fixing templates

include/igl/boundary_loop.cpp

@@ -24,7 +24,7 @@ IGL_INLINE void igl::boundary_loop(
     return;
 
   VectorXd Vdummy(F.maxCoeff()+1,1);
-  DerivedF TT,TTi;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> TT,TTi;
   vector<std::vector<int> > VF, VFi;
   triangle_triangle_adjacency(F,TT,TTi);
   vertex_triangle_adjacency(Vdummy,F,VF,VFi);
@@ -142,7 +142,7 @@ IGL_INLINE void igl::boundary_loop(
   vector<int> Lvec;
   boundary_loop(F,Lvec);
 
-  L.resize(Lvec.size());
+  L.resize(Lvec.size(), 1);
   for (size_t i = 0; i < Lvec.size(); ++i)
     L(i) = Lvec[i];
 }

include/igl/copyleft/tetgen/tetrahedralize.cpp

@@ -78,10 +78,10 @@ template <
   typename DerivedTF,
   typename DerivedTR>
 IGL_INLINE int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedH>& H,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedH>& H,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedR>& R,
   const std::string switches,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,
@@ -191,8 +191,8 @@ template <
   typename DerivedTT,
   typename DerivedTF>
 IGL_INLINE int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
   const std::string switches,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,
@@ -235,10 +235,10 @@ template <
   typename DerivedTF,
   typename DerivedTM>
 IGL_INLINE int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedVM>& VM,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedFM>& FM,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedVM>& VM,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedFM>& FM,
   const std::string switches,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,
@@ -339,7 +339,7 @@ IGL_INLINE int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
-template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>,Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>,Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &,const std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &,Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > &, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > &);
+template int igl::copyleft::tetgen::tetrahedralize<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::basic_string<char, std::char_traits<char>, std::allocator<char> >, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/copyleft/tetgen/tetrahedralize.h

@@ -61,8 +61,8 @@ namespace igl
         typename DerivedTT, 
         typename DerivedTF>
       IGL_INLINE int tetrahedralize(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
         const std::string switches,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,
@@ -114,10 +114,10 @@ namespace igl
         typename DerivedTF, 
         typename DerivedTM>
       IGL_INLINE int tetrahedralize(
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedVM>& VM,
-        const Eigen::PlainObjectBase<DerivedFM>& FM,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedVM>& VM,
+        const Eigen::MatrixBase<DerivedFM>& FM,
         const std::string switches,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,
@@ -185,10 +185,10 @@ namespace igl
 	typename DerivedTF,
 	typename DerivedTR>	
       IGL_INLINE int tetrahedralize(
-	const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-	const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
-	const Eigen::PlainObjectBase<DerivedH>& H,
-	const Eigen::PlainObjectBase<DerivedR>& R,
+	const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+	const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
+	const Eigen::MatrixBase<DerivedH>& H,
+	const Eigen::MatrixBase<DerivedR>& R,
 	const std::string switches,
 	Eigen::PlainObjectBase<DerivedTV>& TV,
         Eigen::PlainObjectBase<DerivedTT>& TT,

include/igl/dihedral_angles.cpp

@@ -17,8 +17,8 @@ template <
   typename Derivedtheta,
   typename Derivedcos_theta>
 IGL_INLINE void igl::dihedral_angles(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT>& T,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
   Eigen::PlainObjectBase<Derivedtheta>& theta,
   Eigen::PlainObjectBase<Derivedcos_theta>& cos_theta)
 {
@@ -37,8 +37,8 @@ template <
   typename Derivedtheta,
   typename Derivedcos_theta>
 IGL_INLINE void igl::dihedral_angles_intrinsic(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedL>& L,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedA>& A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedL>& L,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA>& A,
   Eigen::PlainObjectBase<Derivedtheta>& theta,
   Eigen::PlainObjectBase<Derivedcos_theta>& cos_theta)
 {
@@ -93,6 +93,6 @@ IGL_INLINE void igl::dihedral_angles_intrinsic(
 }
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::dihedral_angles_intrinsic< Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6>, Eigen::Matrix<double, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >(const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&, const Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&);
-template void igl::dihedral_angles<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::dihedral_angles_intrinsic< Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6>, Eigen::Matrix<double, -1, 4, 0, -1, 4>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6>, Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >(const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&, const Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 4, 0, -1, 4> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 6, 0, -1, 6> >&);
+template void igl::dihedral_angles<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/dihedral_angles.h

@@ -30,8 +30,8 @@ namespace igl
     typename Derivedtheta,
     typename Derivedcos_theta>
   IGL_INLINE void dihedral_angles(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedT>& T,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedT>& T,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedtheta>& theta,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedcos_theta>& cos_theta);
   template <
@@ -40,8 +40,8 @@ namespace igl
     typename Derivedtheta,
     typename Derivedcos_theta>
   IGL_INLINE void dihedral_angles_intrinsic(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedL>& L,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedA>& A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedL>& L,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA>& A,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedtheta>& theta,
     Eigen::PlainObjectBase<Derivedcos_theta>& cos_theta);
 

include/igl/exact_geodesic.cpp

@@ -3193,20 +3193,20 @@ IGL_INLINE void igl::exact_geodesic(
   std::vector<igl::geodesic::SurfacePoint> target(VT.rows() + FT.rows());
   for (int i = 0; i < VS.rows(); i++)
   {
-    source[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.vertices()[VS(i)]));
+    source[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.vertices()[VS(i, 0)]));
   }
   for (int i = 0; i < FS.rows(); i++)
   {
-    source[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.faces()[FS(i)]));
+    source[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.faces()[FS(i, 0)]));
   }
 
   for (int i = 0; i < VT.rows(); i++)
   {
-    target[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.vertices()[VT(i)]));
+    target[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.vertices()[VT(i, 0)]));
   }
   for (int i = 0; i < FT.rows(); i++)
   {
-    target[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.faces()[FT(i)]));
+    target[i] = (igl::geodesic::SurfacePoint(&mesh.faces()[FT(i, 0)]));
   }
 
   exact_algorithm.propagate(source);

include/igl/is_border_vertex.cpp

@@ -14,7 +14,7 @@ template <typename DerivedF>
 IGL_INLINE std::vector<bool> igl::is_border_vertex(
   const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F)
 {
-  DerivedF FF;
+  Eigen::Matrix<typename DerivedF::Scalar, Eigen::Dynamic, Eigen::Dynamic> FF;
   igl::triangle_triangle_adjacency(F,FF);
   std::vector<bool> ret(F.maxCoeff()+1);
   for(unsigned i=0; i<ret.size();++i)

include/igl/is_irregular_vertex.cpp

@@ -11,7 +11,7 @@
 #include "is_border_vertex.h"
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-IGL_INLINE std::vector<bool> igl::is_irregular_vertex(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V, const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F)
+IGL_INLINE std::vector<bool> igl::is_irregular_vertex(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V, const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F)
 {
   Eigen::VectorXi count = Eigen::VectorXi::Zero(F.maxCoeff());
 
@@ -39,6 +39,6 @@ IGL_INLINE std::vector<bool> igl::is_irregular_vertex(const Eigen::PlainObjectBa
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template std::vector<bool, std::allocator<bool> > igl::is_irregular_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
-template std::vector<bool, std::allocator<bool> > igl::is_irregular_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
+template std::vector<bool, std::allocator<bool> > igl::is_irregular_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&);
+template std::vector<bool, std::allocator<bool> > igl::is_irregular_vertex<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 #endif

include/igl/is_irregular_vertex.h

@@ -23,7 +23,7 @@ namespace igl
   // Returns #V vector of bools revealing whether vertices are singular
   //
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE std::vector<bool> is_irregular_vertex(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V, const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F);
+  IGL_INLINE std::vector<bool> is_irregular_vertex(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V, const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/local_basis.cpp

@@ -17,8 +17,8 @@
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
 IGL_INLINE void igl::local_basis(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B1,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B2,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B3
@@ -46,6 +46,6 @@ IGL_INLINE void igl::local_basis(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::local_basis<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
-template void igl::local_basis<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::local_basis<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3>, Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 3, 0, -1, 3> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 3, 0, -1, 3> >&);
+template void igl::local_basis<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/local_basis.h

@@ -30,8 +30,8 @@ namespace igl
   // See also: adjacency_matrix
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
   IGL_INLINE void local_basis(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B1,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B2,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& B3

include/igl/matrix_to_list.cpp

@@ -11,7 +11,7 @@
 
 template <typename DerivedM>
 IGL_INLINE void igl::matrix_to_list(
-  const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M,
   std::vector<std::vector<typename DerivedM::Scalar > > & V)
 {
   using namespace std;
@@ -29,7 +29,7 @@ IGL_INLINE void igl::matrix_to_list(
 
 template <typename DerivedM>
 IGL_INLINE void igl::matrix_to_list(
-  const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M,
   std::vector<typename DerivedM::Scalar > & V)
 {
   using namespace std;
@@ -46,7 +46,7 @@ IGL_INLINE void igl::matrix_to_list(
 
 template <typename DerivedM>
 IGL_INLINE std::vector<typename DerivedM::Scalar > igl::matrix_to_list(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M)
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M)
 {
   std::vector<typename DerivedM::Scalar> V;
   matrix_to_list(M,V);
@@ -56,26 +56,24 @@ IGL_INLINE std::vector<typename DerivedM::Scalar > igl::matrix_to_list(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<float, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, -1, 1, true>::Scalar> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>::Scalar> >&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
+template std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
 // generated by autoexplicit.sh
-template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
+template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&);
 //template void igl::matrix_to_list<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >, double>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<double, std::allocator<double> >, std::allocator<std::vector<double, std::allocator<double> > > >&);
 //template void igl::matrix_to_list<Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >, int>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<int, std::allocator<int> >, std::allocator<std::vector<int, std::allocator<int> > > >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > > >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > > >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > > >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar> >&);
-template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
-template void igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> > const&, std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar> >&);
-template std::vector<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar, std::allocator<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Block<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, 1, -1, false> > const&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > > >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > > >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, std::vector<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> >, std::allocator<std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>::Scalar> > > >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> >&);
+template void igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1> > const&, std::vector<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, 1, -1, 1, 1, -1>::Scalar> >&);
+template std::vector<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar, std::allocator<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>::Scalar> > igl::matrix_to_list<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&);
 #endif

include/igl/matrix_to_list.h

@@ -28,7 +28,7 @@ namespace igl
   // See also: list_to_matrix
   template <typename DerivedM>
   IGL_INLINE void matrix_to_list(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M, 
     std::vector<std::vector<typename DerivedM::Scalar > > & V);
   // Convert a matrix to a list (std::vector) of elements in column-major
   // ordering.
@@ -39,12 +39,12 @@ namespace igl
   //    V  an m*n list of elements
   template <typename DerivedM>
   IGL_INLINE void matrix_to_list(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M, 
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M, 
     std::vector<typename DerivedM::Scalar > & V);
   // Return wrapper
   template <typename DerivedM>
   IGL_INLINE std::vector<typename DerivedM::Scalar > matrix_to_list(
-      const Eigen::DenseBase<DerivedM> & M);
+      const Eigen::MatrixBase<DerivedM> & M);
 }
 
 #ifndef IGL_STATIC_LIBRARY

include/igl/planarize_quad_mesh.cpp

@@ -20,8 +20,8 @@ namespace igl
     // number of faces, number of vertices
     long numV, numF;
     // references to the input faces and vertices
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &Vin;
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &Fin;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &Vin;
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &Fin;
     
     // vector consisting of the vertex positions stacked: [x;y;z;x;y;z...]
     // vector consisting of a weight per face (currently all set to 1)
@@ -50,8 +50,8 @@ namespace igl
     
   public:
     // Init - assemble stacked vector and lhs matrix, factorize
-    inline PlanarizerShapeUp(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V_,
-                             const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F_,
+    inline PlanarizerShapeUp(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V_,
+                             const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F_,
                              const int maxIter_,
                              const double &threshold_);
     // Planarization - output to Vout
@@ -62,8 +62,8 @@ namespace igl
 //Implementation
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-inline igl::PlanarizerShapeUp<DerivedV, DerivedF>::PlanarizerShapeUp(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &V_,
-                                                                     const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F_,
+inline igl::PlanarizerShapeUp<DerivedV, DerivedF>::PlanarizerShapeUp(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &V_,
+                                                                     const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F_,
                                                                      const int maxIter_,
                                                                      const double &threshold_):
 numV(V_.rows()),
@@ -229,8 +229,8 @@ inline void igl::PlanarizerShapeUp<DerivedV, DerivedF>::planarize(Eigen::PlainOb
   
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-IGL_INLINE void igl::planarize_quad_mesh(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &Vin,
-                                    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &Fin,
+IGL_INLINE void igl::planarize_quad_mesh(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &Vin,
+                                    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &Fin,
                                     const int maxIter,
                                     const double &threshold,
                                     Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &Vout)
@@ -241,5 +241,5 @@ IGL_INLINE void igl::planarize_quad_mesh(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::planarize_quad_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, double const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::planarize_quad_mesh<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, int, double const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
 #endif

include/igl/planarize_quad_mesh.h

@@ -33,8 +33,8 @@ namespace igl
   //
   
   template <typename DerivedV, typename DerivedF>
-  IGL_INLINE void planarize_quad_mesh(const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &Vin,
-                                      const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> &F,
+  IGL_INLINE void planarize_quad_mesh(const Eigen::MatrixBase<DerivedV> &Vin,
+                                      const Eigen::MatrixBase<DerivedF> &F,
                                       const int maxIter,
                                       const double &threshold,
                                       Eigen::PlainObjectBase<DerivedV> &Vout);

include/igl/quad_planarity.cpp

@@ -10,8 +10,8 @@
 
 template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedP>
 IGL_INLINE void igl::quad_planarity(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P)
 {
   int nf = F.rows();
@@ -27,13 +27,13 @@ IGL_INLINE void igl::quad_planarity(
       diagCross.norm()*(((v3-v1).norm()+(v4-v2).norm())/2);
     if (fabs(denom)<1e-8)
       //degenerate quad is still planar
-      P[i] = 0;
+      P(i) = 0;
     else
-      P[i] = (diagCross.dot(v2-v1)/denom);
+      P(i) = (diagCross.dot(v2-v1)/denom);
   }
 }
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::quad_planarity<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::quad_planarity<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/quad_planarity.h

@@ -20,8 +20,8 @@ namespace igl
   //
   template <typename DerivedV, typename DerivedF, typename DerivedP>
   IGL_INLINE void quad_planarity(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedV>& V,
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF>& F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedV>& V,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF>& F,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedP> & P);
 }
 

include/igl/setdiff.cpp

@@ -17,8 +17,8 @@ template <
   typename DerivedC,
   typename DerivedIA>
 IGL_INLINE void igl::setdiff(
-  const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
-  const Eigen::DenseBase<DerivedB> & B,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA)
 {
@@ -76,9 +76,9 @@ IGL_INLINE void igl::setdiff(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::setdiff<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/setdiff.h

@@ -26,8 +26,8 @@ namespace igl
     typename DerivedC,
     typename DerivedIA>
   IGL_INLINE void setdiff(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
-    const Eigen::DenseBase<DerivedB> & B,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA);
 }

include/igl/setxor.cpp

@@ -10,8 +10,8 @@ template <
   typename DerivedIA,
   typename DerivedIB>
 IGL_INLINE void igl::setxor(
-  const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
-  const Eigen::DenseBase<DerivedB> & B,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
   Eigen::PlainObjectBase<DerivedIB> & IB)
@@ -28,6 +28,6 @@ IGL_INLINE void igl::setxor(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::setxor<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::setxor<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setxor<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::setxor<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 #endif

include/igl/setxor.h

@@ -29,8 +29,8 @@ namespace igl
     typename DerivedIA,
     typename DerivedIB>
   IGL_INLINE void setxor(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
-    const Eigen::DenseBase<DerivedB> & B,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedB> & B,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIB> & IB);

include/igl/unique.cpp

@@ -77,7 +77,7 @@ template <
   typename DerivedIA,
   typename DerivedIC>
 IGL_INLINE void igl::unique(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC> & IC)
@@ -99,7 +99,7 @@ template <
   typename DerivedC
   >
 IGL_INLINE void igl::unique(
-    const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
     Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C)
 {
   using namespace std;
@@ -201,23 +201,23 @@ IGL_INLINE void igl::unique(
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
 // generated by autoexplicit.sh
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
-template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::DenseBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<double, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<long, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
+template void igl::unique<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1>, Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, 2, 0, -1, 2> > const&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&, Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, 1, 0, -1, 1> >&);
 template void igl::unique<double>(std::vector<double, std::allocator<double> > const&, std::vector<double, std::allocator<double> >&);
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&);
 template void igl::unique<int>(std::vector<int, std::allocator<int> > const&, std::vector<int, std::allocator<int> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
 template void igl::unique<long>(std::vector<long, std::allocator<long> > const&, std::vector<long, std::allocator<long> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&, std::vector<size_t, std::allocator<size_t> >&);
 #ifdef WIN32
-template void igl::unique<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::DenseBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
+template void igl::unique<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1>,class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> >(class Eigen::MatrixBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > const &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<int,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &,class Eigen::PlainObjectBase<class Eigen::Matrix<__int64,-1,1,0,-1,1> > &);
 template void igl::unique<__int64>(class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > const &,class std::vector<__int64,class std::allocator<__int64> > &,class std::vector<unsigned __int64,class std::allocator<unsigned __int64> > &,class std::vector<unsigned __int64,class std::allocator<unsigned __int64> > &);
 #endif
 #endif

include/igl/unique.h

@@ -39,7 +39,7 @@ namespace igl
     typename DerivedIA,
     typename DerivedIC>
   IGL_INLINE void unique(
-      const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
+      const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
       Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C,
       Eigen::PlainObjectBase<DerivedIA> & IA,
       Eigen::PlainObjectBase<DerivedIC> & IC);
@@ -47,7 +47,7 @@ namespace igl
     typename DerivedA,
     typename DerivedC>
   IGL_INLINE void unique(
-      const Eigen::DenseBase<DerivedA> & A,
+      const Eigen::MatrixBase<DerivedA> & A,
       Eigen::PlainObjectBase<DerivedC> & C);
 }
 

include/igl/vector_area_matrix.cpp

@@ -15,7 +15,7 @@
 
 template <typename DerivedF, typename Scalar>
 IGL_INLINE void igl::vector_area_matrix(
-  const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+  const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
   Eigen::SparseMatrix<Scalar>& A)
 {
   using namespace Eigen;
@@ -48,5 +48,5 @@ IGL_INLINE void igl::vector_area_matrix(
 
 #ifdef IGL_STATIC_LIBRARY
 // Explicit template instantiation
-template void igl::vector_area_matrix<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double>(Eigen::PlainObjectBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
+template void igl::vector_area_matrix<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1>, double>(Eigen::MatrixBase<Eigen::Matrix<int, -1, -1, 0, -1, -1> > const&, Eigen::SparseMatrix<double, 0, int>&);
 #endif

include/igl/vector_area_matrix.h

@@ -30,7 +30,7 @@ namespace igl
   //
   template <typename DerivedF, typename Scalar>
   IGL_INLINE void vector_area_matrix(
-    const Eigen::PlainObjectBase<DerivedF> & F,
+    const Eigen::MatrixBase<DerivedF> & F,
     Eigen::SparseMatrix<Scalar>& A);
 }
 

include/igl/vertex_triangle_adjacency.cpp

@@ -70,7 +70,7 @@ IGL_INLINE void igl::vertex_triangle_adjacency(
   // vfd now acts as a counter
   vfd = NI;
 
-  VF.derived()= Eigen::VectorXi(3*F.rows());
+  VF.derived()= Eigen::Matrix<typename DerivedVF::Scalar, Eigen::Dynamic, 1>(3*F.rows(), 1);
   for (int i = 0; i < F.rows(); i++)
   {
     for (int j = 0; j < 3; j++)