC(u+1);j++)
+  //   {
+  //     e = uEE(j); // i = j-uEC(u);
+  //   }
+  // }
+  //
   template <
     typename DerivedF,
     typename DerivedE,

tests/include/igl/copyleft/cgal/outer_facet.cpp

@@ -2,22 +2,6 @@
 
 #include <igl/copyleft/cgal/outer_facet.h>
 
-namespace {
-
-/**
- * Check if the outer facet is indeed valid.
- * Assumption: mesh is closed.
- */
-template<typename DerivedV, typename DerivedF>
-void assert_outer_facet_is_correct(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-        size_t fid, bool flipped) {
-    // Todo.
-}
-
-} // anonymous namespace
-
 TEST_CASE("OuterFacet: Simple", "[igl/copyleft/cgal]")
 {
     Eigen::MatrixXd V;
@@ -29,7 +13,7 @@ TEST_CASE("OuterFacet: Simple", "[igl/copyleft/cgal]")
     Eigen::VectorXi I(num_faces);
     I.setLinSpaced(num_faces, 0, num_faces-1);
 
-    size_t fid = num_faces + 1;
+    Eigen::Index fid = num_faces + 1;
     bool flipped;
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, fid, flipped);
 
@@ -52,7 +36,7 @@ TEST_CASE("OuterFacet: DuplicatedOppositeFaces", "[igl/copyleft/cgal]")
     Eigen::VectorXi I(F.rows());
     I.setLinSpaced(F.rows(), 0, F.rows()-1);
 
-    size_t fid = F.rows() + 1;
+    Eigen::Index fid = F.rows() + 1;
     bool flipped;
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, fid, flipped);
 
@@ -69,7 +53,7 @@ TEST_CASE("OuterFacet: FullyDegnerated", "[igl/copyleft/cgal]")
     Eigen::VectorXi I(F.rows());
     I.setLinSpaced(F.rows(), 0, F.rows()-1);
 
-    size_t fid = F.rows() + 1;
+    Eigen::Index fid = F.rows() + 1;
     bool flipped;
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, fid, flipped);
 
@@ -87,7 +71,7 @@ TEST_CASE("OuterFacet: InvertedNormal", "[igl/copyleft/cgal]")
     Eigen::VectorXi I(F.rows());
     I.setLinSpaced(F.rows(), 0, F.rows()-1);
 
-    size_t fid = F.rows() + 1;
+    Eigen::Index fid = F.rows() + 1;
     bool flipped;
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, fid, flipped);
 
@@ -104,7 +88,7 @@ TEST_CASE("OuterFacet: SliverTet", "[igl/copyleft/cgal]")
     Eigen::VectorXi I(F.rows());
     I.setLinSpaced(F.rows(), 0, F.rows()-1);
 
-    size_t fid = F.rows() + 1;
+    Eigen::Index fid = F.rows() + 1;
     bool flipped;
     igl::copyleft::cgal::outer_facet(V, F, I, fid, flipped);
 

tests/include/igl/copyleft/cgal/outer_hull.cpp → tests/include/igl/copyleft/cgal/outer_hull_legacy.cpp

@@ -1,9 +1,9 @@
 #include <test_common.h>
 
 #include <CGAL/Exact_predicates_exact_constructions_kernel.h>
-#include <igl/copyleft/cgal/outer_hull.h>
+#include <igl/copyleft/cgal/outer_hull_legacy.h>
 
-TEST_CASE("OuterHull: CubeWithFold", "[igl/copyleft/cgal]")
+TEST_CASE("outer_hull_legacy: CubeWithFold", "[igl/copyleft/cgal]")
 {
     Eigen::MatrixXd V;
     Eigen::MatrixXi F;

tutorial/610_CSGTree/main.cpp

@@ -58,7 +58,7 @@ int main(int argc, char * argv[])
       default:
       {
         CSGTree M;
-        Matrix<int,Dynamic,1> J;
+        VectorXi J;
         switch(view_id)
         {
           case 5: